HĐTP là tổng hợp của quá trình hoạt động của nhiều cơ quan khác nhau, nhưng có mối quan hệ mật thiết với nhau. Bao gồm các hoạt động cơ bản như: Hoạt động điều tra của cơ quan điều tra, hoạt động kiểm sát việc tuân theo pháp luật và thực hành quyền công tố của VKS, hoạt động xét xử của Toà án, hoạt động thi hành án của cơ quan thi hành án và các hoạt động khác liên quan. Đồng thời, còn có sự hoạt động phối hợp của các cơ quan bổ trợ tư pháp. Vì thế, thực hiện cơ chế phối hợp giữa các cơ quan tư pháp và giữa các cơ quan tư pháp với các cơ quan bổ trợ tư pháp trong tố tụng là nội dung quan trọng nhằm đảm bảo việc giải quyết các vụ án được khách quan, toàn diện, đầy đủ, đúng pháp luật, góp phần bảo vệ có hiệu lực, hiệu quả nhất lợi ích nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân. Trong tố tụng cơ chế này bên cạnh có sự phối hợp với nhau để đảm bảo việc giải quyết các vụ án được kịp thời, nhanh chóng, khách quan đúng pháp luật còn bao hàm cả sự chế ước lẫn nhau để hạn chế việc lạm quyền, lộng quyền, vi phạm pháp luật của các cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng.
Qua thực tiễn phối hợp trong hoạt động tư pháp cho thấy: Bên cạnh những mặt tích cực, vẫn còn bộc lộ những hạn chế nhất định như: Các quy định về sự phối hợp hoạt động giữa các cơ quan tư pháp cũng như giữa các cơ quan tư pháp và cơ quan bổ trợ tư pháp chưa đầy đủ, thiếu chặt chẽ, chưa xác định đầy đủ trách nhiệm giữa các cơ quan trong mối quan hệ này…Cho nên trong hoạt động tố tụng còn có hiện tượng đùng đẩy trách nhiệm giữa các cơ quan tư pháp, sự phối hợp nhiều khi bị biến tướng thành “thoả hiệp”. Thậm chí, trong mối quan hệ này còn có sự lạm quyền, vi phạm pháp luật nên chất
lượng, hiệu quả hoạt động của các cơ quan tư pháp chưa cao, thiếu sự “tâm phục, khẩu phục” của người tham gia tố tụng.
Tóm lại, sự phối hợp hoạt động giữa các cơ quan tư pháp cũng như giữa các cơ quan tư pháp và cơ quan bổ trợ tư pháp vẫn còn bộc lộ tình trạng: pháp luật về lĩnh vực này chưa được đầy đủ, cụ thể; sự phối hợp hoạt động còn thiếu đồng bộ; một bộ phận cán bộ tư pháp chưa có trách nhiệm cao trong hoạt động này.