Hiệu quả hoạt động của cơ quan thuế được hiểu ở góc độ cơ quan thuế có hoàn thành tốt vai trò của mình trong việc quản lý thuế cũng như hỗ trợ người nộp thuế. Đối với tuân thủ thuế,về mặt lý thuyết vẫn còn tồn tại những tranh luận xung quanh vấn đề làm cách nào đánh giá tác động hiệu quả hoạt động của cơ quan thuế lên hành vi tuân thủ của người nộp thuế. Vai trò của cơ quan thuế trong việc giảm thiểu khoản cách thuế _tax gap và gia tăng tính tuân thủ tự nguyện rõ ràng rất quan trọng. Hasseldine & Li (1999) minh họa rằng để tối thiểu việc trốn thuế, cần đặt chính phủ và cơ quan thuế vào vị trí chính yếu phải quản lý hệ thống thuế một cách hiệu quả liên tục. Chính phủ đóng vai trò quan trọng trong việc thiết kế hệ thống thuế, thực thi cụ thể và quản lý cơ chế thu (Hasseldine & Li, 1999).
Ngoài ra, Roth & Ctg (1989) đề nghị để tăng tuân thủ, tối đa số thu thuế và được người nộp thuế tôn trọng, trước hết chính phủ phải xây dựng một hệ thống thuế kinh tế và khả thi. Chính phủ cần có quyền hạn thích hợp (bao gồm quyền truy cập và thu thập thông tin) để quản lý hệ thống thuế. Hệ thống thuế phải ngăn chặn việc trốn
thuế và không được tạo ra sự không trung thực, tránh xu hướng khai thác cạn kiệt nguồn thu thuế, tránh mâu thuẫn hoặc gây ra những vấn đề về chính trị; một mặt, hệ thống thuế phải có mối liên kết nhất định với hệ thống thuế quốc tế.
Một nghiên cứu gần đây của Richardson (2008) cũng đề nghị rằng vai trò của chính phủ có tác động đáng kể đến việc quyết định thái độ của người nộp thuế đối với tuân thủ thuế. Nghiên cứu của ông nỗ lực điều tra các yếu tố của hành vi trốn thuế ở 47 quốc gia trong đó có Mỹ, Anh, Achentina, Thái Lan, Canada, Chile và Brazil. Richardson đề nghị chính phủ nên tăng cường danh tiếng và tăng uy tín của họ để có thể đạt được niềm tin từ người nộp thuế.