Nghiên cứu sự biến đổi di truyền các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus cúm A-H5N1 đương nhiễm tại Việt Nam [FULL]

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN MẠNH KIÊN NGHIÊN CỨU SỰ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA POLYMERASE CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 ĐƯƠNG NHIỄM TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành : HÓA SINH Y HỌC Mã số : 62 72 01 12 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS.TS. LÊ THANH HÒA 2. PGS.TS. ĐẶNG THỊ NGỌC DUNG HÀ NỘI – 2014 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án của mình, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới các Thầy (Cô): - PGS.TS. Lê Thanh Hòa – Viện Công nghệ sinh học, - PGS.TS. Đặng Thị Ngọc Dung – Trường Đại học Y Hà Nội, đã trực tiếp hướng dẫn, tận tình động viên và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu để hoàn thành luận án này. - Thầy Chủ tịch Hội đồng và các Thầy (Cô) trong Hội đồng chấm luận án, cùng các nhà khoa học trong cả nước, đã có nhiều ý kiến quí báu, giúp tôi hoàn thiện luận án của mình. Trong quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu và hoàn thành luận án của mình, tôi nhận được sự giúp đỡ quí báu của Nhà trường, đơn vị công tác, tập thể, các nhà khoa học, gia đình và bè bạn. Tôi xin trân trọng cảm ơn: - Ban giám hiệu Trường Đại học Y Hà Nội; Ban lãnh đạo Bệnh viện quân y 7A, Cục Hậu cần, Quân khu 7, đã tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu tại trường. - Thầy, cô và các anh, chị trong Bộ môn Hóa sinh, Phòng Quản lý đào tạo Sau đại học, Trung tâm Gen và Protein – Trường Đại học Y Hà Nội, Phòng Miễn dịch học – Viện Công nghệ sinh học, đã tạo điều kiện giúp đỡ chỉ bảo tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu và hoàn thành luận án. - Cơ quan thú y các vùng trong cả nước hết lòng ủng hộ, cung cấp mẫu bệnh phẩm và thông tin dịch bệnh giúp tôi thực hiện đề tài nghiên cứu. - Ban chủ nhiệm đề tài: “Nghiên cứu virus cúm A/H5N1 ở Việt Nam và Thái Lan: Dịch tễ phân tử, chẩn đoán và vắc-xin phòng chống”, trong khuôn khổ Nhiệm vụ “Nghị định thư hợp tác nghiên cứu với Thái Lan”, đã giúp đỡ hỗ trợ tôi kinh phí thực hiện đề tài nghiên cứu của mình. - Cuối cùng, tôi xin được cảm ơn gia đình và người thân, đã hỗ trợ động viên tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu của mình. Hà Nội, ngày …tháng 8 năm 2014 NGHIÊN CỨU SINH Nguyễn Mạnh Kiên LỜI CAM ĐOAN - Tôi xin cam đoan số liệu trong luận án là một phần số liệu đề tài nghiên cứu Nghị định thư hợp tác nghiên cứu với Thái Lan có tên: “Nghiên cứu virus cúm A/H5N1 ở Việt Nam và Thái Lan: Dịch tễ phân tử, chẩn đoán và vắc - xin phòng chống”. Phần kết quả trong đề tài luận án này là thành quả nghiên cứu của tập thể mà tôi là một thành viên chính. Tôi đã được sự đồng ý của Chủ nhiệm đề tài và toàn bộ các thành viên trong nhóm nghiên cứu, cho phép sử dụng phần số liệu trên vào trong luận án để bảo vệ lấy bằng tiến sĩ. - Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là hoàn toàn trung thực. Một phần số liệu và kết quả nghiên cứu trong luận án đã được công bố trên các Tạp chí khoa học chuyên ngành, với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả. Phần còn lại chưa từng được ai công bố trong bất kì công trình nào khác. Hà Nội, ngày ….tháng 08 năm 2014 TÁC GIẢ Nguyễn Mạnh Kiên i MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cảm ơn Lời cam đoan Mục lục i Danh mục chữ viết tắt trong luận án iv Danh mục các bảng v Danh mục các hình và sơ đồ vii ĐẶT VẤN ĐỀ 1 Chương 1. TỔNG QUAN 3 1.1. ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VIRUS CÚM A 3 1.1.1. Cấu tạo chung của virus cúm A 3 1.1.2. Đặc điểm cấu tạo hệ gen của virus cúm A 4 1.1.3. Cấu tạo và chức năng của các phân đoạn RNA hệ gen virus cúm A 5 1.1.4. Đặc điểm cấu tạo và chức năng của các gen PB2, PB1 và PA 7 1.1.5. Phức hợp enzym polymerase của virus cúm A 12 1.1.6. Đặc tính biến đổi di truyền các gen và hệ gen virus cúm A 14 1.2. ĐẠI DỊCH CÚM A VÀ ĐẶC ĐIỂM BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA VIRUS CÚM A GÂY ĐẠI DỊCH CÚM Ở NGƯỜI 16 1.2.1. Các đại dịch cúm A ở người trong lịch sử 16 1.2.2. Đặc điểm biến đổi các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A gây đại dịch cúm ở người 17 1. 3. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ VÀ SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1 22 1.3.1. Đặc điểm dịch tễ virus cúm A/H5N1 22 1.3.2. Đặc điểm sinh học của virus cúm A/H5N1 26 1.4. NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1, PA LIÊN QUAN ĐỘC LỰC VÀ LÂY TRUYỀN Ở NGƯỜI CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 28 1.4.1. Trên thế giới 28 1.4.2. Tại Việt Nam 30 Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1. ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ TRANG THIẾT BỊ NGHIÊN CỨU 33 2.1.1. Đối tượng và vật liệu nghiên cứu 33 2.1.2. Dụng cụ, trang thiết bị 35 2.1.3. Các bộ kit sinh học phân tử sử dụng trong nghiên cứu 36 2.1.4. Môi trường sử dụng trong dòng hóa 36 2.1.5. Các hóa chất sử dụng trong điện di trên gel agarose 36 ii 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 2.2.1. Kỹ thuật tách chiết ribonucleic acid tổng số 38 2.2.2. Thiết kế các trình tự mồi nucleotide sử dụng trong nghiên cứu 38 2.2.3. Kỹ thuật RT-PCR 41 2.2.4. Tinh sạch DNA sản phẩm PCR 44 2.2.5. Kỹ thuật điện di nucleic acid trên gel agarose 45 2.2.6. Kỹ thuật dòng hóa DNA 45 2.2.7. Giải trình tự DNA 48 2.2.8. Xử lí, kiểm chứng, thu nhận trình tự nucleotide và amino acid của các gen nghiên cứu 50 2.3. VẤN ĐỀ ĐẠO ĐỨC TRONG NGHIÊN CỨU 52 Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 53 3.1. KẾT QUẢ THU NHẬN VÀ GIẢI TRÌNH TỰ CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 53 3.1.1. Kết quả tách chiết RNA tổng số và chuyển đổi cDNA hệ gen virus 53 3.1.2. Kết quả PCR thu nhận và dòng hóa DNA các gen PB2, PB1 và PA 54 3.1.3. Kết quả giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA 60 3.2. KẾT QUẢ SO SÁNH THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG THẾ GIỚI 61 3.2.1. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 61 3.2.1.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 61 3.2.1.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PB2 65 3.2.2. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 67 3.2.2.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 67 3.2.2.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PB1 69 3.2.2.3 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1-F2 69 3.2.2.4 Kết quả xác định trình tự khung đọc mở gen PB1-N40 73 3.2.3. Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PA 73 3.2.3.1 Kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PA 73 3.2.3.2 Kết quả so sánh tỉ lệ tương đồng về nucleotide và amino acid gen PA 77 3.3. KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 79 3.3.1. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PB2 79 3.3.2. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PB1 82 3.3.3. Kết quả phân tích xác định phả hệ nguồn gốc gen PA 85 iii Chương 4. BÀN LUẬN 88 4.1. VỀ KẾT QUẢ THU NHẬN CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU 88 4.1.1. Về kết quả thu nhận các gen PB2, PB1 và PA 88 4.1.2. Về qui trình nghiên cứu thu nhận các gen PB2, PB1 và PA 88 4.2. VỀ KẾT QUẢ SO SÁNH THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID CÁC GEN PB2, PB1, PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 89 4.2.1. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 89 4.2.2. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 93 4.2.2.1 Về kết quả so sánh thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 93 4.2.2.2 Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PB1-F2 94 4.2.2.3 Về kết quả xác định trình tự khung đọc mở gen PB1-N40 96 4.2.3. Về biến đổi thành phần nucleotide và amino acid gen PA 97 4.3. VỀ KẾT QUẢ XÁC ĐỊNH PHẢ HỆ NGUỒN GỐC CÁC GEN PB2, PB1, CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 99 4.3.1. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB2 99 4.3.2. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PB1 102 4.3.3. Về kết quả xác định phả hệ nguồn gốc gen PA 103 4.4. PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI PHỨC HỢP ENZYM POLYMERASE, TỔ HỢP CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA SÁU BIẾN CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 NGHIÊN CỨU VỚI CÁC CHỦNG CỦA THẾ GIỚI 105 4.3.1. Về đặc điểm biến đổi phức hợp enzym polymerase liên quan bệnh học và dịch tễ học lây truyền sang người của virus cúm A/H5N1 105 4.3.2. Về nguồn gốc tổ hợp các gen PB2, PB1 và PA polymerase 108 KẾT LUẬN 114 KIẾN NGHỊ 116 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC iv DANH MỤC CÁC CHỮ, KÝ HIỆU VIẾT TẮT Chữ viết tắt/ Ký hiệu Tên đầy đủ bp base pair Da dalton DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxyribonucleotide Triphosphate ddNTP Dideoxynucleotide Triphosphate FAO Food and Agriculture Organization HA Hemagglutinin kb kilobase M Matrix protein MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis NA Neuraminidase NEP Nuclear Export Protein NP Nucleoprotein NS Non-structural protein OIE Office International des Epizooties PA Polymerase acidic protein PB1 Polymerase basic protein 1 PB2 Polymerase basic protein 2 RT-PCR Reverse transcription - polymerase chain reaction RNA Ribonucleic acid RNP Ribonucleoprotein (-) ssRNA Negative single-strand Ribonucleic Acid WHO cs. World Health Organization Cộng sự v DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1. Tóm tắt đặc tính cấu tạo 8 phân đoạn RNA hệ gen và chức năng các protein của virus cúm A 6 1.2. Tóm tắt lịch sử các đại dịch và dịch cúm A ở người 17 1.3. Các vị trí thay đổi amino acid trong protein PB2, PB1 và PA, giữa virus cúm A ở gia cầm với chủng virus A/H1N1/1918 và virus cúm A ở người 19 1.4. Số người nhiễm và tử vong do virus cúm A/H5N1 từ 2003 đến nay 23 1.5. Các vị trí thay đổi amino acid ở 3 protein PB2, PB1 và PA, liên quan đến độc lực và thích nghi lây truyền của virus cúm A/H5N1 trên người 29 2.1. Danh sách 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 sử dụng trong nghiên cứu 33 2.2. Danh sách 19 chủng virus cúm A/H5N1 đại diện sử dụng trong so sánh đặc tính di truyền các gen PB2, PB1 và PA 34 2.3. Danh sách 31 chủng virus cúm A/H5N1 bổ sung xây dựng cây phả hệ nguồn gốc các gen PB2, PB1 và PA 35 2.4. Danh sách mồi chuyển cDNA, kiểm tra cDNA hệ gen, thu nhận và giải trình tự các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A/H5N1 trong nghiên cứu 39 2.5. Thành phần và qui trình phản ứng chuyển đổi cDNA hệ gen virus cúm A/H5N1 từ RNA tổng số trong nghiên cứu 42 2.6. Thành phần phản ứng của kỹ thuật PCR kiểm tra cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 43 2.7. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR kiểm tra cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 43 2.8. Thành phần phản ứng của kỹ thuật PCR thu nhận DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 44 2.9. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR thu nhận DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 44 2.10. Thành phần phản ứng ghép-nối đoạn cDNA sản phẩm PCR vào plasmid pCR ® 2.1-TOPO ® 47 2.11. Thành phần phản ứng cắt DNA plasmid tái tổ hợp bằng E.coRI 48 2.12. Thành phần phản ứng PCR giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 49 2.13. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 50 3.1. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 63 vi Bảng Tên bảng Trang 3.2. Các vị trí thay đổi amino acid trong protein PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 được so sánh 64 3.3. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PB2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 66 3.4. Các vị trí sai khác nucleotide trong trình tự protein PB1 dẫn đến thay đổi amino acid trong protein PB1 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 68 3.5. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PB1 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 70 3.6. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PB1-F2 của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 71 3.7. Các vị trí sai khác nucleotide dẫn đến thay đổi amino acid trong trình tự gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 75 3.8. Các vị trí thay đổi amino acid trong trình tự gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 được so sánh 76 3.9. Tỉ lệ tương đồng (%) thành phần nucleotide và amino acid gen PA của 25 chủng virus cúm A/H5N1 so sánh 78 4.1. Các vị trí thay đổi amino acid ở 3 protein PB2, PB1 và PA polymerase, liên quan độc lực gây bệnh, lây truyền của virus cúm A/H5N1 trên người 106 4.2. Nguồn gốc tiến hóa xác định theo genotype của các gen PB2, PB1 và PA polymerase, trong hệ gen 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu và các chủng virus tham chiếu phân lập từ năm 2003 đến nay 109 vii DANH MỤC CÁC HÌNH VÀ SƠ ĐỒ Hình/ Sơ đồ Tên hình, sơ đồ Trang 1.1. Mô hình và ảnh chụp các tiểu phần virus cúm A 4 1.2. Mô hình cấu trúc hệ gen virus cúm A 5 1.3. Sơ đồ sắp sếp và trình tự vị trí codon AUG xác định điểm khởi đầ u các ORF trong vùng đầu 5’- RNA thông tin gen PB1 virus cúm A 9 1.4. Mô hình phân bố các vùng chức năng của protein PA 12 1.5. Mô hình cấu trúc 3D và vị trí phức hợp polymerase trong cấu trúc mỗ i phân đoạn RNP hệ gen của virus cúm A 12 1.6. Cơ chế xâm nhiễm và nhân lên của virus cúm A ở tế bào chủ 13 1.7. Sơ đồ minh họa đặc tính biến đổi di truyền của các phân đoạn và hệ gen virus cúm A 15 1.8. Sơ đồ hình thành các virus cúm A gây đại dịch cúm ở người 21 1.9. Cây phả hệ minh họa sự hình thành và lưu hành xâm nhiễm gây bệnh ở người của các clade HA(H5) virus cúm A/H5N1 ở châu Á từ 2003 – 2011 23 1.10. Sơ đồ minh họa tái tổ hợp hình thành các genotype Z, G và V củ a virus cúm A/H5N1 24 1.11. Các genotype virus cúm A/H5N1 hình thành ở Việt Nam 26 2.1. Sơ đồ qui trình tổng quát nghiên cứu các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus cúm A/H5N1 37 2.2. Sơ đồ bố trí vị trí bám mồi chuyển cDNA, thực hiện kỹ thuật PCR và giả i trình tự các gen PB2, PB1 và PA của virus cúm A/H5N1 41 2.3. Sơ đồ nguyên lí của kỹ thuật PCR 41 2.4. Sơ đồ cấu trúc của vector pCR ® 2.1TOPO (Invitrogen) 47 3.1. Kết quả điện di kiểm tra DNA một phần gen HA(H5) với cặp mồi H5F1 – H5R1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 53 3.2. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PB2 của 6 biến chủ ng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 54 3.3. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PB1 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 55 3.4. Kết quả điện di kiểm tra DNA gen PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu thu nhận sau PCR 56 3.5. Kết quả điện di kiểm tra các mẫu DNA plasmid tái tổ hợp gen PB2 của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sau cắt bằng enzym EcoRI 57 [...]... các phân o n gen, g m c các gen PB2, PB1 và PA, so v i h gen c a phân type virus cúm A tương ng gia c m [1], [2], [6] + Nghiên c u c a Taubenberger và cs., (2005) [45] phát hi n, có m t s v trí khác bi t v amino acid trong các gen PB2, PB1 và PA c a ch ng virus cúm A/H1N1 gây i d ch năm 1968, cùng v i các virus cúm A/H1N1, A/H2N2 và A/H3N2 thích nghi ngư i, so v i các gen tương ng c a virus cúm A Các. .. M và Âu-Á Trong ó, h gen c a ch ng virus này ch a 2 gen PB2 và PA, t virus cúm l n tái t h p trư c ó B c M gi a virus cúm chim A/H1N1 và virus cúm l n A/H3N2, cùng v i gen PB1 có ngu n g c t virus cúm ngư i A/H3N2 (Hình 1.8) [10], [52], [53] Như v y, ngo i tr các gen PB2, PB1 và PA c a ch ng virus A/H1N1/1918 chưa rõ ngu n g c, có th do bi n i tr c ti p t các virus cúm gia c m H gen c a các ch ng virus. .. virus cúm A/H2N2/1957 và A/H3N2/1968, u ch a gen PB1 có ngu n g c t virus cúm gia c m k t h p v i 2 gen PB2 và PA t các virus cúm A thích nghi trên ngư i trư c ó K t qu là hình thành t h p 3 gen PB2, PB1 và PA tương tác v i các gen khác trong h gen virus tái t h p, t o ra các s n ph m gen 22 thích h p giúp ch ng virus cúm A m i, lây truy n d dàng và gây ra qu n th ngư i c bi t, h gen c a ch ng virus. .. a các gen M, NP và NS giúp virus nhân lên và ngăn c n các ph n ng không c hi u c a cơ th ch ng l i virus [1], [6], [48], [61], [62] S bi n i c tính di truy n c a các gen PB2, PB1 và PA trong h gen, c a các ch ng virus cúm A gây gia c m, là cơ s giúp virus thay i i d ch cúm ngư i so v i virus cúm c l c gây b nh và thích nghi lây truy n t gia c m sang ngư i [51], [52] * c i m tái t h p các gen PB2, PB1. .. PB2 PB1 PA H3 – HA NP N2 – NA M NS A/H2N2/1957 ngư i (H2, N2, PB1 t virus cúm chim) Tái xu t hi n Virus cúm mùa A/H1N1 ngư i N2 PB1 Tuy t ch ng PB2 PB1 PA H3 – HA NP N2 – NA M NS A/H3N2/1968 ngư i (H3, PB1 t virus cúm chim) Hình 1.8 Sơ hình thành các virus cúm A gây Virus cúm mùa A/H3N2 ngư i i d ch cúm ngư i [52] Ghi chú: PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, M và NS: kí hi u các phân o n trong h gen virus cúm. .. tài: Nghiên i di truy n các gen PB2, PB1 và PA polymerase c a virus cúm A/H5N1 ương nhi m t i Vi t Nam Nh m các m c tiêu: 1- Gi i trình t , so sánh bi n i c tính di truy n, tương ng v nucleotide và amino acid các gen PB2, PB1, PA, c a m t s bi n ch ng virus cúm A/H5N1 ương nhi m t i Vi t Nam t năm 2007 – 2011 v i các ch ng A/H5N1 trên th gi i 2- Tìm hi u ngu n g c ph h các gen nói trên c a các bi... ó, các gen PB2, PB1 và PA mã hóa t ng h p 3 protein PB2, PB1 và PA polymerase, là các ơn v c u t o ph c h p enzym polymerase, có vai trò quy t c a virus nh kh năng thích nghi nhân lên và lây truy n cơ th các loài v t ch Ngoài ra, gen PB1 còn ch a 2 khung cm gen PB1- F2 và PB1- N40 mã hóa t ng h p các protein tương ng, tham gia bi u hi n c l c c a virus cúm A T năm 2003 cơ th b nhi m n nay, virus cúm. .. t c a virus cúm A và ư c th t t 1 cu i m i t tên theo s n 8, ho c protein mã hóa t ng h p là PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, M và NS, ng v i dài phân t gi m d n (Hình 1.2B) 1.1.3 C u t o và ch c năng c a các phân o n RNA h gen virus cúm A Tám phân o n RNA g m PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, M và NS trong h gen virus cúm A, l n lư t mã hóa t ng h p 10 n 12 protein là PB2, PB1 và/ ho c PB1- N40 và PB1- F2, PA, HA,... gen PB1 có ngu n g c t virus cúm A/H3N2 ngư i, tái t h p v i 2 gen PB2 và PA t virus cúm gia c m, so v i các virus gây ra 1.3 i d ch cúm A i d ch cúm A ngư i trư c ó [5], [53] C I M D CH T VÀ SINH H C VIRUS CÚM A/H5N1 1.3.1 c i m d ch t virus cúm A/H5N1 * Trên th gi i: Virus cúm A/H5N1 th c l c cao (highly pathogenic avian influenza A/H5N1, HPAI A/H5N1) thu c phân type virus cúm A/H5N1 trong nhóm virus. .. thu nh n gen PB1 t virus cúm gia c m A/H3N2 lưu hành châu Á, v i 2 gen PB2 và PA t virus cúm ngư i A/H1N1 Năm 1968, ch ng virus cúm A/H3N2 xu t hi n và gây ra i d ch cúm H ng Kông các qu c gia châu Á (A/H3N2/1968), có s tái t h p thu nh n gen PB1 t virus cúm phân nhóm H3 gia c m, cùng v i 2 gen PB2 và PA t virus cúm A/H2N2 clade 1 ngư i (Hình 1.8) [2], [10], [52] 21 1918 1957 1968 1976 PB2 PB1 PA HA . polymerase của virus cúm A 12 1.1.6. Đặc tính biến đổi di truyền các gen và hệ gen virus cúm A 14 1.2. ĐẠI DỊCH CÚM A VÀ ĐẶC ĐIỂM BIẾN ĐỔI CÁC GEN PB2, PB1 VÀ PA CỦA VIRUS CÚM A GÂY ĐẠI DỊCH CÚM. tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 49 2.13. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR giải trình tự DNA các gen PB2, PB1 và PA của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1. DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu 44 2.9. Chu trình nhiệt của kỹ thuật PCR thu nhận DNA các gen PB2, PB1 và PA từ cDNA hệ gen 6 biến