Bên cạnh các lợi ích do xạ trị đem lại, thường trong suốt quá trình xạ trị cũng như theo dõi lâu dài sau này các bệnh nhân carcinơm vịm hầu phải chịu đựng các độc tính cấp và muộn do xạ trị, từ đĩ ảnh hưởng ít nhiều đến chất lượng sống của người bệnh.
Các độc tính cấp:
Viêm niêm mạc miệng là độc tính cấp thường gặp nhất, khởi đầu từ tuần lễ thứ 2 - 3 của xạ trị. Gần như 100% bệnh nhân cĩ độc tính này và đây là độc tính ảnh hưởng lớn nhất đến chất lượng sống của bệnh nhân. Ngồi ra, do viêm niêm mạc miệng mà vấn đề dinh dưỡng của bệnh nhân cũng như việc hồn tất xạ trị luơn gặp nhiều khĩ khăn. Độc tính này càng tăng khi cĩ phối hợp hĩa trị[20],[37],[41],[43],[49],[55]. Khơ miệng cũng là một độc tính rất thường gặp (85 - 95%) trong và sau xạ trị[13],[15],[27],[29]. Mức độ nặng nhẹ của khơ miệng tùy thuộc thể tích tuyến nước bọt mang tai bị xạ trị nhiều hay ít. Ngồi ra, các biến chứng như mất vị giác, đau họng, khĩ nuốt thường xảy ra sau tuần lễ thứ 4 của xạ trị. Các triệu chứng này giảm 6 - 8 tuần sau xạ. Giảm thính lực do nghẽn lỗ vịi Eustache và viêm tai thanh dịch của tai giữa thường ít gặp.
Các độc tính muộn thường xảy ra sau xạ trị 6 tháng[16],[54]. Thường gặp nhất tại thời điểm này là khơ miệng và mất vị giác. Mức độ khơ miệng thay đổi tùy theo cơ địa và phụ thuộc mức độ tổn thương tuyến nước bọt trong lúc xạ trị. Vào năm thứ 2 sau xạ, cĩ thể bắt đầu xuất hiện các triệu chứng hư và rụng răng hàng loạt. Đây là hệ quả của tình trạng giảm tiết nước bọt[16]. Trước thời kỳ cĩ máy xạ trị gia tốc, biến chứng viêm tủy sống cổ gây liệt là một trong những biến chứng nghiêm trọng đe dọa tính mạng bệnh nhân. Ngày nay, biến chứng này trở nên rất ít gặp nhờ kỹ thuật xạ trị ngày càng tiên tiến và chính xác hơn. Tình trạng xơ cứng vùng cổ, xơ cứng, khít hàm do xơ hĩa cơ cắn cũng cĩ thể gặp từ năm thứ 3 sau xạ. Teo và hoại tử thùy thái dương hai bên thường xảy ra từ năm thứ 4 sau xạ nếu xạ trị liều cao, và đặc biệt ở những bệnh nhân tái phát, được xạ trị lại với phân liều cao. Một số biến chứng khác hiếm gặp hơn, như rối loạn trục hạ đồi tuyến yên: thường khơng gây triệu chứng, chỉ phát hiện nhờ những xét nghiệm sinh học. Các triệu chứng cĩ thể gặp như suy nhược kéo dài và rối loạn kinh nguyệt ở nữ giới, nhược giáp…[16]. Ngồi ra, tình trạng mù sau xạ do biến chứng liệt dây thần kinh thị ngày nay cũng ít gặp. Tỷ lệ xuất hiện biến chứng này thay đổi tùy theo theo liều xạ. Theo Cooper[54], nghiên cứu của A. Fandi khảo sát trên 106 bệnh nhân carcinơm vịm hầu được xạ trị tại Đại Học Florida vào những năm của thập niên 1970, cho thấy nếu liều xạ < 60 Gy, phân liều 2 Gy thì biến chứng gần như khơng xảy ra. Nếu liều xạ > 60 Gy, phân liều > 2 Gy cĩ 47% bị mù do tổn thương dây thị, nếu liều xạ > 60 Gy, phân liều < 2 Gy, tỷ lệ biến chứng liệt dây thần kinh thị chỉ là 11%.