Hội nhập xuất hiện sự thâm nhập của NHNNg có thể gây khó khăn cho nền kinh tế và đe dọa đến chủ quyền kinh tế quốc gia. Bởi vì việc mở cửa cho NHNNg quá mức có thể gây ra hiện tượng những ngân hàng nước ngoài lớn chi phối hoạt động cả hệ thống ngân hàng quốc gia và sự lệ thuộc của nền kinh tế vào một số ít NHNNg.
Hoạt động của NHNNg trên thị trường nội địa với những sản phẩm mới cùng với các giao dịch trên một phạm vi rộng lớn và với tốc độ rất nhanh sẽ gây khó khăn cho việc kiểm soát của các cơ quan quản lý, giám sát của từng quốc gia. Sự phát triển nhanh chóng của công nghệ và các sản phẩm dịch vụ ngân hàng hiện đại làm cho nhiều hoạt động ngân hàng thoát khỏi sự kiểm soát của các cơ chế giám sát đã đặt ra.
Các NHNNg hoạt động trên thị trường nội địa tạo ra áp lực cạnh tranh gay gắt, có thể gây ra những xung đột về lợi ích giữa các nhóm khác nhau, ảnh hưởng đến đặc quyền kinh doanh của các ngân hàng trong nước.
Trong môi trường vốn luân chuyển tự do giữa các nước, kích thích các tổ chức trong nước nhận vốn vay nước ngoài một cách thiếu thận trọng. Nếu những tổ chức kinh tế có hệ số nợ nước ngoài cao bị mất khả năng trả nợ sẽảnh hưởng tiêu cực đến hệ thống ngân hàng. Do hiện tượng phản ứng theo kiểu “hành vi đám đông” có thể dẫn tới nhiều tổ chức có hệ số nợ cao đổ vỡ, nguy cơ này sẽ nhanh chóng bị khuếch đại gây khó khăn cho hệ thống ngân hàng.
Đối với thị trường tín dụng, cạnh tranh về cho vay sẽ trở nên gay gắt khi các NHNNg đã hiểu rõ thị trường trong nước và môi trường pháp lý đảm bảo cho họ xử lý rủi ro để thu hồi nợ trong trường hợp cần thiết. Cho phép NHNNg tham gia hoạt động tái cấp vốn, tái chiết khấu hoán đổi (swap), kỳ hạn (forward) từ NHTW (sau 3 năm kể từ ngày Hiệp định có hiệu lực) sẽ giúp họ bù đắp một phần vốn huy động. Các NHNNg thường quan tâm và gây sức ép nhằm mở rộng mạng lưới hoạt động trên thị trường nội địa dưới mọi hình thức, nhất là ngân hàng bán lẻ.