Trên thực tế Cục hải quan Hà Nội đã thực hiện công tác chuẩn bị kỹ và dành nhiều công sức, công tác này được thực hiện chi tiết từ lựa chọn nhân sự, chuẩn bị tổ chức bộ máy, cơ sở vật chất, trang thiết bị cần thiết, nâng cấp thêm các trang thiết bị đường truyền, đảm bảo cho việc triển khai thí điểm thủ tục hải quan điện tử. Cục cũng đã ban hành các quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của các Đội, Văn phòng thuộc Chi cục HQ điện tử; các quy chế phối hợp thực hiện thủ tục hải quan điện tử ngày trong giai đoạn còn thí điểm. Thực hiện đồng bộ các giải pháp hỗ trợ nhằm quản lý tốt hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá, tạo môi trường thuận lợi, thuận tiện cho các doanh nghiệp làm thủ tục hải quan điện tử. Ngoài ra đơn vị còn thành lập Tổ triển khai cấp Cục và cấp Chi cục, triển khai đã hoạt động hiệu quả, xây dựng và triển khai thực hiện các Kế hoạch đúng theo tiến độ, lộ trình. Thành lập Tổ cài đặt cấp Cục nhằm triển khai cài đặt Hệ thống thông quan điện tử phiên bản 4.0 tại toàn bộ các Chi cục Hải quan thuộc Cục.
Lãnh đạo các Chi cục đã tổ chức bố trí hợp lý các công chức tham gia vào quy trình thủ tục hải quan điện tử đáp ứng theo Quyết định 3046/QĐ-TCHQ ngày 27/12/2012. Đặc biệt, bộ phận tiếp nhận chuyển một phần sang khâu phúc tập hồ sơ để có thể phúc tập hết những tờ khai luồng xanh phát sinh trong ngày, ngăn chặn kịp thời những rủi ro đối với hồ sơ luồng xanh.
Trong công tác đào tạo cũng đã tổ chức các lớp giới thiệu quy trình thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hoá xuất nhập khẩu cho một số doanh nghiệp có khối lượng hàng hoá xuất nhập khẩu lớn và thường xuyên; các lớp tập huấn nghiệp vụ, đào tạo, bồi dưỡng cho các cán bộ công chức trong dây chuyền thông quan điện tử để nhanh chóng nắm vững quy trình nghiệp vụ, thành thạo trong sử dụng vận hành Hệ thống khai điện tử. Cục còn tổ chức 05 lớp tập huấn cho đội ngũ cán bộ công chức trực tiếp tác nghiệp
thuộc các Chi cục Hải quan và Doanh nghiệp. Nội dung tập huấn tập trung giới thiệu các nội dung: những điểm mới trong Nghị định 87 và các văn bản hướng dẫn; vấn đề áp dụng quản lý rủi ro trong thực hiện thủ tục hải quan