Mặc dù Luật đất đai đã quy định đất đai thuộc sở hữu toàn dân, Nhà nước giao đất cho các chủ thể sử dụng đất nông nghiệp (như đã nêu các chủ thể sử dụng đất tại Chương 1) nhưng khi Nhà nước cần thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế xã hội cũng như các mục đích khác nhau việc thu hồi đất nông nghiệp là hết sức cần thiết. Những năm gần đây khi đất nông nghiệp ngày càng có giá nhất là đất nông nghiệp ở ven các đô thị thì việc thu hồi đất
đang phải đối mặt với nhiều thách thức. Một mặt, sức ép đối với giải quyết việc làm cho người nông dân khi họ không còn tư liệu sản xuất khi mà trong hệ thống tổ chức kinh tế khi nền nông nghiệp tạo ra sự ổn định và bền vững sinh kế của các thế hệ mai sau. Mặt khác, thu hồi đất cũng kéo theo các hệ luỵ đối với phát triển các vấn đề ổn định trật tự xã hội và mức độ tập trung kinh tế giữa các vùng miền trong cả nước. So với Luật đất đai năm 1993, Luật đất đai năm 2003 đã quy định về cụ thể hơn, rõ ràng hơn về chế độ pháp lý khi thu hồi đất. Thu hồi đất làm chấm dứt quan hệ pháp luật đất đai giữa chủ thể sử dụng đất với nhà nước với tư cách là đại diện chủ sở hũu toàn dân về đất đai. Thông qua việc Nhà nước ra quyết định hành chính để thu lại quyền sử dụng đất thể hiện tính quyền lực nhà nước với vai trò là chủ thể quản lý nhằm đảm bảo lợi ích của Nhà nước và của xã hội.
Luật đất đai năm 2003 đã quy định các trường hợp thu hồi đất tại các Điều 38, Điều 39, Điều 40. So với Luật đất đai năm 1993 phạm vi xác định hẹp hơn và chủ yếu phục vụ các nhu cầu quốc phòng, an ninh, lợi ích quốc gia, mục đích công cộng và mục tiêu phát triển kinh tế, đồng thời mở rộng các khả năng cho phép các tổ chức kinh tế tìm kiếm mặt bằng làm cơ sở sản xuất kinh doanh thông qua các hình thức chuyển nhượng hoặc thuê đất của người sử dụng đất khác mà không nhất thiết phải dùng biện pháp hành chính là thu hồi đất. Theo đó, Nhà nước thu hồi đất trong ba trường hợp sau:
Thu hồi đất do nhu cầu Nhà nước: Trong quá trình thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội, Nhà nước là chủ thể thực hiện các chức năng đối nội và đối ngoại thì đất đai được thu hồi nhằm mục đích xây dựng cơ sở kinh tế, hạ tầng xã hội, bảo vệ chủ quyền quốc gia. Đó là các trường hợp: Nhà nước sử dụng đất vào mục đích quốc phòng, an ninh. Nhà nước sử dụng đất vào mục đích công cộng, lợi ích quốc gia. Nhà nước sử dụng đất vì lợi ích
công cộng và phát triển kinh tế để xây dựng các khu công nghiệp, khu kinh tế, khu công nghệ cao.
Đối với các trường hợp thu hồi này cho thấy còn điểm bất cập khi quy định của pháp luật đất đai chưa có quy định nào chỉ rõ các dự án thuộc diện như trên ví dụ như các công trình dự án quốc phòng, các dự án giao thông thủy lợi vvv…. Do đó, việc thu hồi này ngày càng được lách luật bằng cách lập các dự án có tính mục đích công cộng, lợi ích quốc gia để trục lợi và hợp thức hoá trong thực tiễn triển khai và thi hành các quy định này.
Mặt khác tại Khoản 2 Điều 40 Luật đất đai năm 2003 cũng quy định đối với dự án sản xuất, kinh doanh phù hợp với quy hoạch sử dụng đất đã được xét duyệt thì nhà đầu tư được nhận chuyển nhượng, thuê quyền sử dụng đất, nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất của các tổ chức kinh tế, hộ gia đình, cá nhân mà không phải thực hiện thủ tục thu hồi đất. Quy định này tạo sự chủ động cho các nhà đầu tư khi triển khai các dự án có quy mô lớn bằng việc tự thoả thuận với các chủ thể có đất nông nghiệp nhưng trên thực tế cũng rất khó khăn khi việc thoả thuận khó đạt giữa hai bên và việc đẩy giá đất cao hơn ảnh hưởng đến việc thu hồi đất và có xu hướng ngày càng phổ biến tại các địa phương có các dự án kinh tế triển khai.
Thu hồi đất vì lý do đương nhiên: Đây là trường hợp thu hồi đất do người sử dụng đất không còn nhu cầu và không thực thể thực hiện quyền của người sử dụng đất thì Nhà nước thu hồi nhằm thực hiện chức năng quản lý đất đai của mình, đó là các trường hợp: tổ chức được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất, được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất mà tiền sử dụng đất có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước hoặc cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm bị giải thể, phá sản, chuyển đi nơi khác, giảm hoặc không còn nhu cầu sử dụng đất; cá nhân sử dụng đất chết mà không có người thừa
kế; người sử dụng đất tự nguyện trả lại đất; đất được Nhà nước giao, cho thuê có thời hạn mà không được gia hạn khi hết thời hạn.
Thu hồi đất do vi phạm pháp luật đất đai: Đây là trường hợp Nhà nước thu hồi đất do người sử dụng đất có lỗi trong sử dụng đất, vi phạm pháp luật đất đai. Đó là: Sử dụng đất không đúng mục đích, sử dụng đất không có hiệu quả; người sử dụng đất cố ý hủy hoại đất; đất được giao không đúng đối tượng hoặc không đúng thẩm quyền; đất bị lấn, chiếm trong các trường hợp sau đây: đất chưa sử dụng bị lấn, chiếm và đất không được chuyển quyền sử dụng đất mà người sử dụng đất do thiếu trách nhiệm để bị lấn, chiếm; người sử dụng đất cố ý không thực hiện nghĩa vụ đối với Nhà nước; đất trồng cây hàng năm không được sử dụng trong thời hạn mười hai tháng liền; đất trồng cây lâu năm không được sử dụng trong thời hạn mười tám tháng liền; đất trồng rừng không được sử dụng trong thời hạn hai mươi bốn tháng liền.
Về trình tự thu hồi đất được quy định tại Điều 39 Luật đất đai năm 2003, theo đó thì Nhà nước thực hiện việc thu hồi đất, bồi thường, giải phóng mặt bằng sau khi quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được công bố hoặc khi dự án có nhu cầu sử dụng đất phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xét duyệt.
Trước khi thu hồi đất, chậm nhất là chín mươi ngày đối với đất nông nghiệp thì cơ quan có thẩm quyền phải thông báo cho người bị thu hồi đất biết lý do thu hồi, thời gian và kế hoạch di chuyển, phương án tổng thể về bồi thường, giải phóng mặt bằng, tái định cư.
Sau khi có quyết định thu hồi đất và phương án bồi thường bồi thường, giải phóng mặt bằng tái định cư đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xét duyệt, được công bố công khai, có hiệu lực thi hành, người bị thu hồi đất phải chấp hành quyết định thu hồi đất. Trường hợp người bị thu hồi đất không
chấp hành quyết định thu hồi đất thì UBND cấp có thẩm quyền quyết định thu hồi đất ra quyết định cưõng chế.
Mặc dù có sự đổi mới nhiều so với Luật đất đai năm 1993, nhưng chế độ thu hồi đất theo Luật đất đai năm 2003 vẫn chưa thể giải quyết được tình trạng nông dân mất đất sản xuất mà không tìm được việc làm hoặc các ngành nghề mới đảm bảo cuộc sống. Tháng 9/2008, Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn đã có Báo cáo trình Chính Phủ về thực trạng thu hồi đất nông nghiệp. Theo tính toán của cơ quan có thẩm quyền này thì tính trung bình cứ mỗi ha đất nông nghiệp bị thu hồi sẽ 10 nông dân mất việc làm và với tốc độ 73,2 nghìn ha đất bị thu hồi mỗi năm sẽ có 70 vạn nông dân không có việc làm. Khu vực bị ảnh hưởng nhiều nhất là đồng bằng sông Hồng với hơn 300.000 hộ, tiếp đến là Đông Nam Bộ với hơn 108.000 hộ đặc biệt là thành phố Hà Nội là địa phương có số hộ bị ảnh hưởng lớn nhất nước với hơn 138.291 hộ gia đình. Theo đánh giá của đại diện Ngân hàng thế giới (Wold Bank) tại Việt Nam thì nông dân là những người nghèo nhất, nhưng cùng với quá trình hiện đại hoá đất nước, họ bị kéo vào vòng xoáy của sự nghèo đói. Bởi vì khi nhận được số tiền bồi thường thì họ lại tiêu dùng vào các việc như xây nhà mua sắm, trang trải cuộc sống và sau một năm họ trở thành vô sản, họ phải tìm các cách để sinh sống nhất là vào các thành phố lớn gây áp lực rất lớn về các vấn đề xã hội. Ngoài ra, vấn đề giá đất bồi thường khi nhà nước thu hồi đất nông nghiệp còn quá thấp, ảnh hưởng tới quyền lợi của người nông dân. Khi trên một diện tích đó, chỉ sau khi có quyết định thu hồi đất của Nhà nước, thì giá đất đã lên đến gấp nhiều lần trước đó ảnh hưởng nghiêm trọng đến lợi ích của người nông dân.