Bước 1: Tạo thông tin khai hải quan điện tử trên máy tính theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn theo quy định hướng dẫn và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai.
Trường hợp người khai hải quan là đại lý thủ tục hải quan phải khai rõ nội dung uỷ quyền.
Bước 2: Gửi tờ khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan.
- Nhận “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử” và sửa đổi, bổ sung tờ khai hải quan điện tử theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
- Nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện các công việc tiếp theo, nếu tờ khai hải quan điện tử được chấp nhận:
a. Thực hiện các yêu cầu tại “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử”;
b. In tờ khai (02 bản) theo Mẫu được quy định đối với hàng xuất khẩu hoặc Mẫu được quy định với hàng nhập khẩu dựa trên tờ khai hải quan điện tử đã được cơ quan hải quan chấp nhận (hay còn gọi là tờ khai hải quan điện tử in); ký, đóng dấu vào tờ khai hải quan điện tử in, phụ lục tờ khai, bản kê số công ten nơ.
c. Đối với hàng hóa được Chi cục hải quan điện tử cho phép thông quan ngay trên cơ sở tờ khai hải quan điện tử thì người khai hải quan mang tờ khai hải quan điện tử in đến cơ quan hải quan để xác nhận “Đã thông quan điện tử”; d. Đối với hàng hóa Chi cục hải quan điện tử yêu cầu phải xuất trình, nộp chứng từ thuộc hồ sơ hải quan trước khi thông quan thì doanh nghiệp nộp, xuất trình tờ khai hải quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo yêu cầu;
đ. Đối với hàng hóa Chi cục hải quan điện tử yêu cầu phải xuất trình chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và kiểm tra thực tế hàng hóa thì doanh nghiệp nộp, xuất trình tờ khai hải quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và xuất trình hàng hóa để Chi cục hải quan điện tử kiểm tra theo yêu cầu;
e. Đối với hàng hóa được Chi cục hải quan điện tử chấp nhận giải phóng hàng hoặc cho phép mang hàng hoá về bảo quản thì người khai hải quan mang tờ khai hải quan điện tử in đến cơ quan hải quan để xác nhận "Giải phóng hàng" hoặc "Hàng mang về bảo quản". Sau khi được chấp nhận giải phóng hàng hoặc cho phép mang hàng hoá về bảo quản người khai hải quan phải tiếp tục thực hiện các yêu cầu của cơ quan hải quan để hoàn thành thủ tục thông quan hàng hóa;
g. Việc xác nhận đã thông quan điện tử, giải phóng hàng, hàng mang về bảo quản, được thực hiện tại Chi cục hải quan điện tử nơi đăng ký tờ khai hải quan hoặc bộ phận thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại cửa khẩu.