Mặc dự cỏc NHTMCP đó rất cố gắng và đó đạt được nhiều thành tựu đỏng ghi nhận. Tuy nhiờn cỏc thành tựu đú chưa xứng với khả năng của mỡnh, do cũn cú những hạn chế nhất định mà phần thực trạng của cỏc NHTMCP đó thể hiện rừ một số tồn tại chủ yếu này:
Quy mụ nhỏ bộ, khú tự phỏt triển. Mặc dự tất cả cỏc NHTMCP đó tăng đủ vốn điều lệ theo quy định của NHNN nhưng mức vốn này vẫn cũn thấp. Vốn điều lệ bỡnh quõn của một NHTMCP đụ thị là khoảng hơn 180 tỷ đồng, NHTMCP nụng thụn là 13,5 tỷ đồng và tất cả 37 NHTMCP tớnh cho đến nay mới cú khoảng 5.052 tỷ đồng tổng số vốn điều lệ. Hiện nay, NHTMCP cú số vốn cao nhất là Sacombank với số vốn điều lệ là 1.100 tỷ đồng nhưng cũng
chỉ mới tương đương với một chi nhỏnh của Ngõn hàng nước ngoài và chỉ bằng khoảng 10% quy mụ trung bỡnh của cỏc ngõn hàng khỏc trong khu vực. Tớnh đến hết năm 2004, trong 12 NHTMCP nụng thụn thỡ mới chỉ cú 6 NHTMCP là cú số vốn điều lệ lớn hơn 10 tỷ đồng, cũn lại là từ 5-6 tỷ đồng. Mặt khỏc, hiện nay nhiều NHTMCP lại khụng muốn tăng thờm vốn điều lệ nữa, bởi vỡ khi tăng vốn thỡ phải phỏt hành thờm cổ phiếu ra cụng chỳng và như vậy sẽ làm giảm cổ tức hàng năm của cỏc cổ đụng cũ. Đồng thời, họ lo ngại sẽ bị ảnh hưởng tới quyền hành trong HĐQT và ảnh hưởng trực tiếp tới lợi ớch của chớnh họ trong tương lai. Tớnh đến nay, mới chỉ cú 4 NHTMCP được phộp gọi vốn của cổ đụng nước ngoài với tỷ lệ tối đa là 30%, bao gồm ACB, Phương Nam, VPB và Sacombank nhằm giỳp nõng cao cụng nghệ, trỡnh độ quản lý điều hành...
Vỡ mức vốn chủ sở hữu quỏ thấp, nờn quy mụ ngõn hàng là nhỏ bộ nhưng lại được huy động vốn quỏ lớn (theo Phỏp lệnh là gấp 20 lần vốn tự cú) dẫn đến khả năng dễ bị tổn thương khi cú những biến động lớn và khú cú khả năng cạnh tranh, phỏt triển nghiệp vụ cho vay, huy động vốn và mở rộng mạng lưới hoạt động. Theo điều 79, Luật cỏc TCTD thỡ dư nợ cho vay của một khỏch hàng khụng quỏ 15% vốn tự cú của TCTD đú, vỡ vậy một NHTMCP đụ thị bỡnh quõn chỉ cho vay được tối đa là 25 tỷ đồng và NHTMCP nụng thụn là khoảng 1,5 tỷ đồng. Như vậy thỡ khả năng cung ứng vốn của cỏc NHTMCP là rất thấp và chưa đỏp ứng được cỏc đũi hỏi của nền kinh tế. Mặt khỏc, nhiều NHTMCP chưa thực hiện đầy đủ cỏc nghiệp vụ của một NHTM, đa phần là huy động tiết kiệm để cho vay ngắn hạn. Phạm vi phục vụ chủ yếu là cỏc doanh nghiệp vừa và nhỏ, ớt cỏc doanh nghiệp lớn và nghiệp vụ đầu tư cũng cũn nhiều hạn chế. Một chỉ tiờu quan trọng đỏnh giỏ độ an toàn của ngõn hàng là tỷ trọng vốn tự cú trờn tổng tài sản cú rủi ro. Theo thụng lệ quốc tế thỡ tỷ trọng này tối thiểu là 8%, nhưng tớnh cho đến nay thỡ
mới chỉ cú một số NHTMCP đụ thị như Sacombank, ACB … đạt tỷ lệ này, cũn phần lớn là khoảng 5-6%.
Chất lượng hoạt động kộm, nợ khú đũi lớn. Một số NHTMCP được thành lập trờn cơ sở cỏc TCTD cũ đang cũn chịu nhiều tổn thất về tài chớnh mà chưa khắc phục được, tiếp đú nhiều ngõn hàng quỏ yếu kộm trong hoạt động kinh doanh dẫn đến nợ đọng lớn và thua lỗ nặng nề. Nghiệp vụ huy động vốn chủ yếu là tiền gửi tiết kiệm cú kỳ hạn ngắn nhưng cho lại là dài hạn nờn dẫn đến tỡnh trạng nợ quỏ hạn lớn, trong đú nợ khú đũi chiếm tỷ trọng rất cao làm tăng khả năng rủi ro cho ngõn hàng.
Mặt khỏc, đồng vốn khụng sinh lời cú xu hướng ngày càng tăng, nờn tỷ trọng vốn đầu tư thực vào sản xuất và dịch vụ là thấp. Nhiều ngõn hàng làm ăn thua lỗ, cho vay sai quy trỡnh quy định dẫn đến nợ xấu, nợ khú đũi tăng cao làm giảm hiệu quả hoạt động kinh doanh do phải trớch lập dự phũng rủi ro. Một vấn đề nữa là, do chế độ hạch toỏn kế toỏn của hệ thống ngõn hàng nước ta vẫn cũn nhiều bất cập so với thụng lệ quốc tế, nờn nợ quỏ hạn và nợ xấu cũng như hiệu quả kinh doanh của cỏc NHTMCP vẫn chưa được phản ỏnh một cỏch chớnh xỏc. Bờn cạnh đú, hệ thống thụng tin theo dừi nợ, quản lý rủi ro khụng phản ỏnh một cỏch kịp thời và chớnh xỏc nờn dẫn đến tổn thất về nợ tồn đọng vẫn cũn khỏ lớn và tỷ lệ thu hồi được từ nợ tồn đọng chỉ đạt khoảng 30%. Do chất lượng hoạt động kộm, tồn tại về tài chớnh nặng nề, năng lực tự khắc phục cũn rất nhiều hạn chế nờn tiềm ẩn nguy cơ đổ vỡ cục bộ trong nhiều NHTMCP là điều cú thể thấy trước.
Năng lực quản trị điều hành cũn nhiều bất cập, trỡnh độ cỏn bộ cũn nhiều hạn chế. Mặc dự cú rất nhiều cố gắng trong việc đổi mới nhưng cụng cụ và cỏch thức quản lý của cỏc NHTMCP chưa đỏp ứng được yờu cầu của một NHTM hiện đại. Nhiều NHTMCP cú cỏc thành viờn trong HĐQT, ban kiểm soỏt và ban tổng giỏm đốc yếu kộm, thờm vào đú là tỡnh trạng mất đoàn kết
trong nội bộ lónh đạo... dẫn đến việc mất vốn trong hoạt động tớn dụng và thua lỗ trong kinh doanh. Mặt khỏc, do thiếu kiến thức về quản trị điều hành, ban lónh đạo thiếu kiến thức về lĩnh vực ngõn hàng, nờn hoạt động kinh doanh chủ yếu tập trung vào cỏc chỉ tiờu số lượng về huy động vốn và cho vay làm tăng tài sản và vốn mà khụng quan tõm đến cỏc chỉ tiờu chất lượng theo tiờu chuẩn quốc tế.
Phần lớn cỏc NHTMCP chưa cú một chiến lược kinh doanh hiệu quả và bền vững, chiến lược khỏch hàng chưa được quan tõm đỳng mức. Cỏc NHTMCP mới chỉ quan tõm tới vấn đề lợi nhuận mà chưa quan tõm tới việc quảng bỏ hỡnh ảnh và xõy dựng thương hiệu của ngõn hàng mỡnh. Điều này dẫn đến khú khăn trong việc tiếp cận cũng như tạo được uy tớn đối với khỏch hàng trong việc sử dụng cỏc sản phẩm và dịch vụ của ngõn hàng…
Bờn cạnh đú, nhiều NHTMCP chưa xõy dựng được một chiến lược trong việc tuyển chọn độ ngũ cỏn bộ nhõn viờn, cũng như việc đào tạo lại đội ngũ cỏn bộ hiện tại, chưa cú cỏc chớnh sỏch phự hợp trong cỏch sử dụng và phỏt triển nhõn tài cũng như xõy dựng cỏc chế độ đói ngộ xứng đỏng nhằm thu hỳt họ gắn bú với ngõn hàng. Phần lớn cỏc NHTMCP đều cú tỡnh trạng con ụng chỏu cha, tuyển chọn dựa theo tỡnh cảm, nể nang ngày càng tăng.
Cụng nghệ lạc hậu, chất lượng sản phẩm thấp và cũn quỏ nghốo nàn. Hiện nay, một số NHTMCP đó tập trung trung hiện đại hoỏ cụng nghệ ngõn hàng bằng việc đầu tư phỏt triển cụng nghệ thụng tin, đổi mới và tiờu chuẩn húa theo hướng hiện đại hoỏ và đồng bộ hoỏ hệ thống trang thiết bị kỹ thuật tin học, hệ thống thu thập và xử lý thụng tin. Việc nõng cấp cụng nghệ thụng tin tại cỏc NHTMCP đũi hỏi phải cú nguồn tài chớnh đầu tư lớn, do đú cỏc NHTMCP với quy mụ nhỏ nhất là cỏc NHTMCP nụng thụn khú cú thể triển khai thực hiện được. Chớnh vỡ vậy, ở nhiều NHTMCP hệ thống mỏy múc, cụng nghệ đang được sử dụng phần lớn đó trở nờn lạc hậu so với khu vực và
trờn thế giới. Hệ thống cụng nghệ thiếu đồng bộ và lạc hậu như vậy dẫn đến việc cỏc sản phẩm dịch vụ của cỏc NHTMCP cũn nghốo nàn lạc hậu, cỏc dịch vụ chưa đỏp ứng được nhu cầu cần được phục vụ của khỏch hàng ngày càng cao. Điều đú dẫn đến việc chưa thu hỳt được khỏch hàng trong việc sử dụng cỏc sản phẩm dịch vụ của ngõn hàng, làm giảm hiệu quả hoạt động kinh doanh của chớnh ngõn hàng dú.
Theo thống kờ của chuyờn gia ngõn hàng, cỏc NHTMCP Việt Nam mới chỉ thực hiện được khoảng 300 nghiệp vụ kinh doanh khỏc nhau trong lĩnh vực tiền tệ - tớn dụng - ngõn hàng và tập trung chủ yếu là ở cỏc sản phẩm dịch vụ truyền thống như hoạt động thanh toỏn, tớn dụng và chuyển tiền… Trong khi đú một ngõn hàng kinh doanh đa năng quốc tế cú thể thực hiện được khoảng 6.000 nghiệp vụ kinh doanh khỏc nhau…