- Công nghiệp Hà Giang đang hình thành và phát triển, các doanh nghiệp hầu hết là quy mô nhỏ, chủng loại sản phẩm đơn lẻ, công nghệ sản xuất chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu thực tế, khi có biến động về giá cả và sức mua sẽ tác động trực tiếp vào quá trình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, ảnh hƣởng đến giá trị sản xuất công nghiệp.
- Do yếu tố bất lợi về vị trí địa lý, nên việc thu hút đầu tƣ vào địa bàn tỉnh gặp rất nhiều khó khăn thách thức; đồng thời ảnh hƣởng của lạm phát và suy thoái của nền kinh tế thế giới đã làm ảnh hƣởng xấu đến tiến độ thực hiện đầu tƣ xây dựng của các dự án thủy điện, khoáng sản, nông lâm sản...
- Công tác QLNN về công nghiệp còn chậm xây dựng quy hoạch, cơ chế chính sách chƣa thực sự thu hút đƣợc đầu tƣ nƣớc ngoài và ngoài tỉnh. Do ảnh hƣởng của lạm phát và sự suy giảm nền kinh tế thế giới và Việt Nam nói chung, tỉnh Hà Giang nói riêng, tình hình biến động giá cả của vật tƣ vật liệu xây dựng đã làm ảnh hƣởng hầu hết đến tiến độ thực hiện đầu tƣ xây dựng của các dự án.
- Tiến độ triển khai quy hoạch chi tiết và xây dựng các cụm công nghiệp trên địa bàn chậm. Công tác đền bù, giải phóng mặt bằng nhiều dự án chƣa đáp ứng đƣợc tiến độ cho nhà đầu tƣ.
- Sợ phối hợp giữa các cơ quan quản lý cấp tỉnh, cấp huyện và các ngành liên quan với các doanh nghiệp có lúc chƣa chặt chẽ, đồng bộ, dẫn đến việc triển khai các chủ trƣơng, đƣờng lối, cơ chế, chính sách bị hạn chế, chậm đƣợc triển khai trong thực tiễn, làm chậm quá trình đầu tƣ các dự án.
- Bộ máy quản lý về công nghiệp cả cấp tỉnh, huyện còn thiếu về số lƣợng, yếu về năng lực quản lý kỹ thuật, chuyên môn, nghiệp vụ. Lực lƣợng lao động quản lý doanh nghiệp, quản lý kỹ thuật, quản lý kinh tế, lao động có kỹ thuật chƣa đƣợc chú trọng đào tạo cơ bản làm giảm khả năng huy động nguồn lực cho phát triển công nghiệp.