Nghiên cứu đặc điểm gen h5 và n1 của virus cúm a h5n1 phân lập tại việt nam để tạo nguồn nguyên liệu sản xuất vaccine thế hệ mới

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊNCÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYỄN THỊ BÍCH NGA NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM GEN H5 VÀ N1 CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM ĐỂ TẠO NGUỒN NGUYÊN LIỆU SẢN XUẤT VACCINE THẾ HỆ MỚI VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ỊT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Ng-êi BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NĂM 2012 ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây công trình nghiên cứu thực số kết cộng tác với cộng khác Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, phần công bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả Phần lại chưa công bố công trình khác Ngày tháng năm 2012 Tác giả Nguyễn Thị Bích Nga v MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cảm ơn Lời cam đoan Mục lục Danh mục ký hiệu , chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình i ii iii vi vii viii MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 ĐẠI CƢƠNG VỀ VIRUS CÖM 1.1.1 Virus cúm phân loại virus cúm 1.1.2 Đặc điểm tiến hóa tạo nên phân dòng có độc lực cao virus cúm A/H5N1 1.1.3 Sự hình thành genotype virus cúm A/H5N1 giới Việt Nam 1.1.4 Biến đổi thành phần gen hemagglutinin (HA) tạo nên nhóm kháng nguyên (clade) virus cúm A/H5N1 1.2 ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC VIRUS CÚM A 1.2.1 Đặc tính cấu trúc chung 1.2.2 Cấu trúc hệ gen virus cúm A 1.2.3 Chức phân đoạn hệ gen 1.3 CẤU TRÖC, CHỨC NĂNG CỦA HEMAGGLUTININ VÀ NEURAMINIDASE 1.3.1 1.3.2 1.4 1.5 1.5.1 Protein hemagglutinin (HA) Protein neuraminidase (NA) CÁC YẾU TỐ QUYẾT ĐỊNH ĐỘC LỰC CÁC PHƢƠNG THỨC BIẾN ĐỔI KHÁNG NGUYÊN Hiện tƣợng «lệch kháng nguyên» 1.5.2 Hiện tƣợng «trộn kháng nguyên» 1.5.3 Hiện tƣợng glycosyl hoá 1.6 BỆNH CÖM GIA CẦM 1.6.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 1.6.2 Tình hình bệnh cúm A/H5N1 giới 1.6.3 Tình hình dịch cúm A/H5N1 Việt Nam 1.6.4 Đặc điểm bệnh cúm gia cầm 1.6.4.1 Triệu chứng - bệnh tích cúm gia cầm 4 11 11 13 14 15 15 19 21 22 22 24 24 25 25 27 28 28 28 v 1.6.4.2 Triệu chứng bệnh cúm gia cầm người 1.6.5 Tính thích ứng đa vật chủ virus cúm A/H5N1 1.6.6 Cơ chế xâm nhiễm nhân lên virus cúm A tế bào 29 29 31 1.6.7 Phƣơng thức lây truyền virus cúm gia cầm 1.6.8 Sức đề kháng virus 32 33 1.7 1.8 CÁC LOẠI VACXIN PHÕNG BỆNH CHO GIA CẦM MỘT SỐ NGHIÊN CỨU VỀ VIRUS CÖM GIA CẦM A/H5N1 TẠI VIỆT NAM CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 36 39 2.1 2.2 ĐỐI TƢỢNG 2.3 2.4 2.4.1 2.4.2 VẬT LIỆU 2.5 QUI TRÌNH NGHIÊN CỨU PHÂN TÍCH GEN H5 VÀ N1 CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 CÁC PHƢƠNG PHÁP SINH HỌC PHÂN TỬ NGHIÊN CỨU GEN VIRUS CÚM A/H5N1 40 Phƣơng pháp tách chiết ARN tổng số 41 Phƣơng pháp RT-PCR Phƣơng pháp điện di kiểm tra tinh sản phẩm RT-PCR 42 42 43 43 44 45 45 45 47 2.6 2.6.1 2.6.2 2.6.3 2.7 2.7.1 2.7.2 2.7.3 2.7.4 2.8 2.9 2.9.1 2.9.2 2.9.3 2.9.4 2.9.5 2.9.6 NỘI DUNG DỤNG CỤ, TRANG THIẾT BỊ VÀ HÓA CHẤT NGHIÊN CỨU Dụng cụ, trang thiết bị Hóa chất PHƢƠNG PHÁP DÕNG HÓA Nối sản phẩm RT-PCR/PCR vào vector tách dòng Chuyển nạp sản phẩm dòng hóa vào tế bào khả biến Chọn lọc, nuôi cấy khuẩn lạc tách chiết ADN tái tổ hợp Kiểm tra ADN tái tổ hợp PHƢƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE PHƢƠNG PHÁP XỬ LÝ SỐ LIỆU Xử lý chuỗi chƣơng trình Chromas Chƣơng trình biên tập chuỗi nucleotide SeqEd Hệ chƣơng trình MacVector Chƣơng trình so sánh phân tích chuỗi gen GeneDoc Chƣơng trình phân tích di truyền tiến hóa phân tử (MEGA) Xử lý số liệu nghiên cứu CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 3.1 THU NHẬN VÀ LƢU GIỮ GEN H5 CỦA VIRUS CÖM A/H5N1 39 39 39 40 40 40 41 47 48 48 48 49 49 50 50 v TRONG VECTOR TÁCH DÒNG 3.1.1 Tách ARN tổng số thực RT-PCR 3.1.2 Dòng hoá sản phẩm lƣu gen H5 vector tách dòng 3.1.3 Giải trình tự phân tích thành phần amino acid HA (H5) so sánh thành phần nucleotide amino acid với chuỗi đăng ký Ngân hàng gen 3.1.4 Phân tích vị trí điểm cắt protease, bám dính thụ thể, epitope glycosyl hoá polypeptide H5 sở trình tự amino acid suy diễn 3.1.5 Phân tích tƣơng đồng nucleotide amino acid H5 3.1.6 Phân tích mối quan hệ phả hệ nguồn gốc chủng Việt Nam giới XÁC ĐỊNH CÁC PHÂN NHÁNH NHÓM KHÁNG NGUYÊN (CLADE) 3.2 50 52 54 65 67 69 73 XUẤT HIỆN MỚI TẠI VIỆT NAM 3.2.1 3.2.2 3.3 Kết hình thành phân nhóm kháng nguyên 1.1 clade Kết hình thành phân nhóm kháng nguyên clade 2.3.2 2.3.4 74 76 THU NHẬN, GIẢI TRÌNH TỰ VÀ LƢU GIỮ GEN N1 CÁC CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 TRONG VECTOR TÁCH DÒNG 79 3.3.1 Thực RT-PCR thu nhận gen N1 79 3.3.2 Dòng hoá sản phẩm gen N1 vector tách dòng 3.3.3 Phân tích thành phần nucleotide amino acid gen N1 3.3.3.1 Phân tích thành phần nucleotide gen N1 3.3.3.2 Phân tích thành phần amino aicd gen N1 3.3.4 Phân tích đột biến trƣợt-xoá gen N1 qua thời gian tiến hoá 3.3.5 Phân tích mối quan hệ phả hệ gen N1 chủng virus cúm A/H5N1 giai đoạn 1996 - 2011 81 83 83 85 89 92 KẾT LUẬN ĐỀ XUẤT VÀ KIẾN NGHỊ TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH SÁCH CÁC BÀI BÁO LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ĐÃ CÔNG BỐ PHỤ LỤC 98 99 100 114 vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu bp Ck Tiếng Anh base pair Chicken Tiếng Việt Cặp bazơ Gà dNTP ddNTP Dk Deoxy Nucleotide Triphosphate dideoxy Nucleotide Triphosphate Duck Deoxy Nucleotide Triphosphate dideoxy Nucleotide Triphosphate Vịt DNA FAO Acid deoxyribonucleic Food and Agricultural Organization Axit deoxyribonucleic Tổ chức nông lương giới Gs Goose Ngỗng HA HI HPAI kb kDa Hemagglutinin Hemagglutination Inhibition Highly Pathogenic Avian Influenza Kilo base Kilodalton Kháng nguyên HA Phản ứng ngưng kết hồng cầu Cúm gia cầm thể độc lực cao Kilo base Đơn vị khối lượng kilodalton LB LPAI M Luria-Bertani medium Low Pathogenic Avian Influenza Matrix protein Môi trường LB Cúm gia cầm thể độc lực thấp Protein đệm M Md Muscovy duck Ngan MEGA NA NEP NP NS OIE PA Molecular Evolutionary Genetics Analysis Neuraminidase Nuclear Export Protein Nucleoprotein Non-structural protein Office International des Epizooties Polymerase acidic protein Phân tích di truyền tiến hoá phân tử Kháng nguyên NA Nuclear Export Protein Nucleoprotein Protein không cấu trúc Tổ chức dịch tễ giới Protein PA PB1 PB2 RNA RNP RT-PCR Polymerase basic protein Polymerase basic protein Ribonucleic acid Ribonucleoprotein Revertranscription Polymerase Chain Reaction Specific Pathogen Free World Health Organization Protein PB1 Protein PB2 Axit ribonucleic Ribonucleoprotein Phản ứng trùng hợp chuỗi PCR ngược Không tác nhân mầm bệnh Tổ chức Y thế giới SPF WHO vi ix DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Thống kê số lượng người bị nhiễm chết cúm gia cầm qua năm 26 Bảng 2.1 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 phân lập giai đoạn 2004 – 2011 39 Bảng 2.2 Danh sách cặp mồi sử dụng thu nhận gen kháng 42 nguyên H5 N1 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng RT-PCR chu trình nhiệt 42 Bảng 2.4 Danh sách cặp mồi sử dụng giải trình tự gen kháng nguyên H5 N1 47 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng chu trình nhiệt giải trình tự 47 Bảng 3.1 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng chuỗi H5 phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 54 Bảng 3.2 Các vị trí nucleotide sai khác chuỗi H5 chủng so sánh 56 Bảng 3.3 Kết tổng hợp phát 41 vị trí sai khác amino acid chuỗi H5 so sánh 32 chủng phân lập Việt Nam từ năm 2004 - 2011 64 Bảng 3.4 Các vị trí amino acid quan trọng chuỗi polypeptide H5 65 Bảng 3.5 Tỷ lệ (%) tương đồng nuleotide (trên đường chéo) amino acid (dưới đường chéo) gen H5 68 Bảng 3.6 Kết thống kê 14 chủng virus cúm AH5N1 xác định gen H5 nhóm kháng nguyên giai đoạn 2004 – 2011 nghiên cứu 78 Bảng 3.7 Danh sách chủng cúm A/H5N1 thu thập qua năm 2004- 83 2011 giải trình tự cung cấp chuỗi gen N1 sử dụng để so sánh nucleotide amino acid Bảng 3.8 Kết thống kê 14 chủng virus cúm A/H5N1 giai đoạn 20042011 giải trình tự đăng ký gen N1 97 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/QT802/2011(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JN986882.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JN986882 1704 bp cRNA linear VRL 23-NOV-2011 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/QT802/2011(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JN986882 VERSION JN986882.1 GI:357528373 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/duck/Vietnam/QT802/2011(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/duck/Vietnam/QT802/2011(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N.T., Doan,T.H., Nguyen,M.K., Solorzano,A., Perlin,D., Luong,H.V.T., Ky,V.D., Nam,H.V and To,T.L TITLE Antigenic variation of novel 2.3.2.1 H5N1 influenza viruses isolated in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N.T., Doan,T.H., Nguyen,M.K., Solorzano,A., Perlin,D., Luong,H.V.T., Ky,V.D., Nam,H.V and To,T.L TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (02-NOV-2011) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1704 /organism="Influenza A virus (A/duck/Vietnam/QT802/2011(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/duck/Vietnam/QT802/2011" /serotype="H5N1" /host="Anas platyrhynchos domesticus (duck)" /db_xref="taxon:1115886" /segment="4" /country="Viet Nam: Quang Tri province" /collection_date="07-Jul-2011" /note="clade 2.3.2.1" gene 1704 /gene="HA" CDS 1704 /gene="HA" /note="receptor binding and fusion protein" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AET80429.1" /db_xref="GI:357528374" /translation="MEKIVLLFASISLVKSDHICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFTNVPEWSYIVEKANPA NGLCYPGNFNDYEELKPLLSRINHFEKIQIIPKDSWSDHEASLGVGAACPYQGSSSFF RNVVWLIKKDNAYPTIKKDYNNTNQEDLLILWGIHHPNDEAEQTRLYQNPTTYISIGT STLNQRLVPKIATRSKINGQSGRIDFFWTILKPNDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSEVEYGNCNTRCQTPIGAINSSMPFHNIHPLTIGERPKYVKSNKLVPATGLR NSPQRERRRKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNDQGSGYAADKESTQKAIDG VTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKRMEDGFLDVWTYNAELLVLMENE RTLDFHDSNVRNLYDKVRLQLKDNAKELGNGCFEFYHKCNNECMESVRNGTYDYPQYS EEARLKREEISGVKMESIGIYQILSIYSTVASSLVLAIMMAGLSLWMCSNGSLQCRIC I" ORIGIN atggagaaaa tagtgcttct ttttgcatca atcagccttg ttaaaagcga tcatatttgc 61 attggttatc atgcaaataa ctcgacagag caggttgaca caataatgga aaagaacgtt Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KH/2010(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021304.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021304 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KH/2010(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021304 VERSION JX021304.1 GI:387230518 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KH/2010(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KH/2010(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KH/2010(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/chicken/Vietnam/KH/2010" /serotype="H5N1" /isolate="KH" /host="Gallus gallus" /db_xref="taxon:1184128" /segment="4" /country="Viet Nam: Khanh Hoa province" /collection_date="10-Apr-2010" /note="clade 1.1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69900.1" /db_xref="GI:387230519" /translation="MEKIVLLLAIISLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVRPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWPSHEASLGVSAACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTDQEDLLVMWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLNQRLTPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQREGRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGVYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1038 /gene="HA" Influenza A virus (A/duck/Vietnam/ST0970/2009(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021303.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021303 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/ST0970/2009(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021303 VERSION JX021303.1 GI:387230516 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/duck/Vietnam/ST0970/2009(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/duck/Vietnam/ST0970/2009(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/duck/Vietnam/ST0970/2009(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/duck/Vietnam/ST0970/2009" /serotype="H5N1" /isolate="ST0970" /host="Anas platyrhynchos domesticus" /db_xref="taxon:1184133" /segment="4" /country="Viet Nam: Soc Trang province" /collection_date="18-Feb-2009" /note="clade 1.1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69899.1" /db_xref="GI:387230517" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVRPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWPSHEASLGVSAACPYLGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVMWGIHHPNDAAEQIKLYQNPTTYISVGT STLNQRLTPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNNAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSTRLVLATGLR NSPQREGRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLKDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGVYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/DT382/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021302.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION JX021302 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/DT382/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021302 VERSION JX021302.1 GI:387230514 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/DT382/2008(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/DT382/2008(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/DT382/2008(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/chicken/Vietnam/DT382/2008" /serotype="H5N1" /isolate="DT382" /host="Gallus gallus" /db_xref="taxon:1184126" /segment="4" /country="Viet Nam: Dong Thap province" /collection_date="21-Mar-2008" /note="clade 1.1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69898.1" /db_xref="GI:387230515" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTITEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVRPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWPSHEASLGVSAACPYQGKSSFF RDVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTDQEDLLVMWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLNQRLTPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTIFKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMLFHDIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQREGRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHGSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGVYQILSIYSTVASSLALAILVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1038 /gene="HA" Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KG8/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021301.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021301 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KG8/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021301 VERSION JX021301.1 GI:387230512 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KG8/2008(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KG8/2008(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/KG8/2008(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/chicken/Vietnam/KG8/2008" /serotype="H5N1" /isolate="KG8" /host="Gallus gallus" /db_xref="taxon:1184127" /segment="4" /country="Viet Nam: Kien Giang province" /collection_date="21-Mar-2008" /note="clade 1.1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69897.1" /db_xref="GI:387230513" /translation="MEKIELLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVRPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPA NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSAACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTDQEDLLVMWGIHHPNDAAEQAKLYQNPITYISVGT STLNQRLTPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPLHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQREGRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNKCMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESVGVYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1038 /gene="HA" Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/TV98/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021300.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021300 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/TV98/2008(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021300 VERSION JX021300.1 GI:387230510 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/TV98/2008(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/TV98/2008(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/TV98/2008(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/chicken/Vietnam/TV98/2008" /serotype="H5N1" /isolate="TV98" /host="Gallus gallus" /db_xref="taxon:1184129" /segment="4" /country="Viet Nam: Tra Vinh province" /collection_date="14-Mar-2008" /note="clade 1.1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69896.1" /db_xref="GI:387230511" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKRDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVRPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWPSHEASLGVSAACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTDQEDLLVMWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLNQRLTPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQREGRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYSADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECIESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGVYQILSIYSTVASSLALAIMIAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1038 /gene="HA" Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA72/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021305.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021305 1704 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA72/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021305 VERSION JX021305.1 GI:387230520 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA72/2007(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA72/2007(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1704 /organism="Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA72/2007(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/duck/Vietnam/NA72/2007" /serotype="H5N1" /isolate="NA72" /host="Anas platyrhynchos domesticus" /db_xref="taxon:1184132" /segment="4" /country="Viet Nam: Nghe An province" /collection_date="15-May-2007" /note="clade 2.3.4.3" gene 1704 /gene="HA" CDS 1704 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69901.1" /db_xref="GI:387230521" /translation="MEKIVLLLAIISLVKSDQIYIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILERTHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPA NDLCYPGNFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSDHEASSGVSSVCPYQGVPSFF RNVVWLIIKNNTYPTIKRSYNNTNQEDLLILWGIHHSNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLDQRLVPKIATRSKVNGQSGRMDFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSAIMKSEVEYGNCNTKCQTPVGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLR NSPLRERRRKRGLSGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGFHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDG VTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENE RTLDFHDSNVKNLYDKARLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYS EEARLKREEISGVKLESIGTYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRIC I" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1035 /gene="HA" Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA114/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021306.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021306 1704 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA114/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021306 VERSION JX021306.1 GI:387230522 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA114/2007(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA114/2007(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1704) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1704 /organism="Influenza A virus (A/duck/Vietnam/NA114/2007(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/duck/Vietnam/NA114/2007" /serotype="H5N1" /isolate="NA114" /host="Anas platyrhynchos domesticus" /db_xref="taxon:1184131" /segment="4" /country="Viet Nam: Nghe An province" /collection_date="15-May-2007" /note="clade 2.3.4.3" gene 1704 /gene="HA" CDS 1704 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69902.1" /db_xref="GI:387230523" /translation="MEKIVLLLAIISLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPA NDLCYPGNFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSDHEASSGVSSACPYQGVPSFF RNVVWLIKKNNTYPTIKRSYNNTNQEDLLILWGIHHSNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLDQRLVPKIATRSKVNGQSGRMDFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSAIMKSEVEYGNCNTKCQTPIGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLR NSPLRERRRKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGFHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDG VTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENE RTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYS EEARLKREEISGVKLESIGTYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRIC I" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1035 /gene="HA" Influenza A virus (A/duck/Vietnam/MB2/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: JX021299.1 FASTA Graphics PopSet Go to: LOCUS DEFINITION JX021299 1707 bp cRNA linear VRL 16-MAY-2012 Influenza A virus (A/duck/Vietnam/MB2/2007(H5N1)) segment hemagglutinin (HA) gene, complete cds ACCESSION JX021299 VERSION JX021299.1 GI:387230508 KEYWORDS SOURCE Influenza A virus (A/duck/Vietnam/MB2/2007(H5N1)) ORGANISM Influenza A virus (A/duck/Vietnam/MB2/2007(H5N1)) Viruses; ssRNA negative-strand viruses; Orthomyxoviridae; Influenzavirus A REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Molecular characterization of avian influenza virus A/H5N1 isolated during 2004-2010 focusing on the emergence of clade 2.3.4.3 and clade 1.1 in Vietnam JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1707) AUTHORS Nguyen,T.B.N., Luong,T.V and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (13-APR-2012) Immunology, Institute of Biotechnology, 18 Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Viet Nam FEATURES Location/Qualifiers source 1707 /organism="Influenza A virus (A/duck/Vietnam/MB2/2007(H5N1))" /mol_type="viral cRNA" /strain="A/duck/Vietnam/MB2/2007" /serotype="H5N1" /isolate="MB2" /host="Anas platyrhynchos domesticus" /db_xref="taxon:1184130" /segment="4" /country="Viet Nam: Ha Noi province" /collection_date="20-Feb-2007" /note="clade 1" gene 1707 /gene="HA" CDS 1707 /gene="HA" /codon_start=1 /product="hemagglutinin" /protein_id="AFJ69895.1" /db_xref="GI:387230509" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGDFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSSACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVLWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLNQRLVPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQRERRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGIYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" sig_peptide 48 /gene="HA" mat_peptide 49 1038 /gene="HA" Synthetic construct hemagglutinin gene, complete cds GenBank: EF051515 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF051515 1730 bp DNA linear SYN 19-NOV-2006 Synthetic construct hemagglutinin gene, complete cds EF051515 EF051515.1 GI:117959006 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1730) AUTHORS Tran,Q.V., Nguyen,B.T., Le,T.H., Nguyen,B.N., Nong,V.H., Dinh,D.K., Phan,V.C., Le,T.B and Nguyen,B.H TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using H5 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1730) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N., Phan,V.C., Dinh,D.K., Nguyen,B.H and Le,T.B TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1730 /organism="synthetic construct" /mol_type="other DNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: H5BAMF, fwd_seq: ccgggatcctctgtcaaaatggagaaaatagtgctt, rev_name: H5NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcattaaatgcaaattctgca" /note="derived from Influenza A virus (A/muscovy duck/Vietnam/MdGL/2004(H5N1))" CDS 13 1719 /codon_start=1 /transl_table=11 /product="hemagglutinin" /protein_id="ABK58583.1" /db_xref="GI:117959007" /translation="MEKILLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILERTHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGDFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSSACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVLWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGT STLNQRLVPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQRERRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGIYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLHCRI CI" ORIGIN gaattcgccc ttatggagaa aatattgctt ctttttgcaa tagtcagtct tgttaaaagt 61 gatcagattt gcattggtta ccatgcaaac aactcgacag agcaggttga cacaataatg 121 gaaaagaacg ttactgttac acatgcccaa gacatactgg aaaggacaca caacgggaag Synthetic construct hemagglutinin gene, complete cds GenBank: EF051514.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF051514 1733 bp DNA linear SYN 19-NOV-2006 Synthetic construct hemagglutinin gene, complete cds EF051514 EF051514.1 GI:117959002 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1733) AUTHORS Tran,Q.V., Nguyen,B.T., Le,T.H., Nguyen,B.N., Nong,V.H., Dinh,D.K., Phan,V.C., L,T.B and Nguyen,B.H TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using H5 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1733) AUTHORS Nguyen,B.N., Le,T.H., Nong,V.H., Dinh,D.K., Phan,V.C and Le,T.B TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1733 /organism="synthetic construct" /mol_type="other DNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: H5BAMF, fwd_seq: ccgggatcctctgtcaaaatggagaaaatagtgctt, rev_name: H5NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcattaaatgcaaattctgca" /note="derived from Influenza A virus (A/duck/Vietnam/AG/2005(H5N1))" CDS 16 1722 /codon_start=1 /transl_table=11 /product="hemagglutinin" /protein_id="ABK58582.1" /db_xref="GI:117959003" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKVNPV NDLCYPGVFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSSACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVIWGIHHPNDAAEQIKLYQNPTTYISVGT STLNQRLVPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQKERRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGIYQILSIYSTVASSLALAIMIAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" ORIGIN ggatcctctg tcaaaatgga gaaaatagtg cttctttttg cgatagtcag tcttgttaaa 61 agtgatcaga tttgcattgg ttaccatgca aacaactcga cagagcaggt tgacacaata 121 atggaaaaga acgttactgt tacacatgcc caagacatac tggaaaagac acacaacggg 181 aagctctgcg atctagatgg agtgaagcct ctaattttga gagattgtag tgtagctgga 241 tggctactcg gaaacccaat gtgtgacgaa ttcatcaatg tgccggaatg gtcttacata 301 gtggagaagg tcaatccagt caatgacctc tgttacccag gggttttcaa tgactatgaa 361 gaattgaaac acctattgag cagaataaac cattttgaga aaattcagat catccccaaa 421 agttcttggt ccagtcatga agcctcatta ggggtgagct cagcatgtcc ataccaggga Synthetic construct hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: EF057807.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF057807 1744 bp RNA linear SYN 18-NOV-2006 Synthetic construct hemagglutinin (HA) gene, complete cds EF057807 EF057807.1 GI:117938343 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1744) AUTHORS Nguyen,B.N., Vo,C.H., Le,T.B and Le,T.H TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using H5 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1744) AUTHORS Nguyen,B.N., Vo,C.H., Le,T.B and Le,T.H TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (11-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1744 /organism="synthetic construct" /mol_type="other RNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: H5BAMF, fwd_seq: ccgggatcctctgtcaaaatggagaaaatagtgctt, rev_name: H5NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcattaaatgcaaattctgca" /note="created for reverse-genetics and vaccine generation derived from Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/HD1/2004(H5N1))" primer_bind 36 gene 19 1725 /gene="HA" CDS 19 1725 /gene="HA" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="hemagglutinin" /protein_id="ABK58132.1" /db_xref="GI:117938344" /translation="MEKIVLLFAIVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMGKNVTVTH AQDILEKTHNGKLCALDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPV NDLCYPGDFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSSACPYQGKSSFF RNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVLWGIHHPNDAAEQIKLYQNPTTYISVGT STLNQRLVPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLR NSPQRERRRKKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAID GVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMEN ERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQY SEEARLKREEISGVKLESIGIYQILSIYSTVASSLALAIMVAGLSLWMCSNGSLQCRI CI" primer_bind complement(1708 1744) ORIGIN ccgggatcct ctgtcaaaat ggagaaaata gtgcttcttt ttgcaatagt cagtcttgtt 61 aaaagtgatc agatttgcat tggttaccat gcaaacaact cgacagagca ggttgacaca 121 ataatgggaa agaacgttac tgttacacat gcccaagaca tactggaaaa gacacacaac 181 gggaagctct gcgctctaga tggagtgaag cctctaattt tgagagattg tagtgtagct 241 ggatggctcc tcggaaaccc aatgtgtgac gaattcatca atgtgccgga atggtcttac 301 atagtggaga aggccaatcc agtcaatgac ctctgttacc caggggattt caatgactat 361 gaagaattga aacacctatt gagcagaata aaccattttg agaaaattca gattatcccc Synthetic construct hemagglutinin (HA) gene, complete cds GenBank: EF057808.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF057808 1733 bp RNA linear SYN 18-NOV-2006 Synthetic construct hemagglutinin (HA) gene, complete cds EF057808 EF057808.1 GI:117938345 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1733) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N., Nguyen,B.T., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using H5 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1733) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N., Nguyen,B.T., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (11-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1733 /organism="synthetic construct" /mol_type="other RNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: H5BAMF, fwd_seq: ccgggatcctctgtcaaaatggagaaaatagtgctt, rev_name: H5NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcattaaatgcaaattctgca" /note="derived from Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/VL/2005(H5N1)) isolate VL (Vinh Long)" primer_bind 1733) ORIGIN ggatcctctg tcaaaatgga gaaaatagtg cttctttttg cgatagtcag tcttgttaaa 61 agtgatcaga tttgcattgg ttaccatgca aacaactcga cagagcaggt tgacacaata 121 atggaaaaga acgttactgt tacacatgcc caagacatac tggaaaagac acacaacggg 181 aagctctgcg atctagatgg agtgaagcct ctaattttga gagattgtag tgtagctgga 241 tggctactcg gaaacccaat gtgtgacgaa ttcatcaatg tgccggaatg gtcttacata 301 gtggagaagg tcaatccagt caatgacctc tgttacccag gggttttcaa tgactatgaa Phụ lục 9b Các gen kháng nguyên N1 số chủng virus cúm A/H5N1 phân lập Việt Nam Synthetic construct neuraminidase (NA) gene, complete cds GenBank: EF057804.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF057804 1370 bp RNA linear SYN 18-NOV-2006 Synthetic construct neuraminidase (NA) gene, complete cds EF057804 EF057804.1 GI:117938337 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1370) AUTHORS Nguyen,B.N., Le,T.H., Phan,V.C., Dinh,D.K., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using N1 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1370) AUTHORS Nguyen,B.N., Le,T.H., Phan,V.C., Dinh,D.K., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (11-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1370 /organism="synthetic construct" /mol_type="other RNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: N1ECOF, fwd_seq: ccggaattcaaaatgaatccaaatcagaagataataacc, rev_name: N1NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcactacttgtcaatggtgaatgg" /note="derived from Influenza A virus (A/duck/Vietnam/AG/2005(H5N1)) isolate AG (An Giang)" primer_bind 1370) ORIGIN gaattcaaaa tgaatccaaa tcagaagata ataaccattg gatcaatctg tatggtaact 61 ggaatagtta gcttaatgtt acaagttggg aacatgatct caatatgggt cagtcattca 121 attcacacag ggaatcaaca ccaagctgaa ccaatcagca atactaattt tcttactgag 181 aaagctgtgg cttcagtaaa attagcgggc aattcatctc tttgccccat taacggatgg 241 gctgtataca gtaaggacaa cagtataagg atcggttcca agggggatgt gtttgttata 301 agagagccgt tcatctcatg ctcccacttg gaatgcagaa ctttcttttt gactcaggga Synthetic construct neuraminidase (NA) gene, complete cds GenBank: EF057805.1 FASTA Graphics Go to: LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM EF057805 1370 bp RNA linear SYN 18-NOV-2006 Synthetic construct neuraminidase (NA) gene, complete cds EF057805 EF057805.1 GI:117938339 synthetic construct synthetic construct other sequences; artificial sequences REFERENCE (bases to 1370) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N., Nguyen,B.H., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Molecular characterization of H5N1 isolates in Vietnam for evolution/pathogenicity/antigenic compatibility using N1 sequences as markers JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 1370) AUTHORS Le,T.H., Nguyen,B.N., Nguyen,B.T., Nong,V.H and Le,T.B TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (11-OCT-2006) Immunology Department, Institute of Biotechnology, Hoang Quoc Viet Rd, Hanoi 10000, Vietnam FEATURES Location/Qualifiers source 1370 /organism="synthetic construct" /mol_type="other RNA" /db_xref="taxon:32630" /PCR_primers="fwd_name: N1ECOF, fwd_seq: ccggaattcaaaatgaatccaaatcagaagataataacc, rev_name: N1NOTR, rev_seq: ataagaatgcggccgctcactacttgtcaatggtgaatgg" /note="derived from Influenza A virus (A/Muscovy duck/Vietnam/MdGL/2005(H5N1)) isolate MdGL (Gia Lam Hanoi)" primer_bind 1370) ORIGIN 61 121 181 241 301 361 421 gaattcaaaa ggaatagtta attcacacag aaagctgtgg gctgtataca agagagccgt gccttgctga ttaatgagtt tgaatccaaa gcttaatgtt ggaatcaaca cttcagtaaa gtaaggacaa tcatctcatg atgacaagca gtcctgtggg tcagaagata acaaattggg ccaagctgaa attagcgggc cagtataagg ctcccacttg ctccaatggg tgaggctccc ataaccattg aacatgatct ccaatcagca aactcatctc atcggttcca gaatgcagaa actgtcaaag tccccatatg gatcaatctg caatatgggt atactaattt tttgccccat agggggatgt ctttcttttt acagaagccc actcaaggtt tatggtaact cagtcattca tcttactgag taacggatgg gtttattata gactcaggga tcacagaaca tgagtctgtt [...]... Nam để tạo nguồn nguyên liệu sản xuất vaccine thế hệ mới 2 Mục tiêu c a đề tài 1- Giải mã toàn bộ phân đoạn gen kháng nguyên H5 và N1 một số chủng virus cúm A/ H 5N1 thu nhận tại một số đ a phương c a Việt Nam giai đoạn 2004 - 2011 2- Lưu giữ các gen H5 và N1 trong vector tách dòng để làm nguồn vật liệu cho nghiên cứu tiếp theo làm nguyên liệu để tạo vaccine thế hệ mới 3- Phân tích đặc điểm sinh học phân. .. gen kháng nguyên H5 và N1, xác định mối quan hệ phả hệ với các chủng cúm A/ H 5N1 c a Việt Nam và thế giới 3 Ý ngh a khoa học và thực tiễn c a đề tài 3.1 Ý ngh a khoa học Đây là công trình giải trình tự toàn bộ gen H5 và N1 theo cặp trong hệ gen c a từng chủng c a virus cúm A/ H 5N1 đại diện c a một số đ a phương tại Việt Nam được phân lập theo thời gian từ năm 2004 – 2011 Các kết quả phân tích mối quan... quan hệ nguồn gốc phả hệ c a virus cúm gia cầm A/ H 5N1 thuộc clade 1 tại Việt Nam và Campuchia cũng cho thấy có sự hình thành clade 1.1 Clade 1.1 đã được phát hiện ở gia cầm c a Việt Nam tại ph a Nam, ở gia cầm và người tại Campuchia gây chết 9/9 người từ cuối 2010 đến nay [123] Cho đến nay, sau gần 10 năm xuất hiện tại Việt Nam, virus cúm gia cầm A/ H 5N1 đã trở thành một tác nhân nguy hiểm cho gia cầm... kháng nguyên như so sánh HA c a các virus H 1N1 từ gà tây và lợn để thiết lập mối quan hệ về tính kháng nguyên c a các HA c a chúng [18] 5 1.1.2 Đặc điểm tiến h a tạo nên các phân dòng có độc lực cao c a virus cúm A/ H 5N1 Năm 1959, lần đầu tiên phát hiện chủng virus cúm A/ H 5N1 gây bệnh ở gia cầm được coi là chủng cổ điển Sau thời gian gần 40 năm không xuất hiện, vào năm 1996, virus cúm A/ H 5N1 được phân lập. .. gen, khả năng tiến hoá c a virus liên quan đến thay đổi đặc điểm kháng nguyên để từ đó có thể đ a ra những dự báo về dịch tễ học ở mức độ phân tử, định hướng sử dụng nguồn gen kháng nguyên để sản xuất và sử dụng vaccine phòng bệnh cúm gia cầm thích hợp đạt hiệu quả Xuất phát từ những yêu cầu trên chúng tôi tiến hành đề tài: Nghiên cứu đặc điểm gen H5 và N1 c a virus cúm A/ H 5N1 phân lập tại Việt Nam. .. phân tử c a toàn bộ phân đoạn gen kháng nguyên H5 và N1 c a gia cầm, thuỷ cầm ở một số chủng phân lập qua các năm từ 2004 đến nay sẽ là cơ sở dữ liệu quan trọng để tìm hiểu về dịch tễ học và mối quan hệ nguồn gốc tiến hoá c a loại virus cúm gia cầm lưu hành ở Việt Nam và thế giới trong thời gian qua Việc phân tích trình tự nucleotide và amino acid c a các chủng virus cúm A/ H 5N1 còn có ý ngh a lớn trong... nên các RNA polymerase Như vậy, kháng nguyên NA cùng với kháng nguyên HA c a virus là các đích chủ yếu c a cơ chế bảo hộ miễn dịch c a cơ thể với virus cúm A và là cơ sở nghiên cứu và ứng dụng đối với các vaccine phòng cúm hiện nay cho người và gia cầm, nhằm ngăn chặn dịch cúm ở gia cầm và hạn chế lây truyền sang người [118] Phân tích hệ gen c a các phân lập cúm gia cầm A/ H 5N1 cho thấy NA, HA và NS1 thường... A/ H 5N1 bùng nổ với clade clade 2.3.2.1 xuất hiện mới tại Việt Nam, 2 làm cho tình hình dịch tễ mối quan hệ lây nhiễm và phòng chống bằng vaccine càng phức tạp hơn Tìm hiểu sự thay đổi phân tử các vật liệu di truyền c a virus cúm A/ H 5N1, đặc biệt là đặc điểm phân tử phân đoạn gen kháng nguyên HA (H5) và NA (N1) ở các chủng phân lập trên gia cầm tại Việt Nam trong giai đoạn 2004 đến nay là cần thiết, nhằm... nguyên (antigenic drift) ở virus cúm A Minh h a đột biến tái tổ hợp c a hiện tượng “trộn kháng nguyên (antigenic shift) c a virus cúm A Mối quan hệ lây nhiễm và thích ứng vật chủ c a biến chủng virus cúm A Quá trình xâm nhiễm và nhân lên c a virus cúm A trong tế bào Sơ đồ nghiên cứu sinh học phân tử virus cúm A/ H 5N1 16 23 24 30 31 41 Cấu trúc c a vector pCR2.1- TOPO 43 Điện di sản phẩm RT-PCR gen. .. ngược (reverse genetics -based technology) Đây là phương pháp tạo virus nhân tạo tái tổ hợp gen c a virus cúm A/ H 5N1 đương nhiễm có khả năng gây miễn dịch nhưng không gây bệnh Tuy nhiên do virus cúm gia cầm A/ H 5N1 có nhiều biến đổi nội gen và xảy ra nhanh nên việc sản xuất vaccine cũng gặp không ít khó khăn 1.2.2 Cấu trúc hệ gen c a virus cúm A Nhóm virus cúm A đều có hệ gen là RNA ch a 8 phân đoạn mã ... (CDC) Hai chủng cúm A/ H 5N1 cung cấp nguồn gen H5 N1 A/ Vietnam/1194/2004(H 5N1) A/ Vietnam/1203/2004(H 5N1) [93] Hiện nay, Trung Quốc nước sản xuất nhiều giống virus vaccine chống cúm, ví dụ, Viện Nghiên. .. lập Việt Nam để tạo nguồn nguyên liệu sản xuất vaccine hệ mới Mục tiêu đề tài 1- Giải mã toàn phân đoạn gen kháng nguyên H5 N1 số chủng virus cúm A/ H 5N1 thu nhận số đ a phương Việt Nam giai đoạn... dụng nguồn gen kháng nguyên để sản xuất sử dụng vaccine phòng bệnh cúm gia cầm thích hợp đạt hiệu Xuất phát từ yêu cầu tiến hành đề tài: Nghiên cứu đặc điểm gen H5 N1 virus cúm A/ H 5N1 phân lập Việt