Chứng từ gốc là cơ sở pháp lý cho mọi số liệu, tài liệu về tài chính, kế toán của NNT, là cơ sở pháp lý cho việc thanh tra tình hình chấp hành pháp luật thuế của NNT. Số liệu, tài liệu kế toán phản ánh các hoạt động kinh tế tài chính của đơn vị đều phải được ghi chép, tính toán trên cơ sở số liệu của chứng từ gốc. Kiểm tra chứng từ gốc là việc thanh tra thuế xem xét tính hợp pháp, hợp lý của hoạt động kinh tế tài chính ghi trong chứng từ gốc. Kiểm tra chứng từ gốc có ý nghĩa quan trọng trong thanh tra thuế vì chứng từ gốc là thông tin cơ sở, là căn cứ pháp lý ghi nhận nghiệp vụ kinh tế phát sinh và thực sự hoàn thành, là cơ sở của mọi số liệu kế toán và kê khai, tính nộp thuế của NNT.
+ Một là, kiểm tra chứng từ theo trình tự thời gian: Là kiểm tra tất cả các chứng từ gốc đã được sắp xếp thứ tự thời gian phát sinh. Ưu điểm của phương pháp này là CBTT nắm được tình trạng của chứng từ theo trình tự, diễn biến của thời gian nghiệp vụ kinh tế phát sinh của người nộp thuế. Tuy nhiên, hạn chế của phương pháp này là đoàn thanh tra tốn nhiều thời gian, nhân lực để thanh tra, do đó đạt hiệu quả thấp nên phương pháp ít được sử dụng.
+ Hai là, kiểm tra theo loại nghiệp vụ: Là kiểm tra chứng từ gốc đã được phân loại, sắp xếp theo một loại nghiệp vụ nhất định như: Chứng từ thu, chi tiền mặt, chứng từ nhập, xuất kho.... Phương pháp này áp dụng khi cần kiểm tra để rút ra kết luận đầy đủ về một loại nghiệp vụ nào đó theo yêu cầu thanh tra. Đây là phương pháp được sử dụng phổ biến trong thanh tra thuế. Phương pháp này tiết kiệm được thời gian kiểm tra, tương đối hiệu quả. Hạn chế của phương pháp này là CBTT chỉ kiểm tra được một nghiệp vụ nhất định, không theo dõi được lịch sử, diễn biến theo thời gian phát sinh của chứng từ
+ Ba là, kiểm tra điển hình (xác suất): Là việc lựa chọn ngẫu nhiên (chọn mẫu) một số chứng từ của một loại nghiệp vụ nào đó để kiểm tra, xem xét và rút ra kết luận chung. Việc chọn mẫu có thể thực hiện theo nhóm (theo thứ tự thời gian) hoặc chọn mẫu một cách ngẫu nhiên (rút ngẫu nhiên một vài chứng từ để kiểm tra), hoặc chọn mẫu theo phân tầng (ví dụ: kiểm tra tất cả các khoản chi phí có giá trị lớn). Sau khi hoàn thành việc chọn mẫu, cán bộ thanh tra sẽ phân tích nếu có sự sai sót thì cần phải phân tích nguyên nhân do cố ý sai sót hay vô tình, có thường xuyên lặp lại hay không? mức độ nghiêm trọng của các sai sót? Tùy theo mức độ của gian lận, sai sót mà cán bộ thanh tra có thể mở rộng phạm vi chọn mẫu để thu thập thêm bằng chứng để kết luận.
Phương pháp kiểm tra xác suất tiết kiệm về thời gian, công sức cho đoàn thanh tra, áp dụng trong trường hợp người nộp thuế có quá nhiều hóa đơn chứng từ mà việc kiểm tra theo trình tự thời gian hoặc theo loại nghiệp vụ không thể giải quyết được. Do kiểm tra xác suất nên độ chính xác tuyệt đối của phương pháp thanh tra này là không cao.