Một hệ thống kiểm soát nội bộ dù được thiết lập chặt chẽ đến đâu cũng không tránh khỏi những hạn chế vốn có, bao gồm:
- Kiểm soát nội bộ được thiết lập theo một khuôn khổ, tuy nhiên không có một
khuôn khổ nào có thể hoàn hảo.
- Hệ thống kiểm soát nội bộ được tiến hành bởi con người, vì vậy tổn thất vẫn
có thể xảy ra liên quan đến yếu tố con người như sự thiếu thận trọng, sự xao lãng trong công việc hay có thể sai lầm trong việc xét đoán, hiểu sai các hướng dẫn của cấp trên. Ngoài ra, các thủ tục kiểm soát là do người quản lý đặt ra, nó chỉ kiểm tra việc gian lận và sai sót của nhân viên. Khi người quản lý cấp cao cố tình gian lận, họ có thể tìm cách bỏ qua các thủ tục kiểm soát cần thiết.
- Bên cạnh đó, việc phân công nhiệm vụ không phù hợp hay sự thông đồng của
- Hoạt động kiểm soát thường chỉ nhằm vào các nghiệp vụ thường xuyên phát sinh mà ít chú ý đến những nghiệp vụ không thường xuyên, do đó những sai phạm trong các nghiệp vụ này thường hay bị bỏ qua.
- Điều quan trọng nhất là sẽ không thích hợp khi thực hiện một chính sách kiểm
soát mà trong đó chi phí thực hiện hoạt động kiểm soát vượt quá lợi ích dự kiến đạt được một cách hợp lý.
- Hệ thống kiểm soát nội bộ được xây dựng trên cơ sở dự đoán các rủi ro, vì vậy
không thể dự đoán được tất cả các sai sót, gian lận cũng như những sai phạm bất thường có thể xảy ra.
- Những thay đổi của tổ chức như thay đổi mục tiêu, thay đổi quan điểm quản lý
và điều kiện hoạt động có thể dẫn đến những thủ tục kiểm soát không còn phù hợp.
Những hạn chế này chính là nguyên nhân khiến cho hệ thống kiểm soát nội bộ không thể đảm bảo tuyệt đối, mà chỉ có thể đảm bảo hợp lý trong việc đạt được các mục tiêu của đơn vị.