Cơ cấu về số lượng, chất lượng cua giáo viên tại trung tâm còn bất cập, đặc biệt là giới tính và độ tuổi, trung tâm thiếu nhiều giáo viên ở các bộ môn cơ bản như giáo viên Lý, Hoá… Số giáo viên tuổi cao hoặc đã nghỉ hưu, trong khi đó đội ngũ giáo viên trẻ năng động, sáng tạo có trình độ chuyên môn cao nhưng hạn chế về khả năng sư phạm chiếm số lượng lớn, điều này đã ảnh hưởng nhất định đến công tác nâng cao chất lượng giáo dục.
Do trung tâm phải hợp đông thỉnh giảng một lượng lớn giáo viên tại các trường THPT trên địa bàn nên trung tâm hay bị động về việc sắp xếp sinh hoạt chuyên môn, bố trí thời khoá biểu, kế hoạch ôn tập học viên yếu, kém. Nguồn kinh phí trả thù lao giảng dạy cho giáo viên thỉnh giảng THPT rất khó khăn.
Chất lượng giáo viên không đồng đều, phần lớn là giáo viên có trình độ chuyên môn trung bình, nên việc áp dụng phương pháp giảng dạy mới có nhiều hạn chế, kỹ năng sư phạm của một bộ phận giáo viên còn nhiều hạn chế, như là kỹ năng lập kế hoạch dạy học, kỹ năng soạn giáo án, kỹ năng tổ chức dạy học trên lớp, kỹ năng giáo dục học viên, kỹ năng sử dụng các phương tiện dạy học nhất là công nghệ thông tin.
Đối tượng học viên đào tạo tại trung tâm phần lớn chất lượng rất thấp vì chế độ tuyển sinh, học viên trung tâm có ở các độ tuổi, đối tượng học viên lớn tuổi hạn chế về nhận thức.
Măc dù trung tâm có diện tích khá rộng nhưng còn có trường Phổ thông Dân tộc Nội trú – Trung học cơ sở ở chung địa điểm nên việc quản lí học viên gặp nhiều khó khăn, không có nhiều không gian để thực hiện các hoạt động tập thể; Cơ sở vật chất của trung tâm được đầu tư chưa đồng bộ, phòng học thiếu, đặc biệt các phòng chức năng phục vụ cho học tập và giảng dạy hầu như chưa có (kể cả phòng làm việc cho Phó Giasm đốc ); đồ dùng giảng dạy được trang bị nhưng còn thiếu nhiều ở một số bộ môn. Nguồn kinh phí dành cho các hoạt động giáo dục hạn chế.