Các cơ quan tiến hành tố tụng nói chung đều có chung nhiệm vụ là đấu tranh, phòng chống tội phạm, giữ gìn an ninh trật tự, an toàn xã hội và cùng có trách nhiệm là mọi hành vi phạm tội phải được phát hiện điều tra, truy tố, xét xử nghiêm minh, không để lọt tội phạm và làm oan người vô tội, tôn trọng quyền và lợi ích của công dân, bảo vệ pháp chế xã hội chủ nghĩa. Chính từ mục đích chung đó đã hình thành nên mối quan hệ phối hợp trong tố tụng hình sự giữa Viện kiểm sát và Toà án như là một vấn đề tất yếu.
Mối quan hệ phối hợp giữa Viện kiểm sát và Toà án cơ bản là quan hệ giữa chức năng công tố và chức năng xét xử. Bản thân hai chức năng này có quan hệ biện chứng, hữu cơ với nhau. Không thể xét xử nếu không có sự buộc tội, hay nói cách khác, ở đâu có buộc tội, thì ở đó phát sinh hoạt động xét xử. Nếu Viện kiểm sát làm tốt chức năng công tố thì hỗ trợ đắc lực cho chức năng xét xử của Toà án và ngược lại thì tác dụng không tốt. Ngay từ khi thu thập chứng cứ, đánh giá chứng cứ nhằm xác định tội trạng và khung hình phạt truy tố, cũng như thủ tục tố tụng được tiến hành chặt chẽ đặt nền móng cho Toà án thực hiện hoạt động xét xử. Tại phiên toà nếu Kiểm sát viên làm tốt vai trò công tố nhà nước thì tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xét xử. Ngược lại Toà án thực hiện chức năng xét xử đúng đắn tạo điều kiện thuận lợi cho Viện kiểm sát thực hành quyền công tố nhà nước.
Cơ sở của sự phối hợp là khi xẩy ra việc giải quyết vụ án hình sự và dựa trên nguyên tắc cơ bản của Bộ luật tố tụng hình sự đã định, trong đó nguyên tắc xác định sự thật vụ án và nguyên tắc phối hợp giữa các cơ quan tố tụng hình sự với các cơ quan, tổ chức nhà nước. Bên cạnh đó quan hệ phối hợp giữa hoạt động công tố và hoạt động xét xử trong tố tụng hình sự còn xuất phát từ yêu cầu phải thực hiện đúng đắn thẩm quyền của người tiến hành tố tụng; Việc thực hiện các quy định của pháp luật do có sự bất cập,
chưa hoàn thiện, do đó đòi hỏi có sự phối hợp hoạt động để đạt hiệu quả trong hoạt động tố tụng và áp dụng thống nhất căn cứ pháp luật, tránh oan sai, bỏ lọt tội phạm.
Trong những năm qua mối quan hệ phối hợp giữa hoạt động công tố và hoạt động xét xử trong tố tụng hình sự được thực hiện trên cơ sở các thông tư liên ngành và các quy chế phối hợp về các vấn đề, như: Những trường hợp cần họp trù bị giữa Toà án và Viện kiểm sát quy định tại Thông tư liên tịch số 01 ngày 8/12/1988 của Toà án nhân dân tối cao và Viện kiểm sát nhân dân tối cao; Nhằm giải quyết án trọng điểm, phức tạp theo Thông tư liên ngành số 01/TTLN-BCA-VKSNDTC-TANDTC ngày 15/10/1994; Về việc thông báo, gửi, cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến người phạm tội tại Thông tư liên tịch số 03/2006/TTLN-BCA-VKSNDTC-TANTC của Bộ Công an, Toà án nhân dân tối cao và Viện kiểm sát nhân dân tối cao… Về quy chế phối hợp được quy định trong quy chế số 01/2006/QCPH giữa Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Toà án nhân dân tối cao, Bộ công an… phối hợp trong công tác phòng, chống tham nhũng.
Trên cơ sở các văn bản pháp luật liên ngành tư pháp trung ương xác định về các nội dung phối hợp giải quyết những vấn đề trong vụ án hình sự, các cơ quan tiến hành tố tụng ở địa phương xây dựng kế hoạch liên ngành phối hợp giải quyết những vấn đề cụ thể về tư pháp hình sự; Định kỳ họp liên ngành Công an, Viện kiểm sát và Toà án cấp tỉnh và huyện thống nhất giải quyết những vấn đề vướng mắc trong hoạt động tố tụng hình sự.
Những năm gần đây, việc liên ngành của các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự chỉ tập trung bàn thống nhất tháo gỡ vướng mắc, bất cập trong hoạt động của mình, phối hợp giải quyết án điểm, tổ chức phiên toà theo tinh thần cải cách tư pháp, không còn thống nhất định tội danh và bàn bạc nội dung trong vụ án phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung như trước đây. Do nhận thức về
tính độc lập trong hoạt động tố tụng của Thẩm phán và Kiểm sát viên ngày càng cao nhằm tránh tình trạng “án bỏ túi” bị dư luận lên án.