Vốn chủ sở hữu là yếu tố cơ bản quyết định sức mạnh tài chớnh của ngõn hàng, để đảm bảo an toàn hoạt động trước hết cỏc ngõn hàng phải đảm bảo cú đủ vốn tự cú. Đặc trưng nổi bật nhất về vốn chủ sở hữu của cỏc NHTMCP là rất nhỏ. Mặc dự chiếm một tỷ trọng đỏng kể là khoảng 15,4% trong tổng số vốn chủ sở hữu của toàn hệ thống ngõn hàng, nhưng nguồn vốn này của cỏc NHTMCP vẫn cũn ở mức thấp. Vốn điều lệ bỡnh quõn của một NHTMCP đụ thị là khoảng hơn 180 tỷ đồng, NHTMCP nụng thụn là 13,5 tỷ đồng và tất cả 37 NHTMCP tớnh cho đến nay mới cú khoảng 5.052 tỷ đồng tổng số vốn điều lệ.
Trong khi đú, theo luật cỏc TCTD quy định mức vốn phỏp định đối với cỏc NHTMCP thỡ cỏc NHTMCP đụ thị tại Hà Nội và TPHCM là 70 tỷ đồng, cỏc thành phố khỏc là 50 tỷ đồng; cỏc NHTMCP nụng thụn là 5 tỷ đồng. Tớnh đến hết 31/12/2004 số NHTMCP đụ thị cú vốn điều lệ dưới 50 tỷ đồng là 2 ngõn hàng (hiện đang ngừng hoạt động huy động và cho vay); từ 50 tỷ đến 100 tỷ đồng là 8 ngõn hàng; từ 100 tỷ đến 500 tỷ đồng là 14 ngõn hàng và trờn 500 tỷ đồng chỉ cú 1 ngõn hàng là Sacombank. Số NHTMCP nụng thụn cú vốn điều lệ dưới 10 tỷ đồng là 6 ngõn hàng; từ 10 tỷ đến 20 tỷ đồng là 3 ngõn hàng và trờn 20 tỷ đồng cú 3 ngõn hàng.
Tỷ trọng vốn chủ sở hữu thấp kộo dài trong nhiều năm là nguyờn nhõn làm tăng mức độ rủi ro của cỏc NHTMCP Việt Nam, hạn chế khả năng cạnh tranh và khú cú thể đứng vững khi phải đương đầu với những ngõn hàng nước ngoài cú quy mụ lớn gấp bội.