Chè hữu cơ Nhật Bản được trồng ở vùng núi cao thuộc Kanaguwa, Shiga, Migazaki, Shizuoka. Sản xuất chè an toàn ở Nhật Bản chủ yếu dựa trên sự đồng bộ về các giải pháp kỹ thuật như cơ giới hóa, giống, phân bón, bảo vệ thực vật, thu hoạch bảo quản chế biến nhằm giảm thiểu dư lượng thuốc trừ sâu và phân bón trong sản phẩm chè ở mức thị trường cho phép. Chính phủ Nhật Bản đã đầu tư một lượng kinh phí lớn khai thác sản phẩm chè hoàn toàn đáp ứng được yêu cầu VSATTP. Bộ Nông nghiệp Nhật Bản đã giới thiệu một hệ thống tiêu chuẩn chè hữu cơ Nhật Bản và dùng nhãn hiệu nông sản hữu cơ cho chè hữu cơ.
Sản xuất chè ở Nhật Bản chủ yếu được thực hiện bởi các hộ nông dân, các công ty tư nhân. Mỗi hộ sản xuất chè thường có khoảng 2 -3 ha, ngoài ra còn có các tổ chức khác là hợp tác xã sản xuất chè bao gồm khoảng 40 hộ, với quy mô, diện tích khoảng 80 – 120 ha cùng với nhà máy chế biến, quản lý theo nguyên tắc tự nguyện, cùng có lợi. Các hộ sản xuất và các hợp tác xã đều sản xuất ra chè bán thành phẩm sau đó tiêu thụ trên thị trường.
Về việc tiêu thụ sản phẩm chè, sản phẩm chè an toàn của Nhật Bản chủ yếu tiêu thụ trong nước. Những người sản xuất mang sản phẩm đến Hiệp hội nông nghiệp chè của vùng để bán thông qua các chợ theo hình thức đấu giá. Bên cạnh các chợ có kho bảo quản chè làm dịch vụ bảo quản cho người mua và bán, cho các công
ty kinh doanh chè khi có nhu cầu bảo quản lạnh. Bên cạnh đó cũng lắp các thiết bị tự động hóa, chỉ cần một người quản lý điều hành qua mạng máy vi tính, người gửi chè đến kho bảo quản chỉ cần đến lấy mã số lô hàng cần trả, các thiết bị sẽ tự động chuyển đúng lô hàng cần trả ra cửa kho.
Các sản phẩm chè được các công ty kinh doanh chè hay kinh doanh đồ uống tiếp tục chế biến thành các sản phẩm có giá hơn như chè bột, chè uống liền, kẹo, bánh chế từ chè...
Ở Nhật Bản, Hiệp hội nông nghiệp chè kết hợp với các Viện nghiên cứu chè chịu trách nhiệm chỉ đạo và cung cấp các dịch vụ kỹ thuật sản xuất chè. Chẳng hạn như, Hiệp hội chè gắn các thiết bị quan sát đồng ruộng tại các vị trí nhất định, hàng giờ các thiết bị tự động thu thập các thông số kỹ thuật, các chỉ số, nhiệt độ, ẩm độ, hàm lượng NPK và báo cáo kết quả thu thập được về máy tính, máy tính sẽ xử lý và đưa ra các phương hướng sử dụng phân bón, tưới tiêu... để khuyến cáo người sản xuất chè từ các thông số thu được.
Về bảo vệ thực vật, các khuyến cáo về quy trình phòng chống sâu bệnh hại chè được cung cấp cho người sản xuất dưới dạng các lịch phòng chống và các hướng dẫn cụ thể cho nông dân chỉ tiêu về chất lượng chè bán thành phẩm (tanin, chất hòa tan, cafein, acid amin..). Những quy trình này đều dựa trên số liệu quan sát, điều tra, dự tính và dự báo. Hiệp hội nông nghiệp chè cũng đảm nhiệm việc phân tích chất lượng chè khi cần và trả lời theo đúng yêu cầu. Phí dịch vụ mà Hiệp hội nông nghiệp thu cho các dịch vụ khoảng 2% giá trị sản phẩm được cung cấp dịch vụ.
Người tiêu dùng Nhật Bản đặc biệt quan tâm đến vấn đề dư lượng thuốc hóa học trong sản phẩm chè, nhưng trên thực tế trong chè an toàn sản xuất ở Nhật Bản không có dư lượng thuốc trừ sâu do quy trình canh tác và điều kiện sinh trưởng chè ở nước này một năm chỉ hái 3 -4 lứa, khoảng cách giữa 2 lứa hái cách nhau 1 – 2 tháng, thuốc trừ sâu trong chè đã phân giải hết.
Lượng sản phẩm chè sản xuất của Nhật Bản hiện chưa đáp ứng được nhu cầu thị trường trong nước do vậy người trồng chè Nhật Bản không phải lo lắng về tiêu thụ chè
vụ kỹ thuật và thị trường chè của Nhật Bản đều do Hiệp hội nông nghiệp chè đảm nhận, rất thuận tiện và chính xác. Do vậy sẽ không thể xuất hiện tình trạng quản lý trồng chéo gây nên sự kém hiệu quả