Bên cạnh những mặt đạt được như đã nêu trên, trong hoạt động tín dụng của OCB vẫn còn có một số tồn tại sau:
Tỷ lệ nợ quá hạn, nợ xấu tăng cao, đặc biệt là từ năm 2011 trở đi. Cụ thể: cuối năm 2011 nợ quá hạn chiếm 16,3% tổng dư nợ cho vay, trong đó nợ xấu chiếm 58,7% nợ quá hạn và 9,6% tổng dư nợ cho vay; cuối năm 2012 nợ quá hạn chiếm 15% tổng dư nợ cho vay, trong đó nợ xấu chiếm 35,6% nợ quá hạn và 5,3% tổng dư nợ cho vay. Bên cạnh đó, từ năm 2010 trở đi nợ quá hạn có tốc độ tăng đáng kể so với tốc độ tăng
dư nợ (năm 2010: 59,1%/13,4%; năm 2011: 188,7%/19,5% và năm 2012: 15,7%/25,6%), trong đó tỷ lệ nợ xấu chiếm tỷ trọng khá cao trong nợ quá hạn.
Với tỷ lệ nợ quá hạn và tỷ lệ nợ xấu khá cao như trên là dấu hiệu cho thấy chất lượng cho vay và hiệu quả kinh doanh của OCB đang có chiều hướng giảm sút. Mặc dù phần lớn dư nợ của OCB được đảm bảo bằng tài sản, tuy nhiên với tỷ lệ nợ xấu khá cao, tình hình thị trường bất lợi như hiện nay thì việc xử lý tài sản bảo đảm để thu hồi nợ sẽ tốn nhiều thời gian, chi phí và tiềm ẩn rủi ro mất vốn cũng như ảnh hưởng đáng kể đến hiệu quả kinh doanh của ngân hàng.
Tỷ lệ khách hàng có nợ quá hạn có xu hướng tăng và ổn định (năm 2008: 8,6%, năm 2009: 9,3%, năm 2010: 9,8%, năm 2011: 9,7% và năm 2012 là 9,6%), đây là một tỷ lệ tương đối cao và cho thấy chính sách tín dụng của ngân hàng chưa đạt hiệu quả trong việc sàn lọc và lựa chọn khách hàng để cho vay. Từ năm 2011 đến năm 2012, tỷ lệ khách hàng có nợ quá hạn thấp hơn nhiều so với tỷ lệ nợ quá hạn, điều này cho thấy nợ quá hạn của OCB đang tập trung vào một số ít khách hàng có dư nợ lớn. Bên cạnh đó, tốc độ tăng khách hàng khá thấp so với tốc độ tăng trưởng dư nợ, điều này cho thấy OCB có xu hướng cho vay lớn đối với một khách hàng mới và gia tăng dư nợ đối với các khách hàng cũ, chính vì vậy đã làm cho nợ quá hạn tập trung vào một số khách hàng có dư nợ lớn như đã nêu trên và tiềm ẩn nhiều rủi ro trong việc thu hồi nợ.
Trong năm 2008 và năm 2009 khả năng sử dụng vốn của OCB tương đối cao (chỉ tiêu H1 lần lượt là 104% và 102%). Tuy nhiên, từ năm 2010 trở đi chỉ tiêu này dao động từ 68% -78%, do ảnh hưởng của tình hình thị trường ngân hàng có nhiều biến động như lãi suất cao, nợ xấu tăng mạnh, tình hình thanh khoản kém, quy định hạn mức tăng trưởng tín dụng của NHNN…đã làm ảnh hưởng đến tỷ lệ sử dụng nguồn vốn huy động để cho vay nhằm đảm bảo cân đối giữa lợi nhuận và rủi ro. Đó cũng là nguyên nhân làm cho tỷ lệ dư nợ cho vay trên tổng tài sản có (chỉ tiêu H2) có xu hướng giảm dần qua các năm.
Do sức ép cạnh tranh giữa các ngân hàng ngày càng gay gắt và áp lực tăng trưởng tín dụng của OCB nên trong một số trường hợp cho vay OCB chỉ quan tâm đến tài sản bảo đảm, chưa phân tích kỹ mục đích sử dụng vốn, hiệu quả phương án/dự án vay vốn, tình hình tài chính, kinh nghiệm kinh doanh, nguồn trả nợ của khách hàng… cũng như dự kiến các tình huống rủi ro có thể xảy ra. Do đó làm phát sinh nợ quá hạn và ảnh hưởng đến chất lượng tín dụng.
Một số sai phạm về mặt quy chế, quy trình tín dụng cũng như trình độ chuyên môn nghiệp vụ và đạo đức nghề nghiệp đã ảnh hưởng đến chất lượng tín dụng do quyết định cho vay không chính xác và công tác quản lý khoản vay chưa chặt chẽ và đầy đủ trách nhiệm.