chưa tối ưu
Cơ chế điều hành hoạt động thanh tra, giám sát ngân hàng còn thiếu tập trung, chồng chéo và chưa rõ ràng về trách nhiệm, quyền hạn. Theo Nghị định 91/1991/NĐ- CP, Thanh tra NHNN thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực tiền tệ và hoạt động ngân hàng, vừa chịu sự chỉ đạo của Thanh tra Chính phủ vừa chịu sự chỉ trực tiếp của Thống đốc NHNN. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều ý kiến tranh luận về quan hệ song trùng lãnh đạo này. Ở cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, thanh tra ngân hàng vừa chịu sự quản lý trực tiếp của Giám đốc NHNN vừa chịu sự chỉ đạo của Thanh tra, giám sát ngân hàng, đồng thời phải thực hiện chế độ báo cáo kết quả thanh tra, giám sát với Thanh tra tỉnh để công tác kiểm tra không bị chồng chéo, bỏ trống. Như vậy, tính độc lập tương đối của thanh tra, giám sát ngân hàng chi nhánh vẫn chưa cao, hạn chế sự chủ động, kịp thời trong kế hoạch công tác của thanh tra, giám sát chi nhánh.
Về cơ cấu tổ chức, Nghị định 26/2014/NĐ-CP, Quyết định số 35/2014/QĐ-TTg phân định rõ trách nhiệm, quyền hạn, phạm vi chỉ đạo của từng cấp, cơ cấu tổ chức hoạt động của Thanh tra, giám sát ngân hàng đã có sự cải cách. Nhưng trên thực tế, các chức năng TTGSNH còn bị phân tán và được thực hiện bởi các Vụ, Cục khác nhau trong NHNN. Các Vụ, Cục này đều yêu cầu các TCTD phải báo cáo về tình hình hoạt động của TCTD theo nội dung thuộc quyền quản lý của mình. Nhiệm vụ phát hiện các vi phạm, sai phạm của các TCTD là nhiệm vụ của Cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng, trong khi nhiệm vụ xử lý các vi phạm lại do các Vụ, Cục khác đảm nhiệm. Các Vụ, Cục chức năng thuộc NHNN chịu trách nhiệm ban hành các quy định về chính sách và quy định về an toàn cho hoạt động ngân hàng theo chức năng của đơn vị mình. Thanh tra, giám sát ngân hàng lại thực hiện thanh tra, kiểm tra các quy định về an toàn. Do cơ quan ban hành các quy định an toàn và cơ quan thanh tra, giám sát là 2 đơn vị độc lập nên sẽ có những bất đồng giữa việc hiểu và áp dụng các quy định, điều này sẽ làm giảm đi hiệu lực hoạt động thanh tra, giám sát ngân hàng.