Bản chất của các hệ thống đổi mới là liên kết toàn hệ thống, lấy các công ty, các hãng, các doanh nghiệp làm chủ thể chính và là trung tâm liên kết các yếu tố của hệ thống đổi mới. Các doanh nghiệp và công ty đƣợc đặt trong một hệ thống bao gồm các nhà cung cấp đầu vào và đầu ra là các khách hàng thƣờng xuyên chịu sự tác động của các nhân tố cạnh tranh nhƣ các đối thủ, các bạn hàng. Trong quá trình đổi mới công nghệ/sản phẩm, doanh nghiệp thƣờng xuyên sử dụng các thông tin Patent, hợp tác với các trƣờng đại học, các phòng thí nghiệm để thực thi các ý tƣởng đổí mới sản phẩm và dịch vụ. Đồng thời chính bản thân các đối tác nêu trên cũng thƣờng xuyên hƣớng vào phục vụ các doanh nghiệp để tổn tại và phát triển. Tất cả tạo thành một hệ thống bao gồm các tác nhân và các mối liên kết lấy doanh nghiệp làm trung tâm. Các hoạt động R&D đƣợc gắn kết với các nhu cầu sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp và thông qua doanh nghiệp. Nếu không có nhu cầu đặt ra của các doanh nghiệp về đổi mới để cạnh tranh thì sẽ không có lý do tồn tại cho các hoạt động R&D.
Trong một hệ thống đổi mới, không một hoạt động nào, một yếu tố nào, một tổ chức nào, một tác nhân nào, một khâu nào trong chuỗi các hoạt động đổi mới lại đƣợc tiến hành riêng rẽ, độc lập với các công ty nhƣ là hạt nhân của cả hệ thống các liên kết. Tất cả đều đƣợc tiến hành song song, trong sự liên kết chặt chẽ với các công ty.
Với sự xuất hiện của khái niệm đổi mới và các hệ thống đổi mới, tại nhiều nƣớc phát triển, đặc biệt là các nƣớc trong tổ chức OECD, cái gọi là những quy luật nội tại của hoạt động KH&CN và vấn đề gắn kết các hoạt động KH&CN với sản xuất-kinh doanh ngày càng trở nên ít ý nghĩa và nhƣờng chỗ cho vấn đề tạo ra nhu cầu và môi trƣờng thuận lợi thúc đẩy các hoạt động đổi mới công nghệ ở các cấp. Hoạt động R&D thuần tuý, các tổ
32
chức R&D chuyên môn hoá với nhiều mức độ khác nhau, ngày càng ít tồn tại một cách biệt lập và tự thân. Chính sách KH&CN bắt đầu đƣợc tích hợp và xem xét trong khuôn khổ của các chính sách đổi mới (innovation policy), quản lý KH&CN, quản lý R&D cũng bắt đầu đƣợc chuyển sang khái niệm quản lý đổi mới (innovation management), thống kê các chỉ số KH&CN cũng bắt đầu đƣợc tiến hành dƣới dạng các chỉ số đổi mới (innovation indicators).
Và thay cho mệnh đề KH&CN là chìa khóa cho phát triển thì giờ đây ngƣời ta nói nhiều đến các hoạt động đổi mới nhƣ là động lực then chốt cho tăng trƣởng và phát triển. Vì thế có thể nói, dƣờng nhƣ KH&CN hiểu theo nghĩa hoạt động chuyên môn hoá, tuyến tính đang ngày càng lệ thuộc vào các động lực đổi mới.