- Nhiễm trùng viêm phổi, viêm màng não
4. Khuẩn ty khí sinh (ISP2) Xám Xám Xám trắng Xám trắng
5.Khuẩn ty cơ chất (ISP2) Xám Xám Vàng Vàng nâu
6.Sắc tố tan Không Không Không Không
7.Sắc tố melanin Không Không Không Không
8.Nhiệt độ 30 – 37oC 25 – 32oC 30 – 37oC 25 – 32oC 9.pH 7 – 8 7 – 8 7 – 8 7 – 8 9.pH 7 – 8 7 – 8 7 – 8 7 – 8 10. Nồng độ muối (%) 7 – 10 5 – 7 5 – 7 5 – 7 11.Sử dụng nguồn đường D-Glucose + + + + Sucrose + + + ± D-Xylose + + + + Myo-Inositol + + + + D-Mannitơl + + + + D-Fructose + + ± + Rhamnose + + + + Raffinose - - ± ±
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 44
Hai chủng XK được phân loại theo phương pháp của Chương trình xạ khuẩn Quốc tế (ISP) 1966 và 1974 (Stanley, 1989; Shirling, 1966; Washman, 1961); tham khảo Sổ tay phân loại của Bergey (1989; 2012), chúng tôi nhận thấy rằng chủng VD111 có đặc điểm gần giống với chủng chuẩn Streptomyces albogriseolus ISP 5003 do Benedict và cộng sự mô tả năm 1954.
Chủng TB5.3 mang nhiều đặc điểm giống với chủng chuẩn Streptomyces viridodiastaticus ISP 5249 do Baldacci và cộng sự mô tả năm 1955.
3.2. Phân loại hai chủng XK dựa trên trình tự gen 16S rDNA
Để xác định trình tự gen 16S rDNA, chúng tôi tiến hành tách DNA tổng số của hai chủng VD111 và TB5.3, sau đó kiểm tra trên gel agarose 1%. Sau khi thực hiện phản ứng PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu FC27 và RC1492 để khuếch đại gen 16S rDNA của cả hai chủng thu được 1 băng DNA rõ nét duy nhất có kích thước khoảng 1500 bp. Kết quả thể hiện trên Hình 3.5 cho thấy phản ứng PCR trong thí nghiệm này là đặc hiệu.
Hình 3.5. Điện di kiểm tra sản phẩm PCR
Ghi chú: M: Thang DNA chuẩn 1 kb
1: sản phẩm PCR nhân dòng gen 16S rDNA chủng TB5.3 2: sản phẩm PCR nhân dòng gen 16S rDNA chủng VD111