Nội dung kiểm soát thanh toán về cơ bản tương tự như nội dung được nêu trong mục 1.1.3.2 ở trên, song có một số nội dung khác cụ thể:
- Về tiêu chuẩn, định mức, chế độ chi: đối với nguồn kinh phí giao thực hiện, chế độ tự chủ, KBNN kiểm soát, thanh toán theo tiêu chuẩn, định mức được quy định trong Quy chế chi tiêu nội bộ và Quy chế quản lý, sử dụng tài sản công của đơn vị.
- Về việc chi trả thu nhập tăng thêm cho cán bộ, công chức từ nguồn kinh phí tiết kiệm: KBNN căn cứ vào giấy rút dự toán từ NSNN của đơn vị, kiểm tra đảm bảo hệ số tăng thêm quỹ tiền lương tối đa không quá số lần được Nhà nước quy định. Trong năm, sau khi thực hiện quý trước, nếu xét thấy đơn vị có khả năng tiết kiệm được kinh phí, thủ trưởng đơn vị căn cứ vào số kinh phí dự kiến tiết kiệm được lập giấy rút dự toán NSNN (tạm ứng) để tạm chi thu nhập tăng thêm cán bộ,
công chức trong đơn vị trong quý; KBNN thực hiện tạm ứng theo mức thủ trưởng đơn vị đề nghị đảm bảo trong dự toán được giao và tối đa không vượt quá 60% quỹ tiền lương cấp bậc, chức vụ một quý của đơn vị. Kết thúc năm NS, sau khi xác định chính xác số thực tiết kiệm, căn cứ vào đề nghị thanh toán tạm ứng của đơn vị, KBNN làm thủ tục thanh toán phần chi thu nhập tăng thêm cho đơn vị và thu hồi kinh phí đã tạm ứng. Nếu số đã tạm ứng vượt quá số thực tiết kiệm, KBNN cho chuyển tạm ứng sang năm sau để thực hiện thu hồi bằng cách giảm trừ vào số tiết kiệm năm sau của đơn vị.
- Về sử dụng kinh phí quản lý hành chính tiết kiệm: Căn cứ vào quy chế chi tiêu nội bộ, quyết định của thủ trưởng đơn vị về việc sử dụng kinh phí tiết kiệm được và thông báo xét duyệt (thẩm định) quyết toán chi NS hàng năm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán, chi trả cho đơn vị.
- Về việc xử lý kinh phí cuối năm: hết thời hạn chỉnh lý quyết toán vẫn không đủ điều kiện thanh toán, đơn vị có văn bản đề nghị KBNN nơi giao dịch chuyển tạm ứng cùng với việc chuyển nguồn kinh phí tương ứng sang năm sau để thực hiện thanh toán, quyết toán và niên độ NS năm sau (phần kinh phí này không được xác định là phần kinh phí tiết kiệm chuyển năm sau của đơn vị). Số dư dự toán kinh phí thực hiện chế độ tự chủ và kinh phí tiết kiệm của đơn vị được chuyển sang năm sau để tiếp tục sử dụng.