phân lập vi khuẩn nội sinh trong cây sả (cymbopogone citratus (dc.) stapf) trồng tại tỉnh kiên giang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***    *** LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC CHUYÊN NGÀNH VI SINH VẬT HỌC PHÂN LẬP VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY SẢ (Cymbopogone citratus (DC.) Stapf) TRỒNG TẠI TỈNH KIÊN GIANG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN HỌ VÀ TÊN SINH VIÊN PGS TS NGUYỄN HỮU HIỆP TRƢƠNG NGỌC LAN HƢƠNG MSSV: 3113720 LỚP: VSVH - K37 Cần Thơ – Tháng 11/2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN NGHIÊN CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***    *** LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC CHUYÊN NGÀNH VI SINH VẬT HỌC PHÂN LẬP VI KHUẨN NỘI SINH TRONG CÂY SẢ (Cymbopogon citratus (DC.) Stapf) TRỒNG TẠI TỈNH KIÊN GIANG CÁN BỘ HƯỚNG DẪN HỌ VÀ TÊN SINH VIÊN PGS TS NGUYỄN HỮU HIỆP TRƢƠNG NGỌC LAN HƢƠNG MSSV: 3113720 LỚP: VSVH - K37 Cần Thơ – Tháng 11/2014 PHẦN KÝ DUYỆT CÁN BỘ HƢỚNG DẪN SINH VIÊN THỰC HIỆN (ký tên) (ký tên) Trương Ngọc Lan Hương PGS TS Nguyễn Hữu Hiệp DUYỆT CỦA HỘI ĐỒNG BẢO VỆ LUẬN VĂN ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………… Cần Thơ, ngày tháng năm 2014 CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG (ký tên) LỜI CẢM TẠ Trong thời gian học tập chuyên ngành Vi Sinh Vật thực luận văn tốt nghiệp trường Đại học Cần Thơ, nhận nhiều quan tâm động viên từ gia đình, hướng dẫn dạy tận tình quý thầy cô giúp đỡ nhiệt tình bạn Để hoàn thành luận văn tốt nghiệp này, xin chân thành gửi lời cảm ơn đến: Quý thầy cô Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ truyền đạt kiến thức, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho thực luận văn PGS.TS Nguyễn Hữu Hiệp, Phó Trưởng Bộ môn Công nghệ Sinh học Vi sinh vật, Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ người Thầy nhiệt tâm hướng dẫn, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập, xây dựng đề cương nghiên cứu, thực thí nghiệm hoàn thành luận văn Cán quản lý phòng thí nghiệm vi sinh vật phòng thí nghiệm sinh hóa giúp đỡ, động viên chia sẻ khó khăn giúp hoàn thành tốt luận văn Cuối cùng, xin bày tỏ biết ơn sâu sắc đến cha, mẹ ủng hộ phương diện, sức mạnh tinh thần giúp vươn lên sống Các bạn lớp Vi Sinh Vật k37 vượt qua khó khăn trình học tập sống Xin gửi lới chúc sức khỏe thành công đến cha mẹ, quý thầy cô bạn sinh viên Cần Thơ, ngày 27 tháng 11 năm 2014 Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT TÓM TẮT Sả dược liệu sử dụng nhiều đông y Có nhiều nghiên cứu hoạt tính kháng khuẩn Sả tập trung chủ yếu vào dịch trích từ tinh dầu Sả dòng vi khuẩn nội sinh Sả chưa nghiên cứu Vì thế, đề tài phân lập vi khuẩn nội sinh Sả thực Từ ba mẫu Sả thu huyện Hòn Đất, Tân Hiệp, Giồng Riềng- Kiên Giang mười chín dòng vi khuẩn phân lập môi trường PDA Đa số dòng vi khuẩn có khuẩn lạc dạng tròn, bìa nguyên, độ mô, màu trắng đục, thuộc gram âm có khả chuyển động Kết khảo sát khả cố định NH4+ tổng hợp IAA cho thấy tất dòng vi khuẩn tổng hợp lượng IAA NH4+ định sau ngày chủng tùy theo dòng làm tăng giảm NH4+ IAA vào ngày lại Mười bốn dòng vi khuẩn hòa tan lân khó tan Kết thử hoạt tính kháng khuẩn chủng vi khuẩn Escherichia coli Aeromonas hydrophila cho thấy, hoạt tính kháng khuẩn dòng vi khuẩn phân lập hai chủng vi khuẩn thử nghiệm không giống Không có dòng kháng khuẩn Escherichia coli Năm dòng có hoạt tính kháng khuẩn Aeromonas hydrophila đặc biệt có dòng kháng Aeromonas hydrophila mạnh Kết giải trình tự gene 16S-rRNA, dòng H16 nhận diện Bacillus cereus - CCM 2010, dòng H13 Bacillus megaterium - QM B1551 với tỉ lệ đồng hình 85% 81% Từ khóa: Ammonium, Sả, hòa tan lân, IAA, kháng khuẩn, vi khuẩn nội sinh Chuyên ngành Vi sinh vật học i Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT MỤC LỤC KÝ TÊN HỘI ĐỒNG LỜI CẢM TẠ TÓM LƢỢC i MỤC LỤC ii DANH SÁCH BẢNG vii DANH SÁCH HÌNH viii TỪ VIẾT TẮT ix CHƢƠNG I: GIỚI THIỆU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài CHƢƠNG II: LƢỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1 Tỉnh Kiên Giang 2.1.1 Sơ lược tỉnh Kiên Giang 2.1.2 Vị trí địa lý điều kiện tự nhiên a) Vị trí địa lý b) Điều kiện tự nhiên 2.2 Giới thiệu Sả 2.2.1 Phân loại thực vật 2.2.2 Mô tả sả 2.2.3 Phân bố, thu hái nhân giống sả a) Phân bố b) Thu hoạch nhân giống sả 2.2.4 Thành phần hóa học Chuyên ngành Vi sinh vật học ii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT 2.2.5 Công dụng y học 2.2.6 Tình hình nghiên cứu khả kháng khuẩn Sả 11 2.3 Sơ lƣợc vi khuẩn nội sinh 12 2.3.1 Vi khuẩn Bacillus 13 a) Bacillus cereus 14 c) Bacillus subtilis 15 d) Bacillus megaterium 16 2.3.2 Vi khuẩn Azospirillum 17 2.3.3 Vi khuẩn Klebsiella 17 2.3.4 Vi khuẩn Pseudomonas 18 2.3.5 Vi khuẩn Azotobacter 19 2.4 Một số đặc tính vi khuẩn nội sinh 20 2.4.1 Đối kháng sinh học 20 2.4.2 Phân hủy sinh học 20 2.4.3 Sản phẩm từ vi khuẩn nội sinh 20 2.5 Một số đặc tính vi khuẩn thử nghiệm 21 2.5.1 Escherichia coli (E.coli) 21 2.5.2Aeromonas hydrophila (A hydrophila) 22 CHƢƠNG III: PHƢƠNG TIỆN VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 3.1 Thời gian – Địa điểm thực 23 3.1.2 Dụng cụ - thiết bị 23 3.1.3 Nguyên liệu 23 3.1.4 Hóa chất 24 a) Hóa chất dùng để khử trùng mẫu 24 b) Môi trường phân lập vi khuẩn nội sinh 24 c) Môi trường tăng sinh vi khuẩn 24 Chuyên ngành Vi sinh vật học iii Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT d) Môi trường khảo sát khả hòa tan lân 25 e) Hóa chất kiểm tra đặc tính sinh hóa 25 g) Hóa chất thực phản ứng PCR 25 3.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 26 3.2.1 Phương pháp phân lập vi khuẩn nội sinh 26 3.2.2 Quan sát hình dạng khả chuyển động vi khuẩn 27 3.2.3 Nhuộm Gram vi khuẩn nội sinh 28 3.2.4 Xác định khả tổng hợp NH4+ 29 a) Nguyên tắc 29 b) Hóa chất 29 c) Tiến hành thí nghiệm: 30 d) Định lượng đạm vi khuẩn sinh 30 3.2.5 Xác định khả hòa tan lân 31 3.2.6 Xác định khả tổng hợp IAA 31 a) Chuẩn bị 31 b) Hóa chất 32 c) Phương pháp 32 3.2.7 Thử nghiệm khả kháng khuẩn dòng vi khuẩn 33 3.2.8 Nhận diện dòng vi khuẩn có hoạt tính kháng khuẩn cao 33 CHƢƠNG IV: KẾT QUẢ - THẢO LUẬN 36 4.1 Kết phân lập vi khuẩn 36 4.1.1 Phân lập vi khuẩn 36 4.1.2 Đặc điểm hình thái khuẩn lạc dòng vi khuẩn phân lập 38 4.1.3 Đặc điểm tế bào vi khuẩn môi trường PDA 40 4.2 Kết khảo sát khả hòa tan lân dòng vi khuẩn 41 4.3 Khảo sát khả cố định đạm dòng vi khuẩn 43 Chuyên ngành Vi sinh vật học iv Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT 4.4 Khảo sát khả tổng hợp indol-3-acetic acid (IAA) dòng vi khuẩn 47 Khảo sát khả kháng vi khuẩn gây bệnh dòng vi khuẩn 50 4.5 4.6 Kết nhận diện kỹ thuật PCR 53 4.6.1 Nhận diện dòng vi khuẩn H16 54 4.6.2 Nhận diện dòng vi khuẩn H13 55 4.7 Tổng hợp đặc tính dòng vi khuẩn nội sinh Sả 57 CHƢƠNG V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 59 5.1 Kết luận 59 5.2 Đề nghị 59 TÀI LIỆU THAM KHẢO 60 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Các hình ảnh Đường chuẩn đo đạm Đường chuẩn đo IAA Phụ lục 2: Kết Bảng 16 Địa điểm thu mẫu Sả pH đất nơi thu Bảng 17 Số liệu ammonium dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 18 Số liệu ammonium dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 19 Số liệu ammonium dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 20 Số liệu IAA dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 21 Số liệu IAA dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 22 Số liệu IAA dòng vi khuẩn tổng hợp ngày Bảng 23 Chỉ số đo vòng halo lân ngày Bảng 24 Chỉ số đo vòng halo lân ngày Bảng 25 Chỉ số đo vòng halo lân ngày Chuyên ngành Vi sinh vật học v Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT Bảng 26 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Bảng 27 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Bảng 28 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Trình tự gen mã hóa 16S-rDNA dòng vi khuẩn triển vọng Phụ lục 3: Kết thống kê Bảng kết phân tích phương sai khả hòa tan lân dòng vi khuẩn a) Ngày b) Ngày c) Ngày Bảng kết phân tích phương sai thí nghiệm xác định hàm lượng đạm 19 dòng vi khuẩn tổng hợp 2, ngày sau chủng (trên môi trường NFb) a) Ngày b) Ngày c) Ngày Bảng kết phân tích phương sai thí nghiệm xác định hàm lượng IAA 19 dòng vi khuẩn tổng hợp 2, ngày sau chủng (trên môi trường NFb) a) Ngày b) Ngày c) Ngày Kết phân tích thống kê dòng vi khuẩn tạo vòng kháng khuẩn với vi khuẩn gây bệnh Aeromonas hydrophila a) Ngày b) Ngày c) Ngày Chuyên ngành Vi sinh vật học vi Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H14 0,082 0,096 0,091 3,222 3,722 H15 0,083 0,081 0,083 3,278 3,167 3,278 H16 0,081 0,091 0,078 3,167 3,722 H17 0,068 0,071 0,073 2,444 2,611 2,722 H18 0,068 0,08 0,081 2,444 3,111 3,167 H19 0,071 0,064 0,071 2,611 2,222 2,611 Chỉ số đo vòng halo lân Bảng 23 Chỉ số đo vòng halo lân ngày ĐK khuẩn lạc ĐK vòng Halo Lần Lần Lần Lần Lần Lần (mm) (mm) (mm) (mm) (mm) (mm) H01 0 H02 5 9 H03 0 H04 5 9 H06 4 10 10 H08 8 H09 6 13 12 13 H10 10 10 H12 14 12 10 H13 5 14 10 H15 10 0 H16 0 H17 5 11 10 11 H18 5 10 10 Dòng Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT Bảng 24 Chỉ số đo vòng halo lân ngày ĐK khuẩn lạc ĐK vòng Halo Lần Lần Lần Lần Lần Lần (mm) (mm) (mm) 1(mm) (mm) 3(mm) H01 10 11 17 15 17 H02 5 12 10 H03 10 11 11 H04 6 13 12 H06 10 11 10 H08 6 10 9 H09 7 13 12 10 H10 11 12 12 H12 4 12 10 11 H13 6 13 15 16 H15 10 13 15 12 16 H16 13 12 15 H17 5 12 10 H18 5 13 14 12 Dòng Bảng 25 Chỉ số đo vòng halo lân ngày ĐK khuẩn lạc ĐK vòng Halo Lần Lần Lần Lần Lần Lần (mm) (mm) (mm) (mm) (mm) (mm) H01 13 13 14 17 18 18 H02 6 10 12 10 H03 11 12 12 H04 7 12 13 10 H06 5 11 10 10 H08 10 10 H09 7 12 13 13 H10 11 12 12 Dòng Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H12 5 10 12 12 H13 13 15 14 17 H15 17 10 16 20 13 19 H16 10 10 15 12 12 H17 11 14 12 H18 6 15 15 14 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn Vi khuẩn thử nghiệm Aeromonas hydrophila Bảng 26 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Ngày ĐK khuẩn lạc Dòng ĐK vòng Halo Lần (mm) Lần (mm) Lần 1(mm) Lần (mm) H09 0 0 H13 0 0 H14 0 0 H16 10 11 15 16 H18 10 11 13 Bảng 27 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Ngày ĐK khuẩn lạc Dòng ĐK vòng Halo Lần (mm) Lần (mm) Lần 1(mm) Lần (mm) H09 0 0 H13 7,5 14 16 H14 9 14 14 H16 11,5 18 16 H18 11 10 15 12 Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT Bảng 28 Chỉ số đo vòng kháng khuẩn ngày Ngày ĐK khuẩn lạc Dòng ĐK vòng Halo Lần (mm) Lần (mm) Lần 1(mm) Lần (mm) H09 7,5 12 14 H13 18 16 H14 9 18 15 H16 11 20 17 H18 11 11 14 15 Trình tự gene mã hóa 16S-rRNA dòng vi khuẩn triển vọng 5.1 Trình tự gene mã hóa 16S-rRNA dòng H16 CCGTGCGCATGCTATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCT CTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTT GAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGAT GGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAA CGATGCGTAACCCACCTGAAAGGGTGATCGGCCATTCTGGGACTTACACA CCTCCCACACTTCTACCGGAGGGAACCCTTTGGAATCCTCCACAATGGGA GAAAATCTTAAAGAACAAGGTCCCCTTGATTGGGGAGGGTTTCCGGGTCG TAAAATCTGTTGTTAGGAAACCAGTGCTACTTGATAATCTGGCCCTTGAC GGTACCTAACCTGAAGGGTTTGCAAATACTTCCACCTGGGAGGGATACGC ATGTGGCACGGTTATCCAGAATGTTGCGCGTAAGCGCGCGCACGTGGTTT CTCAGTTTGATGTGAATTGCACGGTTCACCGTGGAGGTCTTTGAAAGTGT GAGATTTGCTTGAGGGGAGGAAACTGAATACATGGCACTGTCATTGCGGC GTGAATGCAGGGCACCTATGCGGTGCGACCTCAGGTTTGCACCACAGTGC Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT AGTTCAAACCAGGGGACGCATCGCACTGGTGCCCGGAAGTCACGCCGTAT TCACCGTGCCAAGGAATCAGGTTCCCCCTTGATGAAGAGTCAAGTATCAA GACCCCCCGGGGGAAACGGCGCTTTCCAACCTTTAGAATCACGGGCCCGT ATAACGCGGATATGCGGTAATTCGAGCACCGGATAACTTACAGGGTTGAA TTTTTGAAAGCTTTAGTGGGGTTCCCTTAGGGCCAATTACAGAAGACATG TTTCCCCAAAAAGCATTTAAGGCGGTAATTCCTACAAAGGACCTTGGCTC AATTTCCTTCGTGGGAACTCCTGGGCGCCCTCAAAACGGGGGGTGGGGAT ATTAGGGCAGCCCCATGGGGGGGGACCGGCGGGGGGGGCCAACCAAAAA GGGGGG 5.2 Trình tự gene mã hóa 16S-rRNA dòng H13 CAGCGTGCGCGTGCTATACATGCAGTCGAGCGGACAGAAGGGAGCTTGCT CCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCAGCCTGC TAGACTGGGAAAACACCTTGAAAAAGGAGATACTAATACCTGATAGGATC TTCTCCTTCATGGAAGGTGATTGAAAGATGGTTTCGGCTATTTCTTAATGAT GGCCCCGTGGTGCGTTTCTAGTTGGTGAAGTAACCTCTCAACAAGGCTTCT ATTCATTGCCCACGTGGGAGGGTGATCTCCCAAACTGGGACTGATACACGG CCCATACCCCTAGTGGTGGCATCACTATTTTATCTTCTGGCATGGACTATGG CTGCAATCATCAATGCTGTGAGCTGTGATGACGGGTTTCTCTTCATTAATTT AGTTGTAATGTAACAACATGTTCAATTGTTCTTCACGTACGTTGACCCGTC ACCACCAGAAAGCCAGTAGCTACCACCACGCCCCACACCCACGATCATGC GGTGTGGGATAGCCTTGTTAACTGCTGATGGGCCTTAATTTGCTCGACGGT CTTTTCCTTTGGTCTGTATGTGAAAAACCAACGGTTCAATCGCTCAAGGTC ATTGGAAAAATGGGGGATCTCTGAGTG Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT Phụ lục : Kết phân tích thống kê Bảng kết phân tích phƣơng sai khả hòa tan lân dòng vi khuẩn a) Ngày CV(%) =13,7; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P 29415 3268 4,68 0,002 Error 20 13971 699 Total 29 43385 Dòng S = 26,43 Dòng N R-Sq = 67,80% Mean R-Sq(adj) = 53,31% Grouping H12 243,33 A H06 241,67 A H09 225,56 A B H17 201,11 A B C H18 186,67 B C H13 178,52 C H04 173,33 C H10 168,89 C H08 157,78 C H02 156,67 C b) Ngày CV(%)=11,5 ; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 13 60263 4636 9,04 0,000 Error 28 14365 513 Total 41 74629 Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 S = 22,65 Dòng N Trường ĐHCT R-Sq = 80,75% Mean R-Sq(adj) = 71,81% Grouping H18 260,00 A H13 258,89 A H12 255,00 A H06 212,22 B H10 210,48 B H17 206,67 B H04 198,89 B C H02 193,33 B C H09 176,19 B C D H16 167,46 C D H08 165,56 C D H01 163,74 C D H03 153,77 D H15 141,03 D c) Ngày CV(%)=14,4; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 13 53027 4079 6,15 0,000 Error 28 18574 663 Total 41 71601 S = 25,76 Dòng N R-Sq = 74,06% Mean R-Sq(adj) = 62,01% Grouping H18 260,00 A H12 226,67 A B H17 203,61 B C H06 195,56 B C D Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H09 190,48 B C D H02 188,89 B C D H10 180,48 C D E H04 174,60 C D E F H13 172,76 C D E F H03 169,05 C D E F H08 153,17 D E F G H16 140,00 E F G H01 132,60 F G H15 122,13 G Bảng kết phân tích phƣơng sai thí nghiệm xác định hàm lƣợng đạm 19 dòng vi khuẩn tổng hợp đƣợc 2, ngày sau chủng (trên môi trƣờng NFb) a) Ngày CV(%)= 11.2; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 0,40271 0,02237 2,41 0,011 Error 38 0,35256 0,00928 Total 56 0,75527 S = 0,09632 Dòng N R-Sq = 53,32% Mean Grouping H15 0,53515 H16 0,29779 B H12 0,27961 B H14 0,25236 B H11 0,22283 B H09 0,22283 B H04 0,19671 B Chuyên ngành Vi sinh vật học R-Sq(adj) = 31,21% A Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 H19 0,19443 B H13 0,19330 B H18 0,18648 B H08 0,18194 B H10 0,17853 B H17 0,17399 B H07 0,17399 B H02 0,16945 B H01 0,16831 B H06 0,16718 B H03 0,16718 B H05 0,16377 B Trường ĐHCT b) Ngày CV(%)= 43,974; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 0,16714 0,00929 2,43 0,011 Error 38 0,14527 0,00382 Total 56 0,31241 S = 0,06183 Dòng N R-Sq = 53,50% Mean Grouping H08 0,22506 A H07 0,19772 A B H09 0,19317 A B H12 0,19165 A B H05 0,19013 A B H18 0,18102 A B H11 0,17950 A B H10 0,17494 A B Chuyên ngành Vi sinh vật học R-Sq(adj) = 31,47% Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 H19 0,15368 A B C H13 0,14305 A B C D H14 0,13698 A B C D H17 0,13546 A B C D H16 0,13394 A B C D H15 0,12938 A B C D H03 0,10357 B C D H01 0,06560 C D H06 0,04890 D H04 0,04738 D H02 0,04738 D Trường ĐHCT c) Ngày CV(%)= 53,261; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 0,13383 0,00743 2,81 0,004 Error 38 0,10041 0,00264 Total 56 0,23424 S = 0,05140 Dòng N R-Sq = 57,13% Mean Grouping H05 0,20533 A H10 0,18433 A B H06 0,16767 A B C H04 0,15000 A B C D H09 0,11633 B C D E H07 0,10800 B C D E H19 0,10333 B C D E H02 0,10333 B C D E H03 0,09233 C D E Chuyên ngành Vi sinh vật học R-Sq(adj) = 36,83% Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H16 0,09033 C D E H08 0,07200 D E H17 0,06833 D E H18 0,06233 E H15 0,06033 E H01 0,05867 E H14 0,05400 E H12 0,04933 E H11 0,03867 E H13 0,03500 E Bảng kết phân tích phƣơng sai thí nghiệm xác định hàm lƣợng IAA 19 dòng vi khuẩn tổng hợp đƣợc 2, ngày sau chủng (trên môi trƣờng NFb) a) Ngày CV(%)=14,051; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 30,161 1,676 16,40 0,000 Error 38 3,882 0,102 Total 56 34,042 S = 0,3196 Dòng N R-Sq = 88,60% Mean R-Sq(adj) = 83,20% Grouping H06 3,1739 A H17 3,0870 A H12 2,9710 A B H13 2,9420 A B H09 2,8696 A B H11 2,8261 A B Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H01 2,5507 B C H07 2,5217 B C H05 2,5217 B C H04 2,4783 B C H10 2,2899 C H15 2,2609 C H18 2,2029 C D H19 2,1594 C D H08 2,0435 C D H16 1,7246 H03 1,2174 E F H14 1,0290 F H02 0,3478 D E G b) Ngày CV(%)=12,975; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 5,474 0,304 3,04 0,002 Error 38 3,805 0,100 Total 56 9,279 S = 0,3164 Dòng N R-Sq = 59,00% Mean R-Sq(adj) = 39,57% Grouping H07 2,8986 A H14 2,7971 A B H11 2,7681 A B H15 2,7536 A B C H12 2,7101 A B C H06 2,6812 A B C D Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H01 2,6522 A B C D H09 2,6377 A B C D H02 2,4638 A B C D H05 2,4348 A B C D H08 2,4203 A B C D H10 2,3333 B C D E H19 2,2754 B C D E H16 2,2754 B C D E H13 2,2319 C D E F H03 2,2319 C D E F H17 2,1739 D E F H04 1,8841 E F H18 1,7101 F c) Ngày CV(%)=10,475; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 18 7,3425 0,4079 4,19 0,000 Error 38 3,7037 0,0975 Total 56 11,0462 S = 0,3122 Dòng N R-Sq = 66,47% Mean R-Sq(adj) = 50,59% Grouping H14 3,6481 A H01 3,4815 A B H09 3,4444 A B H10 3,3704 A B C H16 3,2963 A B C H05 3,2593 A B C D Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT H15 3,2407 H04 3,0741 B C D E H11 3,0370 B C D E F H18 2,9074 C D E F G H07 2,8704 C D E F G H12 2,7778 D E F G H03 2,7593 D E F G H13 2,7222 E F G H02 2,6296 E F G H17 2,5926 E F G H08 2,5556 F G H19 2,4815 G H06 2,4815 G A B C D Kết phân tích thống kê dòng vi khuẩn tạo vòng kháng khuẩn với vi khuẩn gây bệnh Aeromonas hydrophila a) Ngày CV(%)=31,5; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 49,00 49,00 39,20 0,025 Error 2,50 1,25 Total 51,50 S = 1,118 R-Sq = 95,15% Dòng N Mean H16 10,000 H18 3,000 R-Sq(adj) = 92,72% Grouping A B b) Ngày Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT CV(%)=14; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 19,125 6,375 11,33 0,020 Error 2,250 0,563 Total 21,375 S = 0,75 R-Sq = 89,47% Dòng N Mean R-Sq(adj) = 81,58% Grouping H16 6,7500 A H13 6,7500 A H14 5,0000 A B H18 3,0000 B c) Ngày CV(%)=17; Method: 95,0 percent LSD Source DF SS MS F P Dòng 43,00 10,75 8,11 0,021 Error 6,63 1,33 Total 49,63 S = 1,151 Dòng N R-Sq = 86,65% Mean R-Sq(adj) = 75,97% Grouping H16 9,000 A H13 8,500 A H14 7,500 A B H9 5,250 B C H18 3,500 C Chuyên ngành Vi sinh vật học Viện NC&PT Công nghệ Sinh học [...]... dịch trích từ cây và chưa có nhiều nghiên cứu sâu về vi khuẩn nội sinh trong cây dược liệu Vì vậy, đề tài: Phân lập vi khuẩn nội sinh trong cây sả (Cymbopogon citratus (DC.) Stapf) trồng ở tỉnh Kiên Giang được thực hiện 1.2 Mục tiêu đề tài Phân lập và tuyển chọn được các dòng vi khuẩn nội sinh trong cây Sả (Cymbopogon citratus) trồng ở tỉnh Kiên Giang có khả năng kháng khuẩn, cố định đạm, sinh tổng hợp... 1996)… 2.4.2 Phân hủy sinh học Siciliano et al., (2001) ghi nhận cây trồng phát triển tốt trong đất nhiễm các hóa chất độc hại có vi khuẩn nội sinh trong cây chứa những gen có khả năng phân hủy độc chất này Thực tế cho thấy nhiều cánh đồng nhiễm nitro-acromatics và những vi khuẩn nội sinh trong cây trồng tại đây chứa những gen phân hủy nitro-acromatics, những vi khuẩn nội sinh còn tồn tại trong đất vùng... IAA của các dòng vi khuẩn nội sinh trong cây Sả 57 Bảng 15: Tổng hợp khả năng hòa tan lân và kháng khuẩn của các dòng vi khuẩn nội sinh trong cây Sả 58 Chuyên ngành Vi sinh vật học vii Vi n NC&PT Công nghệ Sinh học Luận văn tốt nghiệp Đại học khóa 37- 2014 Trường ĐHCT DANH SÁCH HÌNH Hình 1: Bản đồ tỉnh Kiên Giang 3 Hình 2: Cây sả (Cymbopogon citratus) ... chuyển hóa (Vinitketkumnuen U et al., 1994) 2.3 Sơ lƣợc về vi khuẩn nội sinh Vi khuẩn nội sinh (VKNS) là vi khuẩn sống toàn bộ hay một phần thời gian chu kì sống của chúng trong mô thực vật, không làm tổn thương mô mà những loại vi khuẩn này còn có lợi đối với cây (Kobayashi và Palumbo, 2000; Barbara, 1996) Vì sống trong môi trường tương đối ổn định – trong mô thực vật mà các loại VKNS có thể sản xuất... Bảng 8: Đặc tính vi khuẩn phân lập trên môi trường PDA 40 Bảng 9: Khả năng hòa tan lân của các dòng vi khuẩn 43 Bảng 10: Khả năng cố định đạm của các dòng vi khuẩn 44 Bảng 11: Khả năng tổng hợp IAA của các dòng vi khuẩn phân lập 47 Bảng 12: Khả năng kháng vi khuẩn Aeromonas hydrophila của các dòng vi khuẩn 51 Bảng 13: Kết quả giải trình tự của một số dòng vi khuẩn triển vọng... của cây trồng hay có trong đất (Ryan et al., 2008) Theo Van Aken et al., (2004) những dòng vi khuẩn cộng sinh thực vật như Methylbacterium phân lập từ cây Polar lai (Populus deltoids x nigra), cũng có khả năng phân hủy nitro-acromatics như 2,4,6-trinitro-toluene Sự phát hiện những vi khuẩn nội sinh có khả năng phân hủy sinh học giúp cho chúng ta có thể sử dụng trực tiếp như là các chế phẩm sinh học phân. .. khả năng phân hủy độc chất vào những vi khuẩn khác và dùng chúng để làm sạch môi trường… 2.4.3 Sản phẩm từ vi khuẩn nội sinh Nhiều giống vi khuẩn nội sinh như Pseudomonas, Burkholderia và Bacillus (Lodewyckx et al., 2002) được biết là những loài trong những giống vi khuẩn tổng hợp ra nhiều sản phẩm thứ cấp bao gồm các kháng sinh, chất kháng ung thư, hợp chất hữu cơ thơm, kháng nấm, kháng virus, kháng... tiên phân lập từ phân trẻ em bị tiêu chảy năm 1885 và đặt tên theo bác sĩ nhi khoa Đức (Fotadar et al., 2005) Vi khuẩn E.coli thuộc họ Enterobacteriaceas, Gram âm, vi khuẩn thường trực ở trong ruột, chiếm tới 80% vi khuẩn hiếu khí vừa là vi khuẩn cộng sinh thường trực đường tiêu hóa, là vi khuẩn gây nhiều bệnh đường ruột và các cơ quan khác (Lê Văn Tạo, 1997), (Singleton, 1999) Vi khuẩn E.coli có thể sinh. .. Giồng Riềng - tỉnh Kiên Giang, thu mỗi huyện một mẫu gồm rễ, thân, lá và đất của cây Sả Vi khuẩn Escherichia coli được cung cấp từ phòng thí nghiệm Sinh học Phân tử, Vi n Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ sinh học, trường Đại Học Cần Thơ Vi khuẩn Aeromonas hydrophila được cung cấp từ bộ môn Bệnh cá, Khoa Thủy Sản, trường Đại Học Cần Thơ Chuyên ngành Vi sinh vật học 23 Vi n NC&PT Công nghệ Sinh học ... năng kháng hạn tốt hơn 2.3.3 Vi khuẩn Klebsiella Vi khuẩn thuộc nhóm γ–proteobacteria, vi khuẩn Gram âm, hình que, không hay ít di chuyển sống kỵ khí không bắt buộc có hai loài quan trọng đó là Klebsiella pneumoniae và Klebsiella oxytoca Vi khuẩn Klebsiella thường xuất hiện tự nhiên trong đất, một số xâm nhập vào cây trồng và sống tự nhiên trong cây Vi khuẩn này được phân lập và nghiên cứu khả năng tổng