Theo báo cáo của BGD&ĐT với đại biểu quốc hội ngành giáo dục, có mười nguyên nhân dẫn đến tình trạng HS bỏ học. Trong đó đáng chú ý có những nguyên nhân liên quan đến chương trình học còn nặng, phương pháp dạy học, kiểm tra, đánh giá chưa phù hợp với một số đối tượng HS.
Mỗi năm học BGD&ĐT yêu cầu các sở GD&ĐT phải thống kê và báo cáo tỉ lệ huy động HS trong độ tuổi đến trường, số lượng HS bỏ học ở các thời điểm sau học kỳ 1, sau học kỳ 2 của năm học đó và trong dịp HS nghỉ hè. Việc thống kê của BGD&ĐT nhằm để theo dõi, QL hoạt động giáo dục trên cả nước, có giải pháp khắc phục tình trạng bỏ học. Để nắm con số này, BGD&ĐT phối hợp với các địa phương có điều tra riêng để phục vụ công tác phổ cập giáo dục.
Thứ trưởng BGD&ĐT Nguyễn Vinh Hiển cho rằng khắc phục tình trạng HS bỏ học là một trong những nhiệm vụ quan trọng không thể lơ là, kể cả những nơi đã hoàn thành phổ cập giáo dục. Trong các nguyên nhân khiến HS bỏ học, tình trạng HS yếu kém, chán học, kinh tế khó khăn, giao thông không thuận tiện là những yếu tố chính được nhiều địa phương nhắc đến.
Những khó khăn trên đã ảnh hưởng không nhỏ đến công tác GD&ĐT của huyện Châu Thành, tỉnh Tiền Giang, nhất là việc huy động trẻ đến trường và DTSSHS ở bậc THCS. Ngoài ra còn nhiều nguyên nhân khác nữa. Nguyên nhân chủ yếu là do địa bàn huyện quá rộng, phức tạp, công tác vận động HS đến lớp của nhà trường gặp nhiều khó khăn. Trong khi đó, công tác QL của các trường còn nhiều hạn chế. Bởi vậy muốn HS ra lớp đều phải giải quyết hoặc hạn chế được những khó khăn trên.
Nguyên nhân thì có nhiều nhưng theo các cán bộ QLGD thì vấn đề quan trọng là tìm giải pháp bền vững và lâu dài nhất để hạn chế số HS bỏ học.
Ngày 14 tháng 3 năm 2008, BGD&ĐT đã có ý kiến bằng văn bản gửi đến các đồng chí Bí Thư, Chủ Tịch Hội Đồng nhân dân, Chủ Tịch Ủy Ban nhân dân các Tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, đồng thời gửi văn bản chỉ đạo đến các sở BGD&ĐT chỉ đạo triển khai các biện pháp nhằm hạn chế tình trạng HS bỏ học.