Chính sách lãi nội bộ cũng là con dao hai lưỡi, để tránh những thiệt hại, ngân hàng cần có chính sách lãi suất nội bộ phù hợp để mở rộng tín dụng hay mở rộng huy động vốn và đảm bảo cân bằng trên toàn hệ thống, vừa đảm bảo thanh khoản, vừa đảm bảo sinh lời.
Chính sách lãi nội bộ phải đảm bảo cân bằng lợi ích giữa Trung tâm vốn và các đơn vị kinh doanh. Vì khi thực hiện theo cơ chế FTP thì Trung tâm vốn cũng đóng góp một phần vào lợi nhuận của ngân hàng. Nếu xác định giá mua - bán vốn nội bộ theo hướng có lợi cho Trung tâm vốn có thể dẫn tới tác hại đối với sự phát triển của các đơn vị kinh doanh, khiến cho các đơn vị không quan tâm tới phát triển khách hàng, vì vất vả tìm kiếm khách hàng về nhưng lợi ích lại không được phân chia
công bằng, thậm chí thấp, trong khi đơn vị không trực tiếp tìm kiếm khách hàng nhưng lại được hưởng lợi nhuận cao hơn.
Tương tự, nếu xác định giá FTP nội bộ có lợi cho đơn vị kinh doanh sẽ dẫn tới thiệt hại nặng cho Trung tâm vốn và giảm lợi nhuận của ngân hàng. Bởi khi đó, đơn vị chỉ việc huy động vốn cao và bán vốn về trung tâm vốn sẽ có lợi nhuận lớn mà an toàn, trong khi đó Trung tâm vốn chỉ có cách đẩy vốn trên thị trường 2 (thị trường liên ngân hàng) với lãi suất thấp khiến cho tổng thể ngân hàng bị lỗ, đơn vị có lãi do cách tính lãi nội bộ.
Ví dụ: đơn vị A huy động 100 tỷ đồng, lãi suất 10% (giả sử trần lãi suất hoặc lãi suất thị trường 9%) và bán về Hội sở với lãi suất 13%/năm. Do đó, đơn vị này cứ tích cực huy động vốn và không cần đẩy mạnh tín dụng, vẫn có con số lợi nhuận tới 3% và kê cao ngủ kỹ. Trong khi đó, nếu đem cho vay tín dụng, thì với lãi suất đầu vào 13% (bằng lãi suất nội bộ) và cho vay ra với lãi suất 16% lại rất khó cho vay, mặc dù được hưởng chênh lệch 3% nhưng sau khi trừ đi chi phí trích lập dự phòng rủi ro chung 0,75% thì lợi ích biên chỉ còn 2,25% mà phải chịu rủi ro nếu phát sinh nợ quá hạn. Vì vậy, lúc này, các đơn vị kinh doanh sẽ thiên về hướng huy động vốn thật nhiều mà ít sử dụng vốn, dẫn tới việc toàn hệ thống huy động tăng rất mạnh, dư nợ tín dụng không tăng. Nguồn vốn dư thừa phải cho vay liên ngân hàng với lãi suất giả định là 6%, trong khi lãi suất đầu vào khoảng 10%, tức là toàn hệ thống lỗ 4%. Do chính sách lãi nội bộ thì đơn vị kinh doanh lãi 3%, còn Trung tâm vốn sẽ bị lỗ 7% (bù cho lãi của đơn vị kinh doanh 3% và cho vay liên ngân hàng lỗ 4%). Điều này sẽ gây bất lợi cho Trung tâm vốn và có thể gây tác động không tốt khi tình trạng này kéo dài, ngân hàng sẽ bị lỗ ngày càng nhiều, đến một lúc nào đó có thể phá sản.