Sự phân cấp mạnh mẽ trong hoạt động sản xuất kinh doanh đặc biệt là phân cấp tài chính cho các đơn vị trong Tổng công ty sẽ làm thay đổi quan hệ quản lý hành chính xin cho giữa Tổng công ty và các đơn vị thành viên, các đơn vị con phải tự quyết định và chịu trách nhiệm trong việc sử dụng các tài sản và vốn được giao để hoạt động sản xuất kinh doanh một cách có hiệu quả. Tuy nhiên để đảm bảo kiểm soát được tình hình sử dụng vốn cũng như hoạt động của các đơn vị thành viên, Tổng công ty cần tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát, kiểm toán đối với các hoạt động kinh doanh, xây dựng cơ bản và hoạt động tài chính của các đơn vị trong Tổng công ty.
Chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ- công ty con, PVGAS phải củng cố thêm nữa hệ thống kiểm soát quản trị, hệ thống này cần được đánh giá thông qua một hệ thống chỉ tiêu có tính bao quát và tổng hợp cao, làm thước đo đáng giá hiệu quả hoạt động của các đơn vị thành viên. Đồng thời PVGAS phải nâng cao chất lượng công tác kiểm toán nội bộ, tăng cường sự phối hợp giữa các bộ phận giúp việc Tổng giám đốc.
Hiện nay hàng năm hoặc định kỳ 6 tháng, Ban Kế toán - Kiểm toán văn phòng PVGAS có tổ chức các đợt kiểm toán các đơn vị trực thuộc, phạm vi kiểm toán bao gồm kiểm tra việc tuân thủ các chế độ chính sách của nhà nước, việc thực hiện các định mức kinh tế kỹ thuật và Quy chế hoạt động của đơn vị được Tổng công ty ban hành. Do các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc phần lớn hoạt động tài chính tập trung tại văn phòng Tổng công ty, hoạt động tại các đơn vị chỉ đơn thuần là thu hộ chi hộ nên công tác kiểm tra chỉ dừng ở mức độ đôn đốc việc tuân thủ các chế độ chính sách.
Với cơ chế tài chính mới, các đơn vị được giao vốn để tự chủ trong các hoạt động của doanh nghiệp đòi hỏi công tác kiểm tra kiểm soát của Tổng công ty phải được tăng cường hơn nữa để đảm bảo guồng máy hoạt động của toàn Tổng công ty được thông suốt, an toàn và đạt hiệu quả cao. Cần có một bộ phận chức năng thực
hiện công tác kiểm tra, kiểm toán định kỳ và đột xuất các hoạt động đầu tư, sản xuất, kinh doanh của Tổng công ty và các đơn vị, các dự án và công ty có vốn góp của Tổng công ty theo quy định pháp luật hiện hành về kiểm toán nội bộ của Nhà nước và Quy chế kiểm toán nội bộ của Tổng công ty.