Ta có thể hình dung một cách rõ nét nhất về phương thức quản lý theo hải quan điện tử bằng mô hình minh hoạ dưới đây:
Việc phân luồng tờ khai được thực hiện theo theo quy định của TCHQ, dựa vào các thông tin được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu của HQ như: thông tin cưỡng chế thuế; thông tin vi phạm; thông tin trị giá HQ; chính sách mặt hàng (hàng thuộc diện quản lý, hàng phải nộp thuế ngay…); các thông tin tình báo khác.
Quy trình phân luồng đối với tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu hiện nay dựa trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro. Việc chấm điểm để làm cơ sở cho việc tiến hành phân luồng tờ khai được hệ thống thực hiện tự động dựa trên bộ tiêu chí quản lý rủi ro được xây dựng và áp dụng chung thống nhất trong phạm vi toàn ngành. Cơ quan hải quan đã xây dựng một bộ tiêu chí với 150 tiêu chí ((bộ tiêu chí này đang dần từng bước được bổ sung cho đầy đủ hơn và theo định hướng là phải đạt được khoảng 450 tiêu chí).
Khi người khai hải quan mở tờ khai hải quan, máy tính sẽ tự động tính điểm và phân loại mức độ rủi ro như cao, thấp, trung bình cho khai báo HQ theo từng tiêu chí như sau: mức độ rủi ro của DN; mức độ rủi ro hàng hoá; mức độ rủi ro xuất xứ; mức độ rủi ro loại hình; mức độ rủi ro phương thức thanh toán; mức độ rủi ro tuyến đường vận chuyển; mức độ rủi ro của nước
đi, nước đến; mức độ rủi ro cảng đi, cảng đến.
Các tiêu chí trong bộ tiêu chí này được xây dựng dựa trên công thức, được mã hoá và xây dựng cụ thể thành một phần mềm độc lập gọi là "Risk Management" (viết tắt là RISKMAN). Khi DN tiến hành khai điện tử, cán bộ HQ sẽ nhập các dữ liệu liên quan đến DN, đến lô hàng XNK vào phần mềm Riskman, sau đó hệ thống phần mềm sẽ căn cứ dựa trên các bộ tiêu chí để chấm điểm và sẽ đưa ra lệnh kiểm tra hình thức lô hàng đó được phân loại mức độ rủi ro tăng dần theo "luồng xanh/luồng xanh só điều kiện", "luồng vàng" hay "luồng đỏ". Khái niệm bản chất về từng luồng được hiểu như sau:
- Luồng xanh: Miễn kiểm tra hồ sơ giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hoá. Đối với trường hợp luồng xanh có điều kiện thì doanh nghiệp bổ sung thêm các chứng từ còn thiếu tại Chi cục hải quan đăng ký.
- Luồng vàng: Doanh nghiệp phải xuất trình hồ sơ để cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan.
- Luồng đỏ: Doanh nghiệp phải xuất trình hồ sơ giấy và hàng hoá để cơ quan hải quan kiểm tra.
Về nguyên tắc, cán bộ công chức HQ tuân thủ theo lệnh kiểm tra hình thức mà máy tính đưa ra. Tuy nhiên trong những trường hợp cán bộ HQ có cơ sở nghi vấn về lô hàng XNK đó thì có quyền đề xuất chuyển hình thức phân luồng từ "luồng xanh" chuyển sang "luồng vàng" hay "luồng đỏ". Tổng thể quy trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử gồm các bước như sau: