Huyện có hệ thống sông ngòi bao bọc xung quanh. Phắa Bắc huyện là sông Cầu, phắa đông và phắa Nam là sông Ngũ Huyện Khê, phắa Tây là sông Cà Lồ.
Sông Cầu là con sông lớn chảy qua ựịa bàn từ xã Tam Giang ựến xã Tam đa, là ranh giới tự nhiên giữa huyện Yên Phong và tỉnh Bắc Giang. Hàng năm nước lũ xuất hiện vào khoảng tháng 6 cho ựến tháng 9, mặt sông rộng, nước chảy siết. Mùa khô lòng sông hẹp, lưu lượng nước thấp.
Sông Ngũ Huyện Khê là con sông lớn thứ hai chảy qua huyện từ xã Văn Môn ựến xã đông Phong, là ranh giới giữa thị xã Từ Sơn, huyện Tiên Du và Yên Phong. Sông Ngũ Huyện Khê và sông Cầu rất thuận lợi cho việc tưới tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp.
Sông Cà Lồ chảy qua huyện từ xã Hoà Tiến ựến xã Tam Giang dài 7 km, là ranh giới giữa huyện Yên Phong với Huyện Sóc Sơn và đông Anh - Hà Nộị
Ngoài các sông chắnh có lượng nước dồi dào trên, huyện Yên Phong còn có hệ thống kênh mương khá ựồng bộ cùng với hơn 410 ha ao hồ ựược phân bố ựều ở các làng xã, ựáng kể nhất là 3 ựầm lớn: đầm Nâu (thôn Phương La đoài); đầm Vọng Nguyệt (xã Tam Giang) sâu 4 mét, rộng 10 ha; đầm Phù Yên (xã Dũng Liệt) sâu khoảng 6 mét và rộng 6 hạ Các ựầm này là nơi chứa nước ựể phục vụ cho sản xuất nông nghiệp và là nơi thả cá ựem lại nguồn thực phẩm hàng trăm tấn cá phục vụ cho ựời sống nhân dân.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam Ờ Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 52