Năm 1993, IRRI phỏt triển giống lỳa IR66946, một giống lỳa chống chịu mặn khỏ tốt từ tổ hợp lai của Pokkali/IR29. Từ đú, hƣớng lai tạo tập trung vào lai chuyển gen chống chịu mặn từ Pokkali và một số giống lỳa mựa địa phƣơng cú tớnh chống chịu mặn bằng phƣơng phỏp hồi giao vào cỏc nguồn giống lỳa cao sản thớch nghi với từng vựng sinh thỏi trồng lỳa riờng biệt [62]. Tuy nhiờn, nhƣợc điểm của phƣơng phỏp lai tạo truyền thống là mất nhiều thời gian. Thụng thƣờng từ 6 - 8 lần hồi giao cần đƣợc thực hiện, tƣơng đƣơng với 3 - 4 năm lai tạo. Một khú khăn khỏc thƣờng gặp trong lai tạo giống mới là đụi khi cú mối liờn kết khỏ chặt chẽ giữa tớnh trạng chống chịu mặn với cỏc tớnh trạng xấu, khụng mong muốn, thƣờng đƣợc lai chuyển vào con lai cựng lỳc. Cỏc gen điều khiển tớnh trạng khụng mong muốn này ảnh hƣởng xấu đến biểu hiện của con lai. Do đú, lai tạo
cho tớnh trạng chống chịu mặn trong vài trƣờng hợp mất đến 10 hoặc 15 năm để phỏt triển một giống lỳa mới [40]. Ngoài ra, việc lai tạo giống lỳa chống chịu mặn cũn gặp khú khăn do bản chất đa gen của tớnh trạng chống chịu mặn. Biểu hiện tớnh chống chịu mặn của một giống lỳa bị ảnh hƣởng rất lớn của điều kiện ngoại cảnh. Theo Islam AM. et al. (2007) [93], thỡ hệ số di truyền của tớnh chống chịu mặn thấp (<19,18%), nờn tớnh chống chịu mặn của cỏc dũng con lai thƣờng khụng cao nhƣ bố mẹ đó cú sẵn gen.
Mới đõy, bằng phƣơng phỏp sinh sản vụ tớnh, cỏc nhà khoa học Trung Quốc (TQ) đó thành cụng trong việc tạo ra gen SKC1 giỳp tăng khả năng chịu mặn của lỳa. Ứng dụng gen này mở ra hy vọng làm gia tăng và ổn định sản lƣợng lỳa của nƣớc này. Gen SKC1 đƣợc sinh sản vụ tớnh từ một loại lỳa chịu mặn cũ cú nguồn gốc ở vựng Thƣợng Hải. Cỏc gen này cú thể kiểm soỏt hiệu quả và làm cõn bằng lƣợng Natrium và Kalium trong phần thõn cõy lỳa mọc trờn mặt đất và ngăn ngừa chất hydronium độc hại tớch tụ trong thõn và lỏ lỳa. Một lƣợng lớn Natrium hydronium cú xu hƣớng tớch tụ trong phần thõn cõy lỳa ở một mụi trƣờng cú nhiều Natrium và gen SKC1 cú thể giỳp chuyển Natium hydronium trở lại rễ, nhờ đú làm cho cõy lỳa giảm ngộ độc Natrium. Gen SKC1 lƣu chuyển Natrium hydronium chứ khụng lƣu chuyển Kalium hydronium. Do đú, lƣợng Natrium hydronium dƣ thừa đƣợc lƣu chuyển xuống rễ cõy lỳa, giỳp cho Kalium hydronium cú đủ khụng gian để trở lại phần thõn lỳa. Từ năm 1992 - 1995 Viện Khoa học Nụng nghiệp Miền Nam đó tiến hành thanh lọc mặn cho 88 giống lỳa địa phƣơng và 100 giống lỳa nƣớc của IRRI với giống Pokkali làm đối chứng chống chịu mặn. Kết quả chọn đƣợc 14 giống triển vọng, trong đú cú 2 giống từ bộ giống nƣớc triều của IRRI là: FRG67, ROHYD15 và 12 giống lỳa từ tập đoàn giống của cổ truyền là: lỳa Tiờu, Ba Lờ, Đốc Đỏ, Nàng Thƣớc Dài, Chõn Hƣơng, Tam sắc, Nàng Quốc Nhuyễn, Nàng Hƣơng 2, Nàng Hƣơng 3, Nàng Co đỏ, Bảy Dảnh, Một Bụi trong đú đặc biệt chỳ ý đến giống cú nguồn gốc từ Pakistan, cho năng suất cao, chống chịu mặn tốt, phẩm chất gạo tốt [28],[39], đỏnh giỏ tớnh chống chịu mặn của 62 giống lỳa cổ truyền, với Pokkali là giống chuẩn khỏng và
giống IR29 là giống chuẩn nhiễm, cỏc giống chống chịu mặn thu đƣợc lần lƣợt là: Nếp ỏo Già, Trắng Điệp, Múng Chim, Múng Chim Rơi và Nếp Bờ Giếng. Viện Cõy lƣơng thực và Cõy thực phẩm, từ năm 2001 - 2005 đó nghiờn cứu chọn tạo giống lỳa chịu mặn cho cỏc vựng lỳa ven biển phớa Bắc và đó tạo ra giống lỳa chịu mặn M6 [2]. Viện Lỳa Đồng bằng sụng Cửu Long từ năm 2009 đến nay đó bƣớc đầu tỡm đƣợc 30 dũng lỳa cú triển vọng chịu mặn là những dũng lỳa kế thừa, đƣợc phỏt hiện chịu mặn qua nhiều lần thanh lọc trong phũng thớ nghiệm và nhà lƣới. Một số giống lỳa mới của Viện Lỳa Đồng bằng sụng Cửu Long xỏc định cú khả năng khỏng mặn khỏ cao nhƣ: OM6976, OM6677, OM5464, OM5629, OM5166, OM 5451, OM 4059, OM 6164... đó và đang đƣợc khảo nghiệm ở một số tỉnh nhƣ Súc Trăng, Kiờn Giang, Bến Tre, Bạc Liờu... Kết quả khảo nghiệm ban đầu ghi nhận khỏ khả quan, trong đú giống lỳa OM5464 đang đƣợc đề nghị nhõn rộng và trỡnh Bộ Nụng nghiệp và PTNT cụng nhận là giống lỳa sản xuất thử trong năm 2010. Hai giống OM6976 và OM5166 đang đƣợc tiếp tục khảo nghiệm, xỏc định biện phỏp kỹ thuật thớch hợp để tăng tớnh chịu mặn và năng suất của giống. Mới đõy hai giống lỳa BRRIDhan 40 và BRRIDhan 41 (Của Viện Nghiờn cứu giống lỳa Bangladesh - BRRI) đó đƣợc đƣa ra để trồng ở vựng ven biển vào mựa mƣa. Những giống lỳa này cú năng suất cao hơn 2 tấn/ha so với cỏc giống lỳa đƣợc trồng lõu đời tại địa phƣơng trong điều kiện đất cú độ mặn trung bỡnh (EC khoảng 6dS/m). Để sử dụng thớch ứng với điều kiện mặn cỏc nhà khoa học nụng nghiệp đó tiến hành nghiờn cứu cỏc giống lỳa chịu mặn, cho năng suất, phẩm chất cao. Cú thể nờu cụng trỡnh nghiờn cứu tiờu biểu nhƣ cụng trỡnh Ứng dụng cụng nghệ sinh học trong chọn tạo giống lỳa trong đú cỏc tỏc giả đó đi sõu nghiờn cứu phõn tớch tớnh trạng chống chịu mặn của 108 dũng tổ hợp lai Tenasai2/CB, đƣợc quan sỏt trong điều kiện mặn 12dS/m bao gồm: số ngày cõy mạ sống sút (SD), chiều dài chồi, chiều dài rễ, trọng lƣợng khụ của rễ, trọng lƣợng khụ của chồi, hàm lƣợng Na+, K+ và tỷ số giữa Na+/K+ trong chồi. Chỉ thị phõn tử đƣợc sử dụng trong phõn tớch bản đồ di truyền là RFLP và microsatellite với 108 marker, phủ trờn 12 nhiễm sắc thể cõy lỳa. Kết quả nghiờn cứu làm cơ sở cho chƣơng trỡnh lai tạo giống lỳa chịu mặn.