Tùy theo mức độ lâm sàng có những biến chứng và di chứng khác nhau. Theo kết quả của chỳng tôi (ở bảng 3.15): sẹo mỏng giác mạc gặp chủ yếu ở các bệnh nhân mức độ vừa có 7/12 trường hợp sẹo mỏng(58,3%), sẹo dày chủ yếu rơi vào nhóm bệnh nhân nặng có 10/27 bệnh nhân (37%), 2 trường hợp sẹo dính mống mắt kèm tăng nhãn áp cũng thuộc nhóm bệnh nhân nặng. Sẹo tân mạch thì như nhau ở 2 nhóm bệnh nhõn nặng và vừa không phân biệt vị trí ổ loét.
Như vậy tỉ lệ biến chứng cũng không nhiều cho thấy tiêm Amphotericin B trong nhu mô có thể là phương thức tối ưu trong việc đưa thuốc trực tiếp vào ổ tổn thương giác mạc trong điều trị VLGM do nấm. Trong số bệnh nhân khỏi của chúng tôi, có tới 20/40 bệnh nhân đã được điều trị theo các phương pháp tra nhỏ và uống phối hợp với các thuốc chống nấm thông thường, nhưng không khỏi và chưa khỏi hẳn. Sau đó được điều trị bổ xung tiêm Amphotericin B theo nghiên cứu của chúng tôi thì hầu như khỏi để lại sẹo hoàn toàn, chỉ có 2 trường hợp phải chuyển ghép giác mạc điều trị.
Biến chứng sẹo cú tõn mạch không có sự khác biệt giữa 2 nhóm vừa và nặng. Thường thì ổ thâm nhiễm gần rìa hay xuất hiện sẹo cú tõn mạch, nhưng trong nghiờn cứu của chúng tôi những ổ thâm nhiễm ở trung tâm cũng xuất hiện tân mạch. Có thể khi tiêm nhu mô giác mạc nhiều lần kớch thích giác mạc tạo tân mạch.
Biến chứng tăng nhãn áp có 11/50 bệnh nhân (22%), biến chứng này có lẽ do tỉ lệ bệnh nhân nặng trong nghiên cứu của chúng tôi cao và tỉ lệ bệnh nhân có mủ tiền phũng khỏ nhiều (bảng 3.3).