Bên cạnh các phương pháp thanh tra chủ yếu được sử dụng nêu trên, thanh tra thuế còn sử dụng các phương pháp, kỹ năng kiểm tra bổ trợ sau:
Quan sát: quan sát trực tiếp những hoạt động, tài sản, quy trình sản xuất kinh doanh có liên quan đến nội dung thanh tra tại hiện trường. Mục đích của việc quan sát là kiểm tra hiện trạng thực tế của tài sản, kiểm định hoạt động sản xuất kinh doanh có diễn ra hay không, quy mô, mức độ của hoạt động kinh tế phát sinh của người nộp thuế như thế nào, có khớp đúng với sổ sách hay không? Khi thực hiện phương pháp
này CBTT phải tế nhị không được gây trở ngại cho công việc kinh doanh bình thường của người nộp thuế.
Phỏng vấn: giúp CBTT thu được tin tức từ người có quan hệ trực tiếp, gián tiếp đến nội dung thanh tra. Điều quan trọng là nghệ thuật phỏng vấn phải khéo để thu được những thông tin cần thiết mà người được hỏi lại sẵn sàng trả lời.
Thẩm tra và xác nhận từng phần: Kỹ thuật này đòi hỏi trong quá trình thanh tra phải có văn bản xác nhận về từng phần việc đã được xác minh, trên cơ sở xác nhận từng phần để đi đến xác nhận toàn bộ. Mục đích của phương pháp này nhằm đảm bảo kết luận thanh tra về các nội dung được chuẩn xác, trung thực, khách quan. Khi kiểm tra phải đối chiếu với nhiều nguồn số liệu, nhiều nguồn thông tin để đảm bảo tính khớp đúng của sự việc, do đó phương pháp này còn được gọi là phương pháp phối hợp
kiểm tra nhiều nguồn. Toán học: đó là phương pháp số học, toán kinh tế... giúp cho việc tính toán , đối
chiếu và tổng hợp số liệu...34
Tóm lại, qua tổng hợp các phương pháp thanh tra thuế ta thấy mỗi phương pháp điều có ưu và nhược điểm riêng, tùy vào từng đối tượng và vào nhiều trường hợp cụ thể mà ta có thể áp dụng những phương pháp khác nhau sao cho hợp lý và đạt được hiệu quả cao. Vậy nên trong quá trình triển khai hoạt động thanh tra, CBTT cần vận dụng linh hoạt các phương pháp trong từng bước khác nhau để đạt được hiệu quả cao
nhất.