Việc xây dựng ASEAN thành khu mậu dịch tựdo AFTA là các nước thuộc khu vực đã thơng qua 9 chương trình hợp tác kinh tế với mục tiêu thúc đẩy buôn bán giữa các nước trong khu vực nhờ chế độ thuế quán ưu đãi CEPT và các ưu đãi khác, tăng khả năng cạnh tranh của ASEAN trên trường quốc tế, và tăng sức hấp dẫn của môi trường đầu tư nhằm thu hút vốn đầu tư nước ngồi. Nội dung cơ bản của 9 chương trình hợp tác kinh tế gồm có sau:
(1). Chương trình hợp tác thương mại: Thực hiện 5 chương trình: Chương trình
xây dựng ASEAN trở thành khu mậu dịch tự do - AFTA bằng thực hiện kế hoạch thu thuếquan ưu đãi có hiệu lực chung - CEPT; Chương trình hợp tác hàng hóa; Thành lập Ngân hàng dữ liệu ADBC; Hội chợ thương mại ASEAN; Chương trình tham khảo ý kiến tư nhân và Chương trình phối hợp lập trường trong các vấn đềthương mại quốc tế
(2). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực hải quan. (3). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực cơng nghiệp.
(4). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực nơng, lâm, ngư nghiệp và lương thực như: Hợp tác về cây trồng, chăn ni, đào tạo, khuyến nơng, khuyến khích thương mại nơng lâm sản, lương thực; ký kết hiệp định thành lập quỹ an ninh lương thực nhằm giúp đỡ nhau khi xảy ra tình hình khẩn cấp.
(5). Chương trình hợp tác về đầu tư; hiệp định thành lập khu đầu tư ASEAN - AIA. (6). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực dịch vụ
(7). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực khống sản và năng lượng (8). Chương trình hợp tác trong lĩnh vực tài chính và ngân hàng
(9). Các chương trình hợp tác kinh tế khác như trong lĩnh vực giao thông vận tải và thông tin liên lạc; sở hữu trí tuệ; hợp tác trong lĩnh vực phát triển cơ sở hạ tầng...
Thực hiện AFTA các bên tham gia ký hiệp định về chương trình thuế quan ưu đãi có hiệu lực chung CEPT, Chương trình thực hiện từ 01/01/1993, lúc đầu dự kiến thực hiện CEPT trong 15 năm, nhưng về sau rút ngắn thời hạn thực hiện xuống cịn 10 năm để AFTA được hình thành vào năm 2003. Nhưng Lào gia nhập ASEN muộn hơn nên sẽ kết thúc thực hiện CEPT và FATA vào năm 2008. Thực chất của chương trình CEPT là các nước thanh viên ASEAN đạt được sư thỏa thuận giảm thuế quán xuống còn 0 - 5% trong thương mại nội bộcác nước ASEAN trong vòng 10 năm, bắt đầu từ 01/01/1993 và hoàn thành vào 01/01/2003. Các sản phẩm thực hiện giảm thuế nhập khẩu do các nước hội thành viên của mỗi nước. Để thực hiện CEPT, mỗi nước phải thực hiện phân loại hàng hóa theo 4 danh mục như: Danh mục giảm thuế nhập khẩu (IL); Danh mục loại trừ tạm thời(TEL); Danh mục loại trừ hoàn toàn (GEL); Danh mục hàng nhạy cảm (SL).