Nguồn nhân lực còn thiếu, hạn chế và khó huy động.
Thiếu và khó huy động những công chức có tính chuyên nghiệp, chuyên sâu, kinh nghiệm để đảm bảo thực hiện công việc, đặc biệt khi triển khai mở rộng số lượng doanh nghiệp, loại hình thủ tục theo lộ trình triển khai thủ tục hải quan điện tử; còn thiếu cán bộ giỏi về nghiệp vụ tin học, nghiệp vụ thông quan, kế toán, kiểm toán, điều tra… để bổ sung cho các khâu nghiệp vụ thông quan, kiểm tra sau thông quan, QLRR…đảm bảo triển khai được tốt nhất, đạt hiệu quả cao nhất các yêu cầu công tác.
Trình độ của một số cán bộ công chức chưa đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ mới, thói quen làm việc thủ công truyền thống, kém hiệu quả ở một số khâu nghiệp vụ vẫn nặng nề.
Một bộ phận nhỏ lãnh đạo và một số cán bộ công chức chưa nhận thức đầy đủ vai trò, ý nghĩa, yêu cầu của công tác cải cách, phát triển, hiện đại hoá hải quan, chưa chủ động tham gia và học hỏi để nâng cao trình độ, tư tưởng ngại thay đổi, sợ ảnh hưởng đến quyền lợi cá nhân.
Phần lớn CBCC đều có trình độ đại học, cao đẳng (75%), nhưng trong số đó CBCC có kỹ năng nghiệp vụ đáp ứng yêu cầu quản lý Hải quan hiện đại chỉ chiếm 2/3; 1/3 mặc dù được đào tạo nhưng chưa phát huy năng lực và khả năng. Số cán bộ giỏi trong từng lĩnh vực chưa nhiều.
Hầu hết CBCC đã được đào tạo, bồi dưỡng về chuyên môn, ngoại ngữ, tin học và một số được đào tạo chuyên sâu nhưng khả năng vận dụng kiến thức vào thực tế còn hạn chế.
Đối với cán bộ quản lý còn hạn chế về năng lực quản lý Hải quan hiện đại; kỹ năng ứng dụng tin học, quản lý điều hành qua mạng còn hạn chế.
Việc quy hoạch đội ngũ cán bộ chuyên trách, chuyên sâu còn bị động, chưa đạt yêu cầu do ảnh hưởng của việc thường xuyên phải luân chuyển công tác.
Việc mở các lớp đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ ngắn hạn phục vụ cho nhu cầu hiện đại hoá gặp khó khăn; một số trường hợp sau khi được cử đi học nhưng khả năng công tác vẫn chưa được nâng lên.