(i) Những mặt trái của khu vực FDI và kẽ hở, buông lỏng trong quản lý nhà nước trong việc kiểm tra, giám sát hoạt động của doanh nghiệp FDI. Một số doanh nghiệp, dự án sử dụng lãng phí tài nguyên, đất đai, vi phạm chính sách, pháp luật về lao động, tiền lương, thuế, bảo hiểm xã hội, ô nhiễm môi trường...hay báo lỗ nhiều năm nhưng vẫn mở rộng thị trường điển hình như Cocacola, Pepsi. Cuối cùng sau gần 20 đầu tư kinh doanh, đến cuối năm 2019,Tổng cục Thuế ra quyết định truy thu thuế với số tiền hơn 471 tỉ đồng với Coca-Cola Việt Nam.
Vai trò của Kiểm toán Nhà nước trong với việc kiểm toán các chính sách và việc ban hành, thực thi các chính sách thu hút vốn đầu tư FDI trong thời gian qua cũng còn một số hạn chế. Hơn nữa, công tác phối hợp giữa Kiểm toán Nhà nước và các cơ quan quản lý Nhà nước còn nhiều trở ngại, do cơ sở pháp lý còn chưa rõ ràng.
(ii) Chuyển giao công nghệ chưa như kỳ vọng, kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội còn nhiều bất cập, nhiều người lao động vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu và còn khoảng cách quá lớn. Mức độ kết nối, lan tỏa của khu vực đầu tư nước ngoài đến khu vực đầu tư trong nước còn thấp, hiệu ứng lan toả về năng suất và công nghệ chưa cao; tỉ lệ nội địa hoá còn thấp.
(iii) Các thị trường kinh tế đang phát triển (Ấn Độ, Indonesia…) cũng có hành động tích cực nhằm thu hút vốn đầu tư nước ngoài như: Xây dựng khu công nghiệp với diện tích lớn, đảm bảo nhu cầu của nhà đầu tư; áp dụng giá cho thuê đất ưu đãi; áp dụng thuế suất ưu đãi…Việc đẩy nhanh quá trình thu hút nguồn vốn FDI mà không có chọn lọc như trong giai đoạn vừa qua đã dẫn đến hiện tượng nguồn vốn FDI chất lượng thấp vào Việt Nam như: quy mô vốn nhỏ, ứng dụng công nghệ thấp, không mang tính bền vững... nên tỷ trọng đóng góp cho ngân sách nhà nước có xu hướng giảm.
(iv) Phát sinh nhiều vụ việc tranh chấp, khiếu kiện phức tạp cả trong nước và quốc tế. Cơ chế và năng lực xử lý tranh chấp hiệu lực, hiệu quả chưa cao. Hệ thống tổ chức bộ máy và năng lực thu hút, quản lý đầu tư nước ngoài còn bất cập, phân tán, chưa đáp ứng được yêu cầu, thiếu chủ động và tính chuyên nghiệp.
(v) Số lượng dự án quy mô nhỏ, công nghệ thấp, thâm dụng lao động còn lớn; phân bố không đều; tỉ lệ vốn thực hiện trên vốn đăng ký còn thấp. Các hiện tượng chuyển giá, đầu tư "chui," đầu tư "núp bóng" ngày càng tinh vi và có xu hướng gia tăng. Việc phát triển tổ chức và phát huy vai trò của các tổ chức đảng, công đoàn, các tổ chức chính trị - xã hội, xã hội - nghề nghiệp trong khu vực kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài còn khó khăn.
(vi) Các nhà đầu tư nước ngoài khi tham gia vào thị trường Việt Nam thường lo ngại vì thủ tục liên quan phức tạp, rườm rà. Theo kết quả khảo sát của VCCI- Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (2019), 59% doanh nghiệp có công trình xây dựng trong hai năm gần đây cho thấy họ gặp khó khăn khi thực hiện các thủ tục liên quan đến đất đai, giải phóng mặt bằng… Bên cạnh đó, các thủ tục trong lĩnh vực thuế phí, bảo hiểm xã hội mất nhiều thời gian để thực hiện.