Tuy công việc ngày càng đạt kết quả cao hơn, song trong quá trình tổ chức thực hiện Pháp lệnh THADS năm 1993 ngày càng bộc lộ nhiều bất cập, nhiều quy định không phù hợp với hệ thống pháp luật chung và các quan hệ kinh tế - xã hội trong tình hình mới. Do đó, Quốc hội ban hành Pháp lệnh THADS năm 2004, Chính phủ ban hành các Nghị định: 164/2004/NĐ-CP; 173/2004/NĐ-CP; 50/2005/NĐ-CP, tạo ra những thay đổi lớn về tổ chức bộ máy, góp phần hoàn thiện các quy định về trình tự, thủ tục THADS. Có được cơ sở pháp lý phù hợp và thuận lợi, các cơ quan THADS trong tỉnh đã tích cực, chủ động nâng cao hiệu quả công tác và đạt được nhiều thành tích khả quan hơn.
Trong giai đoạn này, bộ máy cơ quan THADS bước đầu có sự độc lập tương đối với cơ quan Tư pháp địa phương. Tên gọi được thay đổi là cơ quan THADS tỉnh và cơ quan THADS huyện. Ngày 18/5/2005, Bộ trưởng Bộ Tư pháp ban hành Quyết định số 1148/2005/QĐ-BTP để ủy quyền quản lý về công tác tổ chức cán bộ cho Giám đốc Sở Tư pháp. Đồng thời giao cho Trưởng THADS tỉnh chịu trách nhiệm theo dõi và tham mưu trực tiếp cho Giám đốc Sở Tư pháp. Cơ quan thi hành án tỉnh đã thành lập 03 phòng chuyên môn gồm: Phòng Nghiệp vụ, Phòng Kiểm tra, giải quyết khiếu nại tố cáo, Phòng tổ chức - hành chính - tổng hợp và tài vụ. Bộ máy có sự thay đổi, hoàn thiện nhằm từng bước nâng cao vị trí và tăng cường hiệu lực quản lý, điều hành của cơ quan thi hành án tỉnh. Việc kiện toàn đội ngũ cán bộ luôn được lãnh đạo Sở Tư pháp, Thi hành án tỉnh xác định là một nhiệm vụ trọng tâm. Đến 30 tháng 6 năm 2009, toàn tỉnh có 257 cán bộ, trong đó có 82 Chấp hành viên, 06 Thẩm tra viên. Công tác tổ chức cán bộ đã giải quyết dứt điểm
được tình trạng thiếu trưởng đơn vị cấp huyện, đảm bảo mỗi đơn vị có từ 02 Chấp hành viên trở lên. Đội ngũ cán bộ được tuyển dụng, đào tạo có chất lượng cao hơn trước, toàn tỉnh có 104 người đạt trình độ Đại học, tăng gần 2 lần so với năm 2003. Số cán bộ được cử đi học các lớp cao cấp chính trị, đào tạo nghiệp vụ Chấp hành viên, quản lý nhà nước ngày một tăng, nhằm đáp ứng chiến lược quy hoạch cán bộ và để điều chỉnh phù hợp nhằm thực hiện tốt Luật THADS có hiệu lực từ ngày 01/7/2009.
Từ năm 2004 đến năm 2009, "toàn tỉnh thụ lý 34.867 việc, đã giải quyết xong 28.726 việc; số tiền phải thi hành là 283.473.596.000 đồng, đã giải quyết được 213.638.549.000 đồng" [14]. Kết quả trên đã góp phần không nhỏ vào việc bảo vệ pháp chế XHCN, góp phần ổn định chính trị, trật tự xã hội. Bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp chính đáng của Nhà nước, tổ chức và công dân.