Đây là khâu luôn làm chậm tiến độ của dự án do việc GPMB bao gồm nhiều bước, nhiều thủ tục rườm rà, áp đơn giá đền bù không hợp lý, thiếu minh bạch, công bằng, liên quan đến nhiều cấp và liên quan đến dân, nếu không được giải quyết ổn thoả, việc làm nhà di rời dân hoặc việc đền bù không thoả đáng không phù hợp với nguyện vọng của dân thì rất khó có thể thực hiện.
Khi có quyết định phê duyệt dự án, Ban sẽ cùng với UBND quận huyện nơi tiến hành thực hiện dự án làm các thủ tục thành lập hội đồng GPMB, tổ công tác GPMB các dự án, phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng cơ chế chính sách đền bù phù hợp với dự án, đồng thời phối hợp với hội đồng GPMB điều tra khảo sát, lên phương án tổ chức đền bù thiệt hại cho người bị thu hồi đất, mất tài sản. Sau khi phương án đền bù GPMB được phê duyệt, Ban phải bảo đảm đầy đủ kinh phí để chi trả kịp thời tiền bồi thường, hỗ trợ và tái định cư cho người bị thu hồi đất, mất tài sản. Tuy nhiên, thực tế một số địa phương còn chưa thực sự quan tâm đến công tác đền bù GPMB, hội đồng GPMB chủ yếu thực hiện công việc điều tra và lập phương án đền bù, còn thực tế việc giải quyết đền bù như thế nào đều giao phó cho Ban giải quyết với các hộ dân, chính vì vậy nên hiệu quả chưa cao, tiến độ bị chậm, khiến cho nhiều dự án ngay từ khâu đầu tiên đã không thể đi vào thực hiện do không được giải quyết thỏa đáng các công việc chuẩn bị.
Nguyên nhân từ Ban là do công tác cập nhật thông tin, tài liệu các địa phương để phục vụ cho công tác GPMB còn chưa đáp ứng được yêu cầu, đơn giá đền bù không hợp lý, các cán bộ được phân công giám sát chưa làm tròn nhiệm vụ đôn đốc nhà thầu tư vấn thiết kế cung cấp số liệu về diện tích đất sử dụng chậm trễ; bên cạnh đó Ban chưa có sự phối hợp linh hoạt với chính quyền địa phương để giải quyết các vấn đề liên quan, công tác tuyên truyền, vận động chưa được thực hiện tốt.
Ví dụ: Hiện nay, công tác giải phóng mặt bằng ở hầu hết các địa phương trong giai đoạn này đều rất chậm trễ và phức tạp. Như Dự án Cải tạo, nâng cấp đường giao thông liên xã Hoằng Tiến - Hoằng Thanh - Hoằng Phụ, huyện Hoằng Hoá, tỉnh Thanh Hoá, do giá đền bù thấp hơn nhiều so với giá thị trường cùng thời điểm và
phương án tái định cư chưa hợp lý, nhân dân không cho triển khai công việc giải toả mặt bằng, theo kế hoạch Dự án phải được triển khai từ năm 2008 nhưng phải đến năm 2009 mới thực hiện được.