Trong thời gian qua, sản xuất công nghiệp có sự tăng trƣởng khá rõ nét nhƣng quy mô còn nhỏ bé, giá trị tuyệt đối còn thấp, chất lƣợng sản phẩm còn hạn chế nên khả năng cạnh tranh chƣa cao, công nghệ sản xuất lạc hậu, chậm đổi mới nên hiệu quả thấp.
- Quy mô, trình độ, điểm xuất phát của sản xuất công nghiệp Hà Giang ở vị trí thấp so với mặt bằng khu vực. Các doanh nghiệp công nghiệp quy mô nhỏ bé, sản xuất không tập trung, công nghệ trang thiết bị sản xuất lạc hậu, không đồng bộ. Trình độ quản lý sản xuất, quản lý kinh tế, năng lực tay nghề của lực lƣợng lao động công nghiệp thấp dẫn đến chất lƣợng sản phẩm, mẫu mã hàng hoá không đa dạng. Làm cho sản phẩm kém khả năng cạnh tranh trên thị trƣờng trong nƣớc và ngoài nƣớc.
- Các dự án thuỷ điện, khai thác, chế biến còn chậm tiến độ dẫn đến giá trị sản xuất công nghiệp mặc dù tăng song chƣa đạt hiệu quả nhƣ mong muốn; chƣa có các sản phẩm công nghiệp có giá trị cao, chƣa đáp ứng nhu cầu tiêu thụ trong nƣớc và xuất khẩu.
- Chƣa có các cơ chế, chính sách đủ mạnh để thu hút, kêu gọi các nhà đầu tƣ có tiềm năng về vốn, năng lực đầu tƣ vào ngành công nghiệp chế biến nông lâm sản, thực phẩm trên địa bàn.
- Tình trạng gây ô nhiễm môi trƣờng, mất an toàn lao động trong hoạt động sản xuất công nghiệp; đặc biệt là công nghiệp khai thác khoáng sản, chế biến nông lâm sản đã và đang xảy ra ở nhiều nơi. Phần lớn các doanh nghiệp thăm dò, khai thác khoáng sản, chế biên nông lâm sản có quy mô nhỏ, trung bình, chƣa đủ sức chế biến sâu.