Việc bảo mật trong khi thanh toán qua mạng là vấn đề chiến lược và là trọng tâm hàng đầu trong thương mại điện tử. Hiện nay, trong việc thanh toán qua mạng, các tổ chức tín dụng và các nhà cung cấp dịch vụ xử lý thanh toán thẻ tín dụng trên thế giới áp dụng công nghệ bảo mật cao cấp là SET (Secure Electronic Transaction), một nghi thức tập hợp những kỹ thuật mã hoá và bảo mật nhằm mục đích đảm bảo an toàn cho các giao dịch mua bán trên mạng. Đây là một kỹ thuật bảo mật, mã hóa được phát triển bởi VISA, MASTER CARD và các tổ chức khác trên thế giới. Mục địch của SET là bảo vệ hệ thống thẻ thanh toán, tạo cho khách hàng, doanh nghiệp, ngân hàng, các tổ chức tài chính... sự tin cậy trong khi giao dịch mua bán trên Internet. Tóm lại SET được thiết lập để bảo mật những thông tin về cá nhân cũng như thông tin về tài chính trong quá trình mua bán và giao dịch trên mạng.
Thông thường Đơn vị cung cấp Cổng thanh toán trên Website của người bán hàng hóa, dịch vụ thường họ sở hữu chức năng phát hành thẻ thanh toán khi liên danh, liên kết với một nhóm ngân hàng để cung cấp cho người tiêu dùng. Nhóm
ngân hàng này càng lớn và tiêu chuNn công nghệ SET đối với Cổng thanh toán thu hút được nhiều đối tượng khách hàng hơn.
Mặt khác, vấn đề thu phí sử dụng cổng thanh toán cần phải được cân nhắc hợp lý giữa người sử dụng thẻ thanh toán, Đơn vị cung ứng cổng thanh toán, Ngân hàng phát hành và ngưới bán hàng hóa. Thông thường khi mới triển khai ứng dụng mức phí này sẽ được san sẻ giữa người mua và người bán thông qua các hình thức khuyến khích của ngân hàng, đơn vị cung cấp Cổng thanh toán và của người bán. Phí này nếu doanh nghiệp bán hàng và dịch vụ chi trả thì vẫn còn tiết kiệm và an toàn hơn cho với phương án sử dụng tiền mặt để thanh toán, chi trả.