- Ban Giám Đốc: chịu trách nhiệm chung, điều hành mọi hoạt động của Chi nhánh theo chức năng, nhiệm vụ, phạm vi của đơn vị. Giám đốc có trách nhiệm kí kết các hợp đồng kinh tế, xây dựng các chỉ tiêu, kế hoạch của Chi nhánh, chịu trách nhiệm về tài sản và kết quả kinh doanh của Chi nhánh, đại diện pháp nhân Chi nhánh Ngân hàng Thương mại Cổ phần Đông Á tại Cần Thơ trước pháp luật và cơ quan tố tụng. Phó giám đốc góp phần tham gia với giám đốc trong việc chuẩn bị, xây dựng và quyết định về chương trình công tác, kế hoạch kinh doanh và phương hướng hoạt động của Chi nhánh, khi giám đốc đi vắng thì phó giám đốc được ủy nhiệm thay mặt giám đốc giám sát và điều hành hoạt động của đơn vị.
- Phòng khách hàng cá nhân: thực hiện các nghiệp vụ dành cho khách hàng cá nhân từ huy động vốn, nghiệp vụ tín dụng, thẻ, chuyển khoản, chuyển tiền, thanh toán tự động, chăm sóc, giải đáp thắc mắc cho khách hàng cá nhân.
- Phòng khách hàng doanh nghiệp: thực hiện các nghiệp vụ dành cho khách hàng là doanh nghiệp, từ huy động vốn, tín dụng doanh nghiệp, ủy nhiệm thu, ủy nhiệm chi, tài khoản tiền gửi thanh toán, thanh toán quốc tế…, kiểm soát, theo dõi quá trình sử dụng vốn vay của khách hàng, giải đáp thắc mắc cho các sản phẩm mà Ngân hàng cung cấp cho doanh nghiệp.
- Phòng hành chính – nhân sự: quản lý các hoạt động liên quan đến cán bộ công nhân viên của Ngân hàng, vấn đề hành chính, văn thư, công đoàn, bố trí sắp xếp cán bộ vào công việc phù hợp. Chấm công và bầu thi đua khen thưởng hàng tháng, thực hiện việc chi trả lương, phụ cấp hàng tháng cho cán bộ nhân viên.
- Phòng công nghệ thông tin: quản lý và chịu trách nhiệm về hạ tầng công nghệ thông tin, trung tâm giao dịch tự động, hệ thống máy tự động ATM, POS để đảm bảo máy móc vận hành hiệu quả.
- Phòng kế toán: thực hiện các hoạt động liên quan đến các khoản tạm ứng, ủy nhiệm thu, ủy nhiệm chi, chi phí chờ phân bổ, thu nhập, chi phí, tổng hợp kế toán của Chi nhánh, chuyển khoản giữa Chi nhánh với Hội sở.
- Phòng ngân quỹ: là nơi theo dõi và quản lý toàn bộ tiền mặt bằng VND, ngoại tệ, vàng, kỳ phiếu, tín phiếu, trái phiếu và các loại giấy tờ có giá tại Chi nhánh, thực hiện các khoản thu chi tiền mặt khi có giấy xác nhận của phòng kế toán, thực hiện hoạt động thu chi hộ và quản lý hộ tài sản.
- Các phòng giao dịch trực thuộc: thực hiện chức năng như: huy động vốn, cho vay, cầm đồ, thanh toán... và một số nghiệp vụ do Chi nhánh giao.