Bên cạnh những thành tựu đạt được, quá trình xây dựng và phát triển các CCN còn tồn tại một số hạn chế và bất cập sau:
-Trong công tác quy hoạch, do thiếu thông tin về nhu cầu đầu tư nên việc quy hoạch chưa sát với thực tế. Điều đó khiến cho huyện phải thường xuyên điều chỉnh, bổ sung quy hoạch CCN gây lãng phí ngân sách Nhà Nước. Đồng thời diện tích quy hoạch các CCN là nhỏ, thường điều chỉnh bổ sung nhiều lần nên gây khó khăn cho việc đầu tư kết cấu hạ tầng, thu hút đầu tư.
-Việc phát triển CCN trong thời gian qua đã góp phần tạo ra giá trị lớn cho nghành công nghiệp, thúc đẩy nhanh quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế, cơ cấu lao động và thúc đẩy quá trình đô thị hóa nhưng đồng thời với nó là quá trình ô nhiễm môi trường cả về chất khí, chất rắn và chất lỏng. Nguyên nhân là do kết cấu hạ tầng chưa hoàn thiện và vấn đề ô nhiễm môi trường chưa được chú ý trong quá trình xây dựng CCN, hầu hết các CCN chưa có hệ thống xử lý chất thải để bảo vệ môi trường. Một số CCN đã có doanh nghiệp gây ô nhiễm môi trường bị nhân dân khiếu kiện. Đây là một khó khăn đã và đang diễn ra và mạng lại nguy cơ tìm ẩn rất cao. Tình hình này diễn ra đặc biệt nghiêm trọng ở các CCN Thương Tín 12, CCN Nam Dương và CCN An Lưu.
-Tình hình giải tỏa đền bù, tái định cư, giải phóng mặt bằng trong các CCN còn gặp nhiều khó khăn mà nguyên nhân là do: chưa có các quy định về mức giá đền bù tài sản và giá đền bù thay đổi nhanh trong thời gian ngắn; chưa có chính sách khuyến khích vận động hộ thuộc diện bị thu hồi đất cho phát triển các CCN; nhận thức của người dân cũng như việc chuyển đổi nghề gặp nhiều khó khăn, đặc biệt những lao động thuần nông không có khả năng để đào tạo nghề nghiệp mới.
-Thiếu nhà đầu tư kinh doanh hạ tầng: Vấn đề vốn đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng cho CCN còn rất hạn chế, chủ yếu trông chờ vào ngân sách huyện chưa chủ động huy động các nguồn vốn khác cho việc đầu tư xây dựng CCN. Đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng CCN còn nhiều yếu kém. Đa số các CCN khó khăn trong việc tìm các doanh nghiệp làm chủ đầu tư kinh doanh hạ tầng, trong khi năng lực quản lý của UBND huyện, khi được giao làm chủ đầu tư còn yếu, do vậy tiến độ triển khai các dự án chậm. Việc vận hành, quản lý dự án khi đi vào hoạt động chưa có cơ quan đầu mối quản lý có đủ thẩm quyền nên việc quản lý sau đầu tư, quản lý các dự án hoạt động trong CCN còn lúng túng, chưa hiệu quả kéo theo sự chậm trễ và mất có hội kêu goi các doanh nghiệp xúc tiến đầu tư sản xuất.
- Mặc dù có nguồn nhân lực dồi dào, nhưng chất lượng nguồn nhân lực còn hạn chế, thiếu đội ngũ lao động khoa học kỹ thuật, công nhân lành nghề. Trình độ, năng lực quản lý của một bộ phận cán bộ chưa đáp ứng được yêu cầu, nhiệm vụ phát triển nhanh của nền kinh tế trong thời kỳ mới.
-Thủ tục hành chính vừa nặng nề, vừa thay đổi liên tục gây khó khăn cho việc xúc tiến đầu tư.