Với đặc thù là trường THPT chuyên nhưng lại có cả hai khối THPT và THCS vì vậy nên bồi dưỡng HSG được tổ chức tại cả hai khối. Cụ thể như sau
Ở bậc THCS, từ khối 8 đã bắt đầu thành lập các lớp định hướng chuyên để học sinh có thể tự xác định môn học sở trường của mình là gì và đăng kí. Dựa vào số lượng đăng ký các môn chuyên gồm có Văn, Toán, Anh nhà trường sẽ cho kiểm tra đánh giá và xếp lớp cho phù hợp. Nhà trường sẽ phân công những giáo viên giàu kinh nghiệm và có trình độ chuyên môn tốt tham gia giảng dạy để bồi dưỡng các em HS theo chương trình nâng cao và theo từng chuyên đề mở rộng kiến thức. Ở các lớp định hướng chuyên này các HS sẽ được học mở rộng, nâng cao về môn chuyên định hướng của mình để làm cơ sở cho việc tuyển chọn đội tuyển lớp 9. Sang đến năm lớp 9, từ đầu năm học nhà trường đã lên kế hoạch thành lập các đội tuyển ở tất cả các môn: Toán, Lý, Hóa, Sinh học, Tiếng Anh, Tin học, Văn học, Sử, Địa. Ban giám hiệu sau khi bàn bác với tổ trưởng chuyên môn sẽ giao nhiệm vụ cho những GV lãnh đội để phụ trách các đội tuyển. Các GV lãnh đội có nhiệm vụ tổ chức thành lập đội tuyển của mình, lên kế hoạch và chương trình bồi dưỡng. Việc lựa chọn HS vào lớp bồi dưỡng sẽ được tiến hành thông qua một bài thi. Và tùy tính chất của từng đội tuyển GV lãnh đội sẽ lấy những HS có số điểm từ cao xuống thấp, đến đúng số lượng HS dự kiến, thường là từ 25 đến 30 HS một lớp. Sau khi thành lập các lớp bồi dưỡng, GV lãnh đội cùng GV được mời tham gia bồi dưỡng sẽ tiến hành giảng dạy cho các em, thường là với thời
lượng từ 2 đến 3 buổi/ 1 tuần. Trong quá trình học cho đến trước vòng thi HSG Quận, GV lãnh đội sẽ tổ chức một cho đến hai bài kiểm tra chất lượng nữa để chọn ra 20 HS tham gia kì thi HSG Quận. Đến trước kì thi Thành phố, HS trong đội cũng tiếp tục phải trải qua hai bài kiểm tra nữa, sau đó GV sẽ lấy điểm trung bình của các vòng chọn ra 10 em suất sắc nhất để đi thi HSG vòng Thành phố.
Đối với khối THPT, khối chuyên của nhà trường thì bồi dưỡng HSG càng được coi trọng. Ngay từ lớp 10, các lớp chuyên đã tiến hành dạy các chuyên đề cho đối tượng HS chuyên để đào sâu và nâng cao kiến thức. Đến năm lớp 11, các lớp chuyên đã bắt đầu hình thành đội tuyển thông qua các bài kiểm tra sát hạch. Một số HS xuất sắc của khối 11 sẽ được tham gia các kì thi HSG thành phố để lấy nguồn vào đội tuyển HSG Quốc gia. Các đội tuyển học tập trung khoảng từ 2 đến 3 buổi / 1 tuần trước kì thi HSG thành phố. Sau khi có kết quả thi HSG thành phố những HS đạt điểm vào vòng hai sẽ được tập trung học đội tuyển. Đội tuyển này sẽ bao gồm cả HS lớp 11 và 12, đó là những HSG, có điểm thi thành phố cao, đạt đủ điểm vào vòng 2 theo quy định. Các GV lãnh đội sẽ cùng với các GV mời lên chương trình bồi dưỡng cho HS để có thể tham dự thi vòng hai chọn đội tuyển Quốc gia với kết quả cao nhất. Các GV sẽ dạy đội tuyển theo chuyên đề phù hợp với trình độ HS và yêu cầu của kì thi. Sau khi tham dự vòng 2, tức là vòng chọn đội tuyển HSG Quốc gia, những HS đủ điểm để vào đội tuyển HSG Quốc gia sẽ được học tập trung. Những HS này sẽ được tạo mọi điều kiện để tập trung vào bồi dưỡng môn thi. GV lãnh đội sẽ mời những GV giỏi nhất, nhiều kinh nghiệm nhất đến giảng dạy, hướng dẫn học sinh học tập. Thời điểm này đội tuyển sẽ được ưu tiên tạm nghỉ các môn học khác để tập trung vào ôn luyện. Sau kì thi các GV bộ môn sẽ có nhiệm vụ phải dạy lại các kiến thức bỏ lỡ cho những HS trong đội tuyển.
Đối với các kì thi Quốc tế như IJSO hoặc kì thì Olympic Quốc tế các môn, nếu trường THPT chuyên Hà Nội- Amsterdam có HS lọt vào đội tuyển
thì nhà trường sẽ cùng với sự chỉ đạo của Sở GD&ĐT cùng tổ chức ôn luyện cho những HS đó ở mức độ cao nhất.
Khảo sát bằng phiếu điều tra HS về thời lượng ôn luyện, bồi dưỡng HSG được tiến hành ở 350 em HS ở tất cả các đội tuyển ở khối THCS và THPT ở các môn: Tiếng Anh, Tiếng Trung, Tiếng Nga, Toán , Vật lý, Hóa học về ý kiến của HS về thời lượng tham gia học tập bồi dưỡng HSG có kết quả như sau:
Bảng 2.1: Ý kiến của học sinh về thời lượng tham gia học tập bồi dưỡng HSG Ý kiến về thời lượng tham gia bồi dưỡng HSG Số học sinh Tỷ lệ %
Rất căng thẳng 61 17,4%
Hơi căng thẳng 235 67,1%
Vừa phải, thích hợp 44 12,6%
Nhẹ nhàng, không căng thẳng 10 2,9%
Dựa theo kết quả thống kê ý kiến của 350 em HS tham gia đội tuyển HSG về thời lượng tham gia bồi dưỡng HSG có thể thấy rằng đa số các em cho rằng thời lượng học hơi căng thẳng, con số đó chiếm tới 67,1% số HS. Các em phải học khá nặng, thời gian học căng và phải nghỉ khá nhiều tiết học các môn khác ở trên lớp. Bên cạnh đó có 17,4% số học sinh cho rằng thời lượng học như vậy là quá nhiều, quá căng thẳng khiến các em cảm thấy áp lực và mệt mỏi. Trong số 350 em HS được hỏi có 44 em HS, chiểm tỷ lệ 12,6%, cho rằng thời lượng học tập như vậy là vừa phải và phù hợp, và chỉ có 10 em học sinh, chiếm tỷ lệ 2,9%, có ý kiến rằng thời lượng học tập bồi dưỡng học sinh giỏi ở trường là nhẹ nhàng, không căng thẳng. Số liệu thống kê trên cho thấy áp lực học đội tuyển HSG với HS là tương đối lớn. Các em phải học tập nhiều kiến thức, chiếm nhiều thời gian và phải tập trung hầu như toàn bộ sức lực vào ôn luyện. Chính vì vậy dẫn đến một số ý kiến cho rằng nhà trường nên tiến hành tập trung đội tuyển bồi dưỡng sớm hơn, tránh tình tràng học dồn dập vào thời gian gấp gáp.