Đội ngũ cán bộ lãnh đạo chủ chốt từ cấp chi cục chưa đồng đều về kiến thức nghiệp vụ, trình độ ngoại ngữ, tin học và một số kỹ năng quản lý chưa đáp ứng với yêu cầu nghiệp vụ.
Đội ngũ cán bộ chuyên sâu, chuyên gia trong lĩnh vực nghiệp vụ hải quan còn thiếu. Chưa xây dựng được nội dung và chương trình đào tạo cụ thể cho nhóm đối tượng này.
Trong thực thi nhiệm vụ chuyên môn, có không ít CBCC chưa thực sự nắm vững về các quy định pháp luật. Việc thực hiện các khâu nghiệp vụ như kiểm hóa, kiểm tra sau thông quan, quản lý rủi ro... ở không ít CBCC thực thi còn chưa đúng bài bản, lúng túng, chưa nắm vững về nguyên tắc và phương pháp thực hiện.
Trong một số công tác đặc thù như điều tra chống buôn lậu, phòng chống ma tuý, phần nhiều chưa được trang bị đầy đủ kiến thức, kỹ năng chuyên môn sâu và bài bản, nên hoạt động chưa mang tính chuyên nghiệp, hiệu quả công tác chưa cao.
Số CBCC chưa được đào tạo về quản lý hải quan hiện đại và các chuyên đề nghiệp vụ chuyên sâu, đào tạo chuyên gia trong các lĩnh vực kỹ thuật nghiệp vụ đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa chưa được quan tâm và chú trọng nên thiếu cả về số lượng và chất lượng.
Trình độ ngoại ngữ, tin học nói chung của đội ngũ CBCC đã được nâng cao hơn trước do điều kiện tuyển dụng đầu vào yêu cầu trình độ ngoại ngữ C, B và thời gian qua ngành đã đầu tư đào tạo lại về ngoại ngữ cho CBCC. Tuy nhiên, số công chức có trình độ ngoại ngữ đáp ứng được yêu cầu công việc cũng chỉ tập trung ở một số đơn vị, một số công chức. Nhiều công chức đã được đào tạo ngoại ngữ nhnưg một thời gian không sử cũng bị mai một đi đến khi được bố trí vào vị trí cần ngoại ngữ thì không đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ cần được đào tạo lại.
Một bộ phận công chức tham mưu tại Cục còn trẻ, thiếu kinh nghiệm thực tiễn, chưa mạnh dạn phát huy sáng kiến, thường bị động chờ việc, ngại đi cơ sở.
Một bộ phận công chức thực thi chính sách chưa được đào tạo cơ bản về chuyên môn và kỹ năng nghiệp vụ hải quan cũng như các nghiệp vụ chuyên sâu theo từng lĩnh vực chuyên môn nên khả năng thực thi nhiệm vụ chưa mang tính chuyên nghiệp, hiệu quả công tác chưa cao.
Việc đào tạo, bồi dưỡng, xây dựng đội ngũ chuyên gia trong lĩnh vực kỹ thuật nghiệp vụ Hải quan chưa được chú trọng.
Kiến thức chuyên môn nghiệp vụ không được cập nhật một cách hệ thống và thường xuyên vào tài liệu, chương trình đào tạo nghiệp vụ. Phương pháp giảng dạy chậm đổi mới. Việc đào tạo kỹ năng thực thi công việc đã được chú trọng hơn, song còn chưa đáp ứng yêu cầu thực tiễn.