Quản lý chất lượng dự án từ giai đoạn thiết kế là bước rất quan trọng để tạo ra sản phẩm chất lượng, sản phẩm thiết kế trước khi đưa ra thi công phải được Ban nghiệm thu và xác nhận. Ban phải chịu trách nhiệm về các bản vẽ thiết kế giao cho nhà thầu thi công xây dựng. Khi đó Ban sẽ quản lý chât lượng nhà thầu tư vấn bằng cách kiểm tra giấy phép hoạt động, chứng chỉ hành nghề và các chỉ tiêu đánh giá khả năng của nhà thầu tư vấn… Đồng thời cử cán bộ của Ban tham gia cùng đơn vị tư vấn tiến hành quản lý, theo dõi, giám sát tiến độ cũng như chất lượng của sản phẩm tư vấn.
Tuy nhiên, công tác quản lý trong quá trình thiết kế còn đang bị bỏ ngỏ, sau khi ký hợp đồng Ban thường chỉ quan tâm đến kết quả cuối cùng (có hồ sơ và nộp đúng hạn) mà ít có kế hoạch theo dõi, kiểm tra hay yêu cầu đơn vị tư vấn thiết kế báo cáo quá trình thực hiện cũng như tham gia hỗ trợ, giải quyết những vướng mắc trong quá trình thiết kế của đơn vị tư vấn để kiểm soát sai sót, tăng chất lượng hồ sơ thiết kế công trình. Vớicác công trình thủy lợi đã thực hiện trên địa bàn tỉnh Thanh Hoá, chỉ một số ít công trình có các đơn vị tư vấn thiết kế tham gia thực hiện đã có quy trình sản xuất, quy trình xuất xưởng hồ sơ, còn lại hầu hết các đơn vị khác chưa xây dựng được quy trình sản xuất sản phẩm thiết kế. Dẫn đến trong thực tế hiện tượng khá phổ biến là các hồ sơ dự án/công trình khi phê duyệt xong mới bổ sung, hoàn thiện nhiệm vụ khảo sát thiết kế; bổ sung, điều chỉnh lại hợp đồng tư vấn, bổ sung các văn bản pháp lý liên quan. Có trường hợp do Ban thay đổi quy mô công trình, nhưng lại khống chế tổng mức dự toán được duyệt để đến quá trình thi công xin bổ sung, khiến tư vấn thiết kế phải gò ép cho đủ để có thiết kế giao nộp. Tại một vài dự án, trước áp lực phải sớm hoàn thành của Ban nên đã xảy ra tình trạng các đơn vị thiết kế chỉ quan tâm tiến độ và chi phí, chất lượng hồ sơ thiết kế, các phương án so sánh vì thế mà bị xem nhẹ, bị coi là hình thức. Có thể thấy rằng, một
số cá nhân, tổ chức chưa đủ trình độ thiết kế hoạt động mang tính chất chụp giật, làm cho xong, cộng với sự quản lý lỏng lẻo của Nhà nước và của Ban, đã cho ra đời nhiều dự án đầu tư xây dựng công trình kém chất lượng.
Bên cạnh đó, hoạt động tuyển chọn nhà thầu còn chưa tốt, lỏng lẻo trong vấn đề kiểm tra năng lực tư vấn xây dựng. Trong khi hiện nay có hàng trăm công ty tham gia vào lình vực thiết kế, nhưng chỉ một số ít các doanh nghiệp tư vấn lớn có truyền thống và bề dày kinh nghiệm, lực lượng chuyên môn ổn định, có chiều sâu, còn lại chủ yếu là các doanh nghiệp tư vấn mới thành lập năng lực còn yếu kém. Chưa kể đến tình trạng nhiều doanh nghiệp tư vấn thiết kế không đủ năng lực vẫn tham gia hoạt động thiết kế, nhiều cá nhân không có chứng chỉ chứng, không phù hợp vẫn tham gia thiết kế còn khá phổ biến.
Công tác thẩm tra thiết kế thời gian vừa qua cũng chưa đạt yêu cầu về chất lượng, nhiều trường hợp còn mang tính thủ tục và thường bị coi nhẹ, trong khi đây lại là công cụ hỗ trợ rất hữu ích để Ban kiểm soát chất lượng công việc của các nhà thầu tư vấn; đôi khi vì mục đích nhằm phục vụ tiến độ giải ngân kế hoạch năm, đã bỏ qua những sai sót, bất hợp lý của hồ sơ thiết kế. Hiện nay, với những dự án có quy mô lớn và kỹ thuật phức tạp, đội ngũ cán bộ kiểm soát chất lượng hồ sơ thiết kế của Ban QLDA thuỷ lợi Thanh Hoá vẫn còn thiếu,không đủ năng lực chuyên môn và năng lực tổ chức để thẩm định, khắc phục những sai sót của hồ sơ, làm việc chưa độc lập và chịu nhiều áp lực, thường có tư tưởng khoán trắng cho tư vấn, thẩm định trong khi trên thực tế trách nhiệm của các tổ chức tư vấn, thẩm định là không lớn nên không đáp ứng được sự kỳ vọng của Ban.
Ngoài ra, Ban chưa chú trọng hoặc không đủ năng lực quản lý dẫn đến nhà thầu tư vấn thiết kế không biên soạn hoặc làm một cách chiếu lệ, sơ sài quy trình bảo trì công trình theo qui định, là một trong những nguyên nhân dẫn đến sự xuống cấp nhanh chóng của các dự án đầu tư xây dựng công trình.
Ví dụ: Dự án Cải tạo, nâng cấp hệ thống kênh tiêu 5 xã và mở rộng cống Bái
Trung, huyện Hậu Lộc, tỉnh Thanh Hoá, khi thực hiện thiết kế do tuyến kênh lựa chọn không hợp lý, phải điều chỉnh thay đổi phương án tuyến và vị trí đặt trạm bơm
và bổ sung nhiều hạng mục. Dự án này do phải điều chỉnh thiết kế nhiều lần nên đã bị chậm tiến độ, dẫn đến tổng mức đầu tư bị đội giá lên hơn 12 tỷ đồng.
Dự án Cải tạo, nâng cấp đường giao thông nông thôn từ thị trấn Triệu Sơn đi Thọ Bình, huyện Triệu Sơn, tỉnh Thanh Hoá, do nhà thầu thiết kế không đảm bảo năng lực kéo dài thời gian trình hồ sơ thiết kế để phê duyệt, dẫn đến phải thay đổi nhà thầu thiết kế khác làm ảnh hưởng tới tiến độ thi công toàn dự án.