Mặc dù phát triển khá nhanh, nhưng các CTCK Việt Nam còn quá non trẻ so với lịch sử các CTCK trên thế giới, nên các CTCK chưa có nhiều kinh nghiệm trong các hoạt động điều hành cũng như quản trị rủi ro, trình độ của nhân viên cũng như hiểu biết về thị trường còn chưa cao. Chất lượng hoạt động của các tổ chức trung gian còn hạn chế. Ngoài ra, chất lượng các dịch vụ của CTCK còn chấp vá, làm đến đâu hoàn thiện dần đến đấy.
Hoạt động các CTCK tiềm ẩn nhiều rủi ro: dù đã có hệ thống kiểm soát rủi ro cho thị trường, nhưng các chế tài chưa đủ mạnh để răn đe các CTCK. Các hoạt động tại các CTCK chưa được giám sát chặt chẽ phát sinh nhiều tiêu cực như thao túng giá chứng khoán, lợi dụng tài khoản khách hàng, thực hiện các nghiệp vụ ngoài quy định, các hoạt động lách luật về các nghiệp vụ chưa được phép triển khai tại các CTCK như bán khống chứng khoán, tỷ lệ margin cao, lợi dụng tài khoản khách hàng để kinh doanh.... Điều này tiềm ẩn nhiều rũi ro, cũng như tính minh bạch, công khai cho NĐT, những hoạt động thao túng có thể làm bóp méo sự phát triển bền vững của thị trường mới nổi như Việt Nam.
Chưa đẩy mạnh phân khúc khách hàng là tổ chức: khách hàng tại CTCK chủ yếu là khách hàng cá nhân trong nước, trong khi số lượng lớn doanh nghiệp và tổ chức nước ngoài cũng như các định chế chưa được đầu tư và chú trọng. Tiềm năng phát triển các loại hình dịch vụ về chất lượng và số lượng ở các CTCK là rất lớn, nhưng các CTCK chưa tận dụng khai thác.
Chất lượng tư vấn đầu tư chưa cao: ngoài số ít CTCK như SSI, TLS, HSC, SBS thể hiện tính chuyên nghiệp trong chất lượng tư vấn đầu tư, thì vai trò tư vấn của các CTCK khác chưa phản ánh đúng thực chất ý nghĩa của nghiệp vụ này. Ở Việt Nam, số lượng các nhà đầu tư chuyên nghiệp không nhiều, do vậy chất lượng tư vấn là khá quan trọng, một phần là do trình độ cũng như hiểu biết của nhân viên chưa đạt yêu cầu, một phần là TTCK Việt Nam chịu ảnh hưởng tâm lý nhiều hơn là phương diện phân tích kỹ thuật.
Nghiệp vụ tư vấn và bảo lãnh phát hành cũng chưa được khai thác triệt để và chú trọng đúng mực, với số lượng lớn doanh nghiệp chưa lên sàn và quá trình cổ phần hóa DNNN đang đi vào giao đoạn chất lượng hơn với quy mô và tầm ảnh hưởng lớn tới nền kinh tế. Do đó, các CTCK nên thực hiện chuyên hóa sâu vào các nghiệp vụ là một hướng đi đúng đắn và chuyên nghiệp hơn.
Số lượng lớn các CTCK đều có định hướng theo mô hình NHĐT, nhưng hiện nay luật Việt Nam chưa hợp thức hóa mô hình này. Nguồn nhân lực còn yếu kém cũng như sự hiểu biết của NĐT về mô hình này cũng còn hạn chế cũng là rào cản cho sự phát triển của mô hình này. Vì vậy, mô hình này đang nằm trong định hướng phát triển và chưa thu được kết quả mong đợi nhưở mô hình NHĐT đúng nghĩa.
Các CTCK phát triển không đồng đều: 10 CTCK hàng đầu chiếm gần 50% thị phần môi giới, số tài khoản trên thị trường. Điều này cho thấy sự phân hóa rõ rệt giữa các CTCK hàng đầu và các CTCK còn lại. Sự phát triển không đồng đều, cộng thêm sự cạnh trang ngày càng gay gắt làm cho xu hướng tái cấu trúc, mua bán sáp nhập, giải thể ngày càng cao.
Các CTCK chưa sẵn sàng trước xu thế hội nhập: Theo cam kết gia nhập WTO, từ 2012 Việt Nam sẽ cho phép các CTCK và quản lý quỹ 100% vốn nước ngoài thành lập tại Việt Nam. Hầu hết các tên tuổi lớn trong ngành NHĐT đã xuất hiện tại Việt Nam cung cấp dịch vụ và kinh doanh như Credit Suise, Goldman Sachs, Morgan Stanley, J.P. Morgan, Normura Securities và Daiwa Securities. Các công ty chứng khoán liên doanh cũng bắt đầu xuất hiện từ 2007. Nhưng đến nay, không phải CTCK nào cũng chuẩn bị sẵn sàng để cạnh tranh và tăng cường thế mạnh để tồn tại và phát triển.
Nguồn nhân lực có kinh nghiệm không nhiều: yếu tố này trở thành đề tài nóng và cạnh tranh giữa các CTCK. Các CTCK ra sức thu hút nhân tài thông qua các chính sách lương bổng, ưu đãi hấp dẫn kèm theo chính sách hoa hồng phí hấp dẫn. Với xu hướng phát triển ngày càng cao của TTCK, CTCK nào cũng cần đào tạo cho mình một đội ngũ nồng cốt, vững mạnh.