Thực tế khai hải quan điện tử cho thấy các chức năng của khai hải quan điện tử rất đa dạng và phong phú, không có mô hình nào giống mô hình nào. Xong, thông thường hải quan điện tử có những chức năng cơ bản sau:
f) Chức năng quản lí vận đơn điện tử: Chức năng này cho phép cơ quan hải quan có thể giao tiếp với các hệ thống của hãng vận tải hoặc các đại lí vận tải để truyền nhận, phân tích dữ liệu vận đơn điện tử phục vụ cho công tác kiểm tra hải quan.Vì lí do bảo mật và an toàn nên các bên chỉ có thể lấy những dữ liệu có liên quan phù hợp với chức năng của mình tức chỉ được truy xuất những dữ liệu được phép .
g) Chức năng khai hải quan điện tử: Người khai hải quan có thể tự mình hoặc qua các đại lí hải quan điện tử có thể tiến hành việc khai hải quan điện tử tại bất kì đâu, vào bất kì thời gian nào và với bất kì loại máy tính khác nhau như máy để bàn, máy tính xách tay hay qua đtdđ….Không chỉ vậy, người khai hải quan còn có thể theo dõi thông tin về tình hình thông quan của lô hàng thông qua máy tính được kết nối với hệ thống của cơ quan hải quan .
h) Chức năng quản lý và giám sát trước hàng hoá nhập khẩu: Mục đích nhằm cung cấp thông tin cho cơ quan nhằm ngăn chặn sớm các loại hàng hoá gây nguy hiểm, cấm nhập khẩu như: ma tuý, chất nổ,vũ khí,chất độc hại,hàng cấm theo CITES.
i) Chức năng thanh toán điện tử : Người khai hải quan chỉ cần làm thủ tục thanh toán tại một ngân hàng bất kỳ đã được kết nối với mạng của cơ quan hải quan thì hệ thống sẽ tự động chuyển tiền từ tài khoản của họ sang tài khoản của cơ quan hải quan.
j) Chức năng thông quan điện tử: Đối với những lô hàng thuộc diện miễn kiểm tra thì sau khi chủ hàng thực hiện đầy đủ thuế phí, lệ phí, cơ quan hải quan vớii những hàng hoá phải nộp thuế ngay, hệ thống sẽ gửi thông báo thông quan cho người khai hải quan, người khai hải quan sau khi nhận được thông báo sẽ tới thẳng nơi lưu trữ hàng hoá để làm thủ tục nhận hàng. Đối với những lô hàng phải kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra hàng hoá, cơ quan hải quan sẽ quyết định thông quan trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
k) Chức năng kết nối mạng với các ngành có liên quan: Việc xử lý thông tin cần rất nhiều sự chia sẻ, phối hợp thông tin với các bộ ngành khác ví dụ như: kho bạc để xác nhận nộp thuế, ngân hàng để phục vụ công tác thanh toán điện tử, Bộ Công thương để lấy thông tin về cấp phép hạn ngạch, bộ Tài chính…Hệ thống sẽ tự động kết nối để lấy các thông tin cần thiêt.
l) Chức năng nối mạng với các cơ quan hải quan các nước: Hiện tại cơ quan hải quan một số nước đặc biệt là các nước phát triển trên thế giới đã kí hiệp định để thực hiện trao đổi dữ liệu Xuất nhập khẩu với nhau để nâng cao hiệu quả của công tác quản lí và tạo điều kiện thương mại của hai nước