Cán bộ, công chức ở các Chi cục chủ yếu là thực hiện công việc mang tính chất kiêm nhiệm và thường xuyên phải luân chuyển công tác.
Các cán bộ nhân viên công chức HQ điện tử hiện nay chủ yếu là từ những bộ phận khác chuyển sang, một số chỉ chú trọng đến vị trí công tác mới mà chưa chú ý đến nghiệp vụ chuyên sâu trong khi lĩnh vực công nghệ thông tin lại chưa thông thạo. Do vậy, việc tiếp thu công nghệ cũng như xử lý tình huống vẫn còn gặp rất nhiều khó khăn. Bên cạnh đó, cán bộ công chức đã quen làm việc trong môi trường thủ công, tiếp xúc trực tiếp với hàng hóa, phương tiện khi chuyển sang hoạt động trong môi trường thủ tục hải quan điện tử vẫn còn mang tâm lý bảo thủ, không muốn thay đổi do lo sợ ảnh hưởng đến lợi ích của bản thân.
Việc đào tạo chưa thực sự theo yêu cầu công việc, chưa gắn việc đào tạo với sử dụng sau khi được đào tạo. Một số CBCC chưa được đào tạo cơ bản, nhận thức chưa đầy đủ về cải cách, phát triển và hiện đại hoá nên không tích cực học tập nâng cao trình độ. Việc phân công, bố trí công chức còn chưa chú trọng nhiều đến quy hoạch đào tạo chuyên sâu. Công tác đánh giá và sử dụng sau đánh giá còn tồn tại do chưa có hệ thống chỉ tiêu đo lường cụ thể.
Chính vì vậy, vấn đề nan giải ở đây là việc thiếu trầm trọng đội ngũ cán bộ nhân viên công chức HQ thực sự có trình độ tin học cao, am hiểu công nghệ thông tin, thành thạo trong xử lý phần mềm cũng như những quy trình thực hiện HQĐT.