quốc gia không phù hợp với tính tự chủ, tự do trong hoạt động kinh doanh
Hoạt động kinh doanh luôn dựa trên quyền tự do, tự chủ của các bên trong việc thực hiện các thoả thuận của mình. Tính tự chủ, tự do trong kinh doanh thể hiện trên hai khía cạnh: đƣợc tự do thoả thuận trong hợp đồng và đƣợc những bên liên quan thừa nhận, tôn trọng quyền tự do, tự chủ đó. Tuy nhiên, việc áp dụng trị giá tính thuế nhập khẩu theo quốc gia là sự phủ nhận tự do, tự chủ trong qun hệ kinh doanh thƣơng mại. Trong quan hệ kinh doanh giá cả là tín hiệu quan
trong nhất để quyết định phƣơng án kinh doanh, xác định doanh thu và lợi nhuận. áp đặt trị giá tính thuế nhập khẩu theo quốc gia về lâu dài là phủ nhận nỗ lực đàm phán về giá cả của doanh nghiệp Việt nam. Vì vậy, nếu cơ chế xác định trị giá tính thuế nhập khẩu không tạo cho doanh nghiệp một vị trí nhất định để tham gia xác định trị giá tính thuế nhập khẩu thì sẽ gây cho doanh nghiệp không ít những khó khăn. Một vài dẫn chứng thực tế dƣới đây minh hoạ cho điều này.
Ví dụ 1: Trong năm 2004, tại diễn đàn Doanh nghiệp Việt nam các Doanh nghiệp về công nghệ thông tin đã có những bức xúc về trị giá tính thuế nhập khẩu tuỳ tiện và cập nhật chậm. Theo "danh mục dữ liệu giá" thì mặt hàng máy chiếu LCD có giá là 1.950 USD trong khi đó giá thực tế nhập khẩu chỉ có 1.400 USD, giá bán trên thị trƣờng là 1.700 USD.
Ví dụ 2: Xe máy do hãng Piagio sản xuất loại 125 giá trong "danh mục dữ liệu giá" là 2.750 USD, theo khảo sát giá bán giao dịch là 2.500 USD.