Năng lực quản lý của một ngân hàng đƣợc phản ánh qua năng lực quản lý điều hành của hội đồng quản trị và ban điều hành. Năng lực quản lý thể hiện ở mức độ chi phối và khả năng giám sát của hội đồng quản trị đối với ban điều hành; mục tiêu và động cơ cũng nhƣ mức độ cam kết của hội đồng quản trị và ban điều hành đối với việc duy trì và nâng cao khả năng cạnh tranh của ngân hàng; chính sách quản tiền lƣơng, phúc lợi dành cho ban điều hành; chất lƣợng và hiệu quả của việc thực thi các chính sách, chiến lƣợc, chiến thuật do hội đồng quản trị và ban điều hành đề ra. Năng lực quản lý quyết định hiệu quả sử dụng các nguồn lực của ngân hàng. Một ngân hàng với một đội ngũ ban điều hành và hội đồng quản trị yếu kém sẽ không đủ trình độ đƣa ra những quyết sách, điều chỉnh chiến lƣợc, chiến thuật kinh doanh nhằm thích ứng với những biến động của thị trƣờng và làm lãng phí các nguồn lực của ngân hàng, làm yếu đi và xói mòn năng lực cạnh tranh của chính ngân hàng đó.
Năng lực quản lý của hội đồng quản trị và ban điều hành một phần bị chi phối bởi cơ cấu tổ chức của chính ngân hàng. Cơ cấu tổ chức là một tiêu chí quan trọng phản ánh cơ chế phân bổ các nguồn lực của một ngân hàng, phản ánh quy mô
và trình độ tổ chức của một ngân hàng. Việc đánh giá một cơ cấu tổ chức hoạt động có hiệu quả hay không không những chỉ dựa số lƣợng các phòng ban chức năng, sự phân công, phân cấp giữa các phòng ban mà còn phụ thuộc vào mức độ phối hợp hiệu quả, nhịp nhàng giữa các phòng ban chức năng, các đơn vị trực thuộc (sở giao dịch, chi nhánh, phòng giao dịch) để triển khai thành công các chiến lƣợc, chiến thuật nhằm hoàn thành kế hoạch kinh doanh và khả năng thay đổi cơ cấu tổ chức nhằm đáp ứng những biến động của thị trƣờng.
Sự hạn chế về năng lực quản trị xuất phát chủ yếu từ vấn đề cơ cấu sở hữu, năng lực của cổ đông và hội đồng quản trị, hội đồng thành viên và các vị trí quản lý của ngân hàng. Nhiều cổ đông lớn và ngƣời đại diện cổ đông lớn tham gia các vị trí quản lý, điều hành ngân hàng nhƣng lại thiếu kiến thức chuyên môn, nghiệp vụ và kinh nghiệm về ngân hàng. Hệ thống quản trị, nhất là hệ thống quản trị rủi ro, hệ thống kiểm tra, kiểm soát và kiểm toán nội bộ của các ngân hàng hoạt động chƣa có hiệu quả và chƣa phù hợp với thông lệ, chuẩn mực quốc tế. Chuẩn mực, chính sách; phƣơng pháp, quy trình kinh doanh của các ngân hàng nhìn chung chƣa có hiệu quả cao dẫn đến chƣa kiểm soát có hiệu quả những rủi ro trọng yếu trong hoạt động của ngân hàng.