Ngân hàng phát triển nông thôn Sóc Sơn được ra đời theo quyết định số 51/QĐ-NH ngày 27/06/1988 của Tổng giám đốc NHNN Việt Nam (Nay là Thống đốc ngân hàng Nhà nước Việt Nam) và là một trong 12 huyện trực thuộc ngân hàng phát triển nông nghiệp Hà Nội. Năm 1990, được đổi tên thành NHNN Sóc Sơn. Cuối năm 1995, thực hiện mô hình hai cấp của NHNo Việt Nam, NHNN Sóc Sơn trở thành đơn vị thành viên trực thuộc của NHNo Việt Nam. Năm 1996, lại một lần nữa được đổi tên thành NHNN&PTNT Sóc Sơn.
Ngay từ khi mới thành lập, NHNN&PTNT Sóc Sơn đã phải đối mặt với vô vàn khó khăn thử thách như: Số lượng lao động 107 cán bộ, trong đó chỉ có 7 đồng chí có trình độ Đại học, số còn lại có trình độ trung cấp và phần lớn chưa qua đào tạo kinh doanh tiền tệ trên địa bàn một huyện nghèo của Thủ đô Hà Nội, với tư tưởng bao cấp “xin cho” đã ăn sâu vào tiềm thức, mạng lưới hoạt động ít, cơ sở vật chất vừa thiếu vừa lạc hậu, vì vậy kết quả hoạt động kinh doanh khi mới thành lập chủ yếu dựa vào hoạt động tín dụng, song nguồn vốn chỉ có khoảng 1.6 tỷ đồng. Được tập trung cho vay hai thành phần kinh tế là: DN Nhà Nước 38% và HTX 62%, Nợ quá hạn chiếm 5.3% trên tổng dư nợ. Cơ chế tín dụng bao cấp: cho vaytheo chỉ định, theo kế hoạch nhà nước, lãi suất cho vay nhỏ hơn lãi suất huy động. Vì vậy hoạt động của NHNN&PTNT Sóc Sơn nói chung và hoạt động tín dụng nói riêng gặp muôn vàn khó khăn thử thách, không có định hướng, lúng túng về đối tượng và loại hình đầu tư.
hạn, trung hạn đối với hộ nông dân” của Tổng giám đốc NHNo Việt Nam, NHNN Sóc Sơn đã tiếp cận cho vay đối tượng hộ sản xuất. Mặc dù hộ sản xuất đã được xác định là một đơn vị kinh tế tự chủ, được giao quyền sử dụng đất lâu dài, song việc đầu tư cho vay kinh tế hộ ở NHNN&PTNT vẫn rất dè dặt. Dư nợ cuối năm 1991 của cho vay kinh tế hộ là 113 triệu đồng bằng 4% trên tổng dư nợ. Chỉ sau khi có chỉ thị 202/CT ngày 28/06/1991 và nghị định 14/CP ngày 02/03/1993 của Chính phủ. Trên cơ sở quy định 499/NHNo ngày 23/07/1991 và tiếp đến là quyết định 499A/NHNN-TDNT ngày 02/09/1993 của Tổng giám đốc NHNN&PTNT thì việc cho vay hộ sản xuất ở NHNN&PTNT Sóc Sơn mới có bước chuyển biến mới. Từ chỗ cho vay gián tiếp qua các tổ chức đã chuyển sang cho vay trực tiếp hộ sản xuất. Kết quả cho vay kinh tế hộ từ năm 1992 đến năm 1995 không ngừng tăng trưởng, bình quân hàng năm trong giai đoạn này cho vay kinh tế hộ tăng hơn 200%. Đến năm 1995 dư nợ kinh tế hộ chiếm 41% tổng dư nợ của NHNN&PTNT Sóc Sơn. Mặc dù không thuần túy là kinh doanh theo lợi nhuận, nhưng thực chất không còn là bao cấp trong hoạt động tín dụng, góp phần quan trọng đưa NHNN Sóc Sơn vào hoạt động thương mại.
Cho đến năm 2001, sau 10 năm cho vay kinh tế hộ của NHNN&PTNT Việt Nam đạt kết quả to lớn về kinh tế và xã hội, thì đòi hỏi hệ thống NHNN&PTNT phải đa dạng hóa cơ cấu đầu tư, đối tượng khách hàng, trong đó đặc biệt chú trọng đến khách hàng là các DN nhỏ và vừa.
Các DN nhỏ và vừa hầu hết được thành lập theo luật DN với số lượng ngày càng tăng theo các năm. Các DN này lại được Chính phủ hỗ trợ thông qua Nghị định 90/2001/NĐ-CP ngày 23/11/2001. Có thể nói đây là một chủ trương đột phá về định hướng phát triển DN, một môi trường thuận lợi cho sự tăng trưởng cả về số lượng và chất lượng hoạt động của DN nhỏ và vừa. Đồng thời cũng là một thị trường tiềm năng để ngân hàng đầu tư tín dụng và dịch vụ ngân hàng.
Trong quá trình thực hiện đề án cơ cấu lại ngân hàng giai đoạn 2001-2010 và đề án kinh doanh trên địa bàn đô thị loại I. NHNN&PTNT đã xác định ngoài việc đẩy mạnh cho vay kinh tế hộ sản xuất, thì việc cho vay các DN nhỏ và vừa
được xác định là một hướng đầu tư mới, góp phần mở rộng đầu tư tín dụng và mở rộng thị phần trong các sản phẩm dịch vụ ngân hàng trên địa bàn huyện. Đến nay NHNN&PTNT Sóc Sơn có một mạng lưới gồm một trụ sở chính nằm ở trung tâm Thị trấn Sóc Sơn, và 07 phòng giao dịch phân bố đều trên địa bàn huyện.