Do thực tế cán bộ phòng kiểm nghiệm vi sinh phải thao tác trực tiếp với các vi sinh vật, đồng thời có nhiều chủng vi sinh vật gây bệnh nên khi tiến hành làm việc phải hết sức cẩn thận với các chủng đang thao tác. Chú ý phải nắm vững nguyên tắc, phương pháp làm việc với vi sinh vật. Không ăn uống, hút thuốc trong phòng kiểm nghiệm. Trong khi làm việc phải mặc áo blouse, mang khẩu trang khi thao tác với vi sinh vật. Trước khi bắt đầu thử nghiệm cần sát trùng mặt bàn, sát trùng tay bằng cồn 70 o C hoặc dung dịch chất diệt khuẩn khác, để khô. Sau khi hoàn thành công việc lại tiến hành sát trùng như trên. Trường hợp vô tình bị đổ, nhiễm vi sinh vật ra nơi làm việc, dùng khăn giấy tẩm chất diệt khuẩn lau kỹ, sau đó khử trùng lại bàn làm việc.